當鄭成功直搗金陵的消息傳到北京時，清廷極為驚慌。順治帝曾想遷都，在皇太後勸說下他便親自前往南苑練兵，準備親征。
不久，清軍大獲全勝的消息傳來，順治帝非常高興。
這時，清軍在雲南、貴州也取得了決定性勝利，南明永曆皇帝逃往緬甸，李定國逃往雲南少數民族地區。這樣，清廷就決定全力以赴，圍剿鄭成功這支孤軍。
清廷不再以和談來爭取鄭成功了，而是采取強硬態度。逮捕了私自與鄭成功聯係的馬進寶，以內大臣素達為安海將軍，與浙閩總督李率泰，準備共同領兵攻打廈門。
鄭軍在南京的戰敗，使兵力損失大半。沿江所占領的州縣又全部丟失。張煌言的部隊也因鄭軍兵敗成為孤軍而被殲滅。
戰後，清廷對江南各府州縣迎接鄭成功的人進行了嚴厲的追查，株連被殺的極廣，十分慘痛。經此一挫折，江南士民盼望恢複，懷念故國之心，遭到巨大打擊，從此死灰再也難於複燃了。
整個形勢對鄭軍極為不利。在軍事上鄭軍成為一支孤軍；在政治上江南百姓麵對清廷的殘酷鎮壓，不敢再對鄭軍友好了。
鄭成功重新調整了軍隊的組織、將領，分派各鎮到溫州、台州、舟山各港地方屯紮、征餉，休養訓練。同時，鄭成功發布告示，廣行招募舊時散逸的將官兵，修整船隻，備造軍器，兵力漸漸有所恢複。
通過這次北征，鄭成功更感到需要有更為安全可靠的地方以供鄭軍長期堅持抗戰。因為他更清楚地認識到了清軍的實力和自己在整個局勢中所處的不利地位。東進台灣，轉移根據地是他思慮已久的事情。他考慮派遣前提督黃廷、戶官鄭秦督率援剿前鎮、仁武鎮前往台灣，打平障礙，安頓將領官兵家眷以為長久之計。
順治十七年（公元1660年），鄭成功駐於思明州演武亭，繼續整軍練武。他祭祀陣亡將士、安撫陣亡將領家屬，厚給撫恤，議定南京戰役的功罪，使人心漸漸穩定，兵力又有所恢複。
三月，鄭成功得報，說清將素達已到達泉州，正在修理水師，準備要來攻思明。
四月，探報稱清兵出征馬匹已備齊，船隻器械、舵梢也備好，定下期限，即將來進犯思明。
鄭成功派人將各提督統鎮官兵家屬搬往金門，並布下重兵結為船隊，前往崇武停泊，以抵禦泉州港和所有從上流來的清兵船隻。
為鼓舞士氣，鄭成功向全體官兵發出一道諭令。他在諭令中指出鄭軍的優勢，清軍的短處，以消除官兵中存在的畏清心理。鄭成功回顧了與清軍在瓜洲、鎮江之戰，說明清軍並非不可戰勝。而且此次清軍舍棄了馬之長技，而與鄭軍爭衡舟楫之間，不僅船隻少，而且所用人員也大多是叛降者。因此，鄭軍能取勝是很明顯的。為了激發將士鬥誌，他約定又特設一賞格，不論大小將領官兵，一律照賞格立功受獎。