《馬關條約》的割地、賠款、開商埠、允許日本人在中國通商口岸開工廠等敲詐勒索式的條款，使中國蒙受了巨大的損失，日本卻從中獲得了巨大的利益。
當正在日本議和談判的李鴻章發出的“若欲和議速成，賠費恐須過一萬萬，讓地恐不止台、澎”的電文傳到國內時，朝野內外一篇嘩然。
朝廷內的爭吵從早到晚，從乾清宮一直到恭王府。從聖祖康熙爺耗費數年收複台灣開始說起，翁同龢力主遷都再戰。奕劻、孫毓汶等則認為北洋水師盡喪、湘淮之軍全潰，已無力再戰，且為使龍興之地和祖陵免遭戰火、億萬生靈免遭塗炭，可棄台而保議和。
署理兩江總督的張之洞積極主張聯英抗日；在戰爭中一直表現消極的湘軍將領劉坤一也表現出少有的戰鬥熱情，致電軍務處奏稱“兵尚可用，和可暫緩”，表示拒約。國內反對條約的呼聲甚高。
參加京考的舉人們也騷動了！在光緒帝最後在條約文本上蓋玉璽的那一個星期內，連續三天，18省舉人會聚明代因彈劾奸臣嚴嵩而遭迫害的著名忠臣楊繼盛的故居北京宣武門外達智胡同12號的鬆筠庵，抨擊時政，大聲疾呼，倡言變法，令舉國震驚！
爭吵的結果是主戰的翁同龢對戰爭亦無良策，“和”派占了上風。光緒帝批準了李鴻章的方案，令其“權衡輕重，斟酌辦理”。千名舉人也在政府要人連夜趕往客棧要挾和警告下作罷。
為防和議進程再生變故，在孫毓汶、奕訢等的極力催促之下，光緒帝極為無奈地在條約上寫下“恩允”二字，扔下禦筆，徑自而去。
在甲午中日戰爭中一直保持“中立”、作壁上觀的列強這時不樂意了，中國是塊肥肉，你吞進去的多了，我相應地就少了。於是在條約正式生效後的第六天，一份由俄、法、德三國發出的“最後通牒”送到了日本政府手中：日本占領遼東半島，是對“遠東和平的障礙”，日本必須放棄這個要求，若不答應，三國將“不惜一戰”。
奕訢再次在這個重大的曆史時刻發揮了關鍵性的作用。他要抓住機會，利用國際矛盾，爭取挽回部分領土主權。
其實早在條約談判過程中，奕訢主持下的總理衙門就已經向各國公使密告日方提出的領土要求，希望國際社會進行幹涉。日本在遠東的野心，尤其令俄國感到惴惴不安，因俄國覬覦東三省已久，怎忍他人虎口奪食！李鴻章赴日之前曾遵照奕訢意思特別訪問過法、俄兩國公使，雙方已達成一定的默契。李鴻章從日本返回天津後，俄國公使正式通知總理衙門不要批準馬關條約。
在李鴻章歸國後的五天以後，三國駐日公使致日本外務省的照會文書發出。又過了兩天，日本政府向三國駐日公使表示接受幹涉。
在這關鍵時刻，奕訢又病倒了，夜不能眠，渾身乏力，動輒出汗。這駕全身幾近散架的老機器不知還能為大清朝運轉多久。光緒帝隻得令軍機大臣孫毓汶將近日有關和戰的11封奏件拿給恭王閱看。
孫毓汶氣喘籲籲地跑到恭王府時，奕訢剛喝完粥，他已經幾天未進主食了。見孫毓汶帶著大臣們的奏折前來，奕訢強撐著坐起來。邊看，邊傾聽孫毓汶彙報：
“王爺，近日來法、德、俄三國通知大清，暫緩批約。皇上主意難定，請王爺給個對策。”
翻閱了幾篇奏議之後，奕訢放下了。其實看與不看一樣，奕訢心裏早有定策。於是簡單地對孫毓汶答複到：
“請孫大人代為回皇上，廷議徒擾，邦交宜聯。我這兩天還是無法起身進宮麵聖。”表示要皇上避開群臣會議批準條約。
不幾日，孫毓汶又來了。原因是太後下旨，群臣主戰情緒高漲，傾向拒約；皇帝又猶豫了，令軍機大臣孫毓汶請恭王速定和議大計。看了太後的懿旨“和戰事關重大，兩者皆有弊，不能斷，令樞臣妥商一策以聞”後，奕訢覺得好笑。打了幾十年的交道，奕訢太了解慈禧了；在這個誰都避之不及的時刻，她又在耍滑頭，惟恐承擔責任。但奕訢心裏明白，太後內心其實是樂觀和局的。
奕訢接著看了看舉人們的上書和劉坤一的奏對，半晌無語。這時孫毓汶又呈上軍機處擬定的宣示稿，請奕訢匡正。奕訢看了，點點頭說：