然而，奕譞所作的一切並沒有換來慈禧絕對的信任。尤其是歸政後形成的皇帝生父奕譞執政的局麵，更加深了慈禧對奕譞的懷疑，她生怕有朝一日奕譞以皇帝生父的身份把持朝政，於是在言語和行動中均透露了對奕譞夫婦的高度的戒備心理。她曾拿當時以旁支入繼大統的朝鮮國王李熙的父親策劃“壬午兵變”作比，警示奕譞，並由此嚴格限製光緒帝與其生父母見麵的機會。奕譞感覺到這一點時，心裏萬分驚悸。自光緒十三年（1887年）就一直患病的他舊疾複發，不到一年多就病死了。
對奕譞，奕訢感歎道：他是看人挑擔不知累，自己挑上吃不消呀！奕譞患病，奕訢多次到府上看望，他這種虛懷若穀、不計前嫌的大方之態尤令奕譞感動。光緒十四年（1888年）時，奕訢還到奕譞府上賀年，品茗和談詩，這對奕譞來說都是莫大的安慰。自此兄弟倆的感情愈見融洽，對慈禧的心性兩人在感情上產生了某種共鳴，隻是心照不宣罷了。光緒親政後的當年花朝日，奕譞邀請六兄奕訢、十弟心泉和寶鋆到自家邸園賞梅，並書《排悶一律》致奕訢，同時贈春筍。奕訢答詩安慰七弟奕譞道：
擾擾人間是與非，醉鄉不去欲何歸。
漫誇列鼎鳴鍾貴，還得山家藥筍肥。
在慈禧的專製之下，兄弟倆有很多話不便明說，一首小詩卻拉近了彼此的距離。之後兄弟間過往更加親密，盡管如此，奕訢也還是絕口不提時政。他給七弟奕譞的詩也均為韜光養晦之筆。
就在奕譞病逝的當年，與奕訢共事幾十年的寶鋆也永遠地離他而去了。奕訢萬分悲痛，在寶鋆的神主入祠典禮的那一日，他親自去祠內看視祭器祭品，一絲不苟，直至確信一切均已安排妥當後，才離開祠堂，讓人舉行典禮。按禮製，親王和皇子不能對臣子行跪拜禮，所以他不能與大家一起參加祭典，但典禮前來仔細看視典禮安排情況的做法，表達了奕訢對這份友誼的格外重視之情。
家人、友人一個個地離去，隻剩下了奕訢。坐在寬敞的庭院中，他愈感孤獨了。奕譞、寶鋆去世的這年秋天，他又大病一場，往來唱和之人已逝，他也無心再吟《萃錦吟》了。數月之後，奕訢的溺血症又發作，人也明顯地衰老，胡須漸漸斑白。
光緒十七年（1891年）十一月，奕訢在自己的宅邸中慶賀六十壽誕。以往恭王生日，均請來京城名角兒來府中戲樓唱戲三天，今年照例。所不同的是，昔日聲名顯赫時賀客盈門的恭王府今天於正日之時，除家人外，僅有李鴻藻、榮祿、崇禮、敬信、翁同龢等六位賀客。久在名利場中的他再一次深深體悟到了世態炎涼的失落感。
世事在變，而奕訢那顆關心時政的心卻沒有變。
在戒台寺隱居期間，他表麵上是遊山玩水，頤養天年。但內心卻時刻關注政局的變化，對國事充滿了憂慮。他曾給一棵鬆樹題名“臥龍鬆”，自認為是蛟龍臥淺灘，在抒發內心的鬱悶同時也企盼臥龍再度騰飛。光緒十三年（1887年）末，他病情好轉，精神愉悅之時，曾在贈寶鋆的一首詩中述懷道：
平生誌氣今猶在，四載安居複有群。
在與友人的往來中，他也直接聽聞了朝中發生的事情。對近年來的國事，他甚感不滿。建立海軍，修建鐵路的錢，為慈禧太後挪用作為建設頤和園的資費。日本屢次挑釁以來，年輕的光緒帝好勝心切，在多年軍備廢弛、武器落後的情況下，卻一味地主戰。
身為皇室子孫，他放心不下這些關乎皇朝命運的事情！然而他隻能靜坐家中，把心中的那份憂慮深深地埋藏起來。他深深知道慈禧對他的戒備仍在、仇恨未消！光緒十年十月（1884年11月），慈禧五十大壽，七弟奕譞曾為奕訢代請隨班賀壽，這合乎情理的事竟然遭到慈禧太後的傳旨申飭。光緒十八年（1892年）末，慈禧按例分賞王公大臣“福壽”字時，竟命令撤而不賞與奕訢“福”字，公開地羞辱奕訢。光緒二十年（1884年），慈禧六十大壽時，奕劻替奕訢籲請參加十月舉行的太後壽典，慈禧再次斷然拒絕了。
看來，奕訢就隻能在這樣的不如意中打發賦閑的時光，直到生命的終點。但時勢卻再一次對他發出了呼喚。當他再度被起用時，眾人皆驚異地發現，他已是須發皆白的老人了。