鄭成功率領鄭家軍進行頑強的抗清鬥爭，取得不斷的勝利。南方逐漸形成了對鄭成功有利的局勢。鄭成功兼蓄其他的抗清力量，發動了圍攻金陵的戰爭，不幸遭到失敗。清政府采取多種措施，要致鄭成功於死地。鄭成功的軍隊被孤立於沿海一帶。
鄭成功堅持抵抗清軍，他與西南的李定國遙相呼應，與魯王餘部張名振、張煌言互相配合，協同作戰，給了清軍以沉重的打擊。
鄭成功的武裝鬥爭與其他方麵相配合，形成了巨大的力量。為了配合西南地區南明政權的作戰，恢複大明江山，他以順治十四（公元1657年）至順治十六年（公元1659年）發起了三次北伐金陵的戰鬥。
第一次北伐攻克閩安、南台等地。當時清朝在福建、浙江一帶的守城將領，多是明朝降將，鄭成功兵鋒一到，他們便紛紛倒戈迎降。
清朝福建總督李率泰見鄭成功大軍遠出，有隙可乘，便率軍準備襲擊鄭成功在福建的駐地。
鄭成功擔心廈門有失，便留一支部隊守衛浪崎，自己率兵趕回廈門防守，同時派兵到潮州等地征集糧餉，以備再次北伐。
順治十五年（公元1658年）二月，清軍三路向雲南、貴州進剿永曆政權。鄭成功為了牽製清朝的兵力，開始了第二次北伐。
北伐出發前，鄭成功頒布了嚴格的紀律：官兵除沿途取糧外，不準奸淫擄掠婦女，不準擄掠男子為□，不準牽取宰殺牛畜，不準私人借坐給牌商船，違者斬首示眾，將領連罪。在北伐中鄭成功嚴格執行軍紀，殺掉了一些違紀的官兵。
這次北伐因在羊山遭受暴風雨的襲擊，損失雖然不太重，但繼續北上還是有困難的，便回師舟山，在浙東一帶擴軍籌餉，進行休整，準備再戰。
順治十六年（公元1659年），五月十三日，鄭成功第三次率軍北上。
出發前，他莊嚴地重申了“恢複大明江山，上報國恩，下救蒼生”的決心，再一次頒布了對百姓要秋毫無犯的禁令。
六月十三日，鄭軍抵達鎮江的金山，開始了有名的“鎮江大戰”。
在鎮江至瓜州10裏江麵上，清朝守將用豆木築起長壩，截斷江流，寬3丈，用泥覆蓋在上麵可以跑馬。左右木柵有穴可以射箭放銃。在江心位置有大炮陣、火炮陣。修建這個水壩，花費了上百萬的金錢。然而壩剛建成，就被潮水湧漲，立刻衝斷。
清朝的南京部院郎廷佐親自出來祭江，再把壩修成，設兵嚴守。操江是蔣國柱，滿洲人。總兵是管效忠，撫順籍，滿州人。與鎮江副總高謙共同防守鎮江。清朝又於談家洲設下伏兵2000名，安上大炮。新操江朱衣助六月十三日到任，守瓜洲。
十五日，鄭軍的海船運兵2300人泊焦山。他們首先派出牛條船，外蒙白絮，內載烏泥，隻用幾個人撐舵，揚帆而上。清軍望見了，就大量發射炮彈。海船駛近大壩，又從從容容回去了。
清軍發射的炮彈像大雨一樣密集，炮聲晝夜不絕，像天上打轟雷一樣響，300裏地以外都能聽見。共發射炮彈500發，卻沒有傷著一艘船。鄭軍海船在江上上上下下，循環多次。一方麵是為了誘使清軍放炮，消耗其炮彈，另一方麵是運送水兵潛入水中去破壞大壩在水中的一些設施。
十六日，鄭軍估計炮彈將用完了，便全部駛過鎮江，結果清軍沒能擋得住。
十七日，鄭軍登上瓜洲，從後寨殺入。清兵出來抵禦。原來東門外有高岸，清軍騎兵在那兒排成排，拉開打仗的架勢。可是鄭軍士兵卻在兩旁的水田裏用大馬刀砍馬足，清軍大敗。
朱衣助剛到北門察院的衙門裏，發令旗向安徽求救，忽然左右向他報告：“老爺，不好了，鄭軍殺來了。”話還沒完，便進來兩個人，把朱衣助抓起來去見鄭成功，鄭成功撫慰一番，把他放了。
鄭將劉某，乘東門之勝，追進瓜洲城裏，將沿江炮移向談家洲向清軍猛轟，把清兵打得一片混亂。這時有鄭軍20名士兵，忽從江中浮了上來，持長刀亂砍，殺得洲上的清兵亂跑逃命。鄭軍水師又到，以上千人追殺，清軍2000人都被消滅。
鄭軍又把大炮移到瓜洲猛轟鎮江，鎮江向南京告急，南京派洪承疇麾下羅將軍鐵騎千人前來援救。鐵騎兵鐵甲如雪，南征中屢屢取勝。羅將軍大言不慚地說：“這些海盜不夠我殺的！”便想入江剿絕鄭軍。
這時，蘇、常四郡軍隊畏鄭軍如虎，見京軍想居前隊，都暗暗慶幸。常州王總鎮、無錫守備張科、江陽守備施某，與羅將軍、管提督等兵九隊，共15000人，羅兵為第一隊，管兵為第二隊，常州王兵為第八隊，無錫、江陰兩營跟著。
京軍驕躁，急著與鄭軍接戰。可是鄭軍的海船在江上忽上忽下，見清軍在南邊，就停泊在北邊；見清軍在北邊，就停泊在南邊。鄭軍表麵上看起來是畏懼清軍而逃避，實際上是誘引清軍。
就這樣，清軍跟著鄭軍兜圈子，走了三天三夜沒有休息，弄得十分疲勞。當時正是酷暑，又連日多雨，熱後下雨，雨過又熱，熱氣薰蒸，清軍將士穿著鎧甲實在是受不了。況且是大熱天，渴得厲害，大軍雲集，飲水供應不上，很多人喝馬尿解渴。馬走了三天三夜，也渴得直張口喘息。城中人送飯到江邊，清軍根本吃不下去。
這時鄭軍前陣用的是長槍，次陣用的是團牌，第三陣用的是倭銃。每一隊50人，前麵有五色旗一麵領頭。每隊有滾被2人，團牌2人。鄭軍按鼓聲緩急來調整部隊前進速度。
因為鄭軍多為步軍，清軍很輕視。過去清軍作戰，凡騎兵遇步兵，後退數丈，加鞭向前突進，敵陣稍動，就乘勢殺入。敵步兵自相踐踏，進而清軍騎兵遊動砍殺，常常以此獲得勝利。而這一次清軍騎兵戰術不靈了。