鄭成功率軍收複台灣，終於擺脫了在大陸遭受圍剿的困境，可以在新的根據地從容地發展。然而鄭軍所麵對的形勢也不盡樂觀，在大陸方麵，清軍仍在不斷地向鄭軍在大陸的根據地進攻，“平海五策”尚在實施中；在台灣島，鄭軍麵臨著缺糧短餉的困境，尤其糧食供應尤其不足。鄭成功在其生命最後不到一年的時間裏，為台灣的穩定和繁榮打下了牢固的基礎。
早在圍困赤嵌城時，鄭成功就曾分出一部分軍隊進行農業生產，以解決軍需糧食。趕走荷蘭殖民者後，鄭成功更是注重農業的生產。加強漢族、高山族的團結，寓兵於農，大力發展農業生產，是當時開發台灣、建設台灣的中心環節。
順治十八年（公元1661年）五月，鄭成功改普羅文舍堡為承天府（今台南市），下設天興（今嘉義）、萬年（今鳳山）兩縣，並任命官吏，清查田園人口，規定賦稅。為了紀念他的家鄉，使將士們不忘大陸，鄭成功將赤嵌城改名為安平鎮。於澎湖設安撫司。從此，台灣有了行政機構。此外，鄭成功還在普羅文舍堡外原來的商業區設立四坊，管理商業，安定市場。
做了這些工作之後，鄭成功迅速地展開經濟建設，掀起了開發台灣的高潮，迅速而有力地推動了台灣的前進，做出了前人所未及的事業。
要解決鄭軍長期存在的糧食問題，促進台灣的繁榮，鄭成功認識到必須從農業生產抓起。
荷蘭人投降後的第三天，鄭成功帶著何斌及官兵千餘人，準備了10天口糧，到各地進行調查研究。他從新港以至半線等處出發，直到高山族同胞聚居的地點，進行了普遍深入的訪問。他要研究台灣的農業狀況及自然狀況，並安撫台灣的人民。各地人民對鄭成功的到來非常高興，表示擁護鄭成功。
過去高山族的農業生產是落後的。鄭成功使散居在台灣西南平原的各社高山族同胞，學習和運用漢族的先進農業技術，使農業生產向前發展得很快。
以前高山族同胞不知道使用犁耙、耕牛，也不會使用鐮刀收割。稻禾成熟時，他們一穗一穗地拔。鄭成功接受楊英建議，每社派去漢族農民一人，發給鐵犁耙鋤各一副，熟牛（耕過田的牛）一頭，讓漢族農民教給高山族同胞使用工具的技術。高山族同胞親眼看到先進耕作技術的好處，都高興地效仿，從而提高了社會生產力。
鄭成功訪問了高山族各社之後，回到安平，第二天召集各位將領，開了一個軍墾會議。他講了糧食問題的極端重要性，提出了“寓兵於農”的發展戰略。
“寓兵於農”在我國有著悠久的發展史。秦始皇以前，兵民不分。人們有戰爭時當士兵去征戰，無戰爭在在家耕田。秦始皇時，廢除井田製，兵民開始分開：民，專門從事生產；兵，專管打仗。後來漢、唐、宋、元朝，屢年征戰，軍需要求很大，往往糧食問題沒法解決。因此，善為將者，不得不組織軍隊自己生產。如諸葛亮在斜穀，司馬懿在淮南，薑維在漢中，杜預在襄陽，都是處於兩軍對峙的時候，恐怕運轉軍需糧秣很困難，以致士兵餓肚子，所以都組織了軍隊屯田生產，這就是“寓兵於民”。元朝的分地立法，明太祖朱元璋設衛安軍，都是處於天下太平時，軍隊糧米無法保證，因此軍隊裏以）7/10的人力從事農業生產，以3/10的人力從事作戰、警戒、戰備執勤。