“所謂宣示者，乃俟批準條約後告群臣之辭。”
暗示皇上應先批準條約，然後向群臣宣示，使大家接受既成事實。孫毓汶會意，收起宣示稿，囑恭王要多注意身體，然後拜退。
送走孫毓汶之後，奕訢心神不安，無法靜心養病。又歇了兩日後，在家中仆人的攙扶下，強撐著上了轎，前往毓慶宮。光緒帝驚喜悲感交集，立即宣見賜座。看著六叔，光緒不由哽咽道：
“六叔，您都病成這樣了，還親自前來。朕不是讓他們去府上與六叔商議了嗎？”
“皇上，老臣確實放心不下，今我大清萬不可再開戰了。劉坤一複電，並非有真把握。張之洞之言，乃癡人說夢，英國一直在暗地裏幫助日本，怎可能出手相助？舉人們公車上書，更是書生意氣。當下最現實的當為批準條約，爭取國際同情以稍事補救。”一口氣說了這麼多，奕訢有些喘不過氣來。光緒帝忙命人上茶，讓奕訢休息。仔細思索恭王六叔的話，光緒帝克製住喪失國家利益的悲憤，幡然有批準條約之意。
從乾清宮回來，奕訢仍然不放心。為防和局遭人破壞，他又立即寫信給因害怕受責回國後就一直住在天津而不敢進京的李鴻章，要求其速來京城，講明當前各種利害。
李鴻章從天津趕回北京後的五天內，條約的批準與否遂不再成為大家爭吵的主要問題；接下來的考慮是如期換約的問題。
日本首相伊藤博文拒絕延期換約，日本政府正式公開宣布接受三國幹涉。德國和俄國也表示，如果如期換約就給予幫助，日本也才可能歸還所占之旅順。光緒帝決定派漢員伍廷芳和滿員聯芳前往煙台換約。
為避免俄、德、法國擅自瓜分日本答應歸還的遼東半島，奕訢又指示總理衙門電令伍廷芳務必出麵參與“還遼”。情況果如翁同龢所料，日本在歸還遼東的問題上確實曾想極力避開中國。
“還遼”對日談判還是李鴻章和王文韶為全權大臣，與日本使臣林董“商約”。奕訢指示力圖爭取“無償還遼”，通過總理衙門提出訂立同盟並讓予鐵路修築權的條件。日本不為所動。十幾日後，日本外相照會三國駐日公使，提出中國應交納5000萬兩的贖遼費。經雙方討價還價，日本再次向三國宣布將贖遼費降至3000萬兩，但並不以締結商約為撤兵條件，而要求在贖遼費用付清後三個月內撤兵。八月二十六日（10月14日），光緒帝授李鴻章與日本公使林董談判歸遼問題的全權。李鴻章於當日電請中國駐俄、德、法使臣，要求他們向駐在國交涉削減贖遼費事宜，但未能發生作用。九月二十二日（11月8日），中日雙方在北京簽署《交還奉天南邊地方條約》七條，中國所付贖遼費仍為3000萬兩，十月十三日（11月29日）開始實施。加上《馬關條約》規定“賠償日本軍費”2億兩白銀，年收入不過8890萬兩的清政府一共要向日本人支付2.3億兩白銀。
在解決遼東歸還問題的過程中，奕訢也曾指示總理衙門向三國探問幹涉還台灣的可能性，希望通過努力能索回《馬關條約》中被割讓的台灣和澎湖。對要求三國幹涉還台事，奕訢信心不大，且知其不可為而為之。在聽到三國答複後的幾天，奕訢又經常稱病不朝了。
三國皆拒絕討論台灣一事，無奈隻好按約割台。台事籌商在恭王府進行，軍機處議定由李經方去承擔交割台灣一事。李鴻章堅決不同意，李經方是他的兒子。他簽訂《馬關條約》已遭舉國痛罵，怎麼肯讓兒子也陷進來呢？他指使李經方稱病不出。
由於包括台灣人民在內的全國人民一致反對割台。總理衙門隻得再作努力，爭取保全。二十八日（22日），總署電令駐俄使臣許景澄鼓動俄國對日施加壓力，使之歸還台灣，並許諾：“俄真要動武，中國願與俄國訂立密約相酬”。事後證明，這項要求不僅多餘，而且失策，台灣沒有索回，反而引出了新的喪失主權的《中俄密約》。俄國對還台不表示興趣，台灣必須交割，李經方被強令啟程去完成使命。五月的一天，在一艘日本軍艦上，李經方簽署了割台證書。