鄭成功退走台灣，在清廷看來是取得了巨大的勝利。
清廷一直用扣押在手的鄭芝龍作為一張王牌，迫使鄭成功有所顧忌。鄭成功堅持不降，在清廷眼中，鄭芝龍便漸漸失去了作用，鄭成功退走台灣，清廷更把鄭芝龍視為無用之物。鄭芝龍的家人向清廷檢舉鄭芝龍在獄中私自與鄭成功通信的事，清廷以此為由，殺死鄭氏一家11人。
鄭成功起兵之初，有“大義滅親”、“殺父報國”的誓言，但畢竟父子親情，很難割舍。鄭成功常常歎息忠孝不能兩全，隻能以忠為根本。當鄭成功聽到了鄭芝龍的死訊，頓足捶胸，悲痛不已，望北而哭。
當鄭成功在台灣接受荷蘭殖民者投降時，永曆帝在緬甸被緬人獻出，交給吳三桂。第二年，康熙元年三月，吳三桂將永曆帝押回雲南，四月十五日，吳三桂奉清廷之命將永曆帝及其太子用弓弦絞殺於雲南府。明廷宗室的最後掙紮，至此宣告完結，多少義士反清複明之夢無法再圓了。當鄭成功得知這個消息時，雖然不相信這一定是真的，但已感覺到了反清複明鬥爭的渺茫性。
而清廷的“平海五策”仍在實行，廣東、福建、浙江、江蘇、山東五省沿海地區人民因被迫遷移而飽受顛沛流離之苦，鄭成功知道了這些後心情更加沉痛。
這時留守在廈門的世子鄭經，與他的四弟的乳母——20多歲的陳氏私通，生下一個孩子。鄭經謊報是侍妾生的，向鄭成功報喜，鄭成功見得了孫子，正好這時又打了個勝仗——收複南澳，雙喜臨門，好不高興。鄭成功除了獎賞台灣、金門、廈門各地的文武官員外，對夫人董氏、鄭經及陳氏母子也各賞賜金銀花。
鄭經的妻子唐氏的祖父——明朝尚書唐顯悅寫信給鄭成功揭敗此事，引用儒經“禮稱人母，乳母同一”，質問鄭成功：“令郎與乳母私通而生子，不聞責備反而賞賜，治家如此，何以治國？”鄭成功見信氣得幾乎昏死過去，馬上派人手持令箭，命鄭泰到廈門監斬鄭經及陳氏母子三人。對夫人董氏，因治家不嚴，也命斬首。鄭經在一些大將的慫恿下，公開抗命，徑自使用鄭芝龍的封號，自稱“平國公”，擁兵自重，不發一船到台灣。鄭成功見兒子和大陸的將領拒命妄為，氣得暴跳如雷。
皇上慘死，父親被害，兒子擁兵叛父，大陸沿海百姓流離疾苦，這一連串的打擊，對這位鋼鐵般的英雄，造成了重大的打擊。十幾年的征戰，落得如今局促在東南的海島上。鄭成功心力交瘁了。
五月初一，鄭成功得了風寒，一下病倒了。開始時，他還強掙紮著起床辦公，與文武官員議論國事，以至於大家竟未發現他有病。他還是照常每天登上將台，用望遠鏡暸望澎湖方向，盼望大陸能有船來。到了五月初八，鄭成功照舊登台暸望。回到書室後，他命人取出冠帶，端端正正穿好，又命人取出《太祖訓》，放在案上，然後恭敬地向《太祖訓》行禮。
《太祖訓》是明太祖朱元璋親自撰寫的一部書，書中為子孫後代規定了許多禁令，提出了一係列要求，為的是大明皇朝長治久安，萬年永固。如今大明江山已落入清人之爭，複明路程極其渺茫，麵對《祖訓》，鄭成功真是百感交集。
他坐在胡床上，讓人上酒，他翻開《太祖訓》逐章閱讀，讀一章就喝一杯酒。讀到第三章時，鄭成功長歎一聲：“自從國家飄零以來，我枕戈泣血17年了。現在即將離開人世，忠孝兩虧，死不瞑目。天啊，天啊，為何忠臣如此難當？”鄭成功知道自己就要離開人世了，他把別人送給他的藥拋在地上，頓足撫肩，大呼而逝，死的時候雙手捂著臉。