四月二十六日，清軍泉州港水師船隻200餘艘，進到祥芝澳，步兵登陸，船隻傍山邊而行，停泊在圍頭，步兵就地紮營。
鄭成功則一切準備完畢，隻等敵人來攻時給其回擊。
五月，李率泰和素達，帶領降將施琅、黃梧等人合力進犯。素達兵進海門，李率泰兵進金門附近浯嶼。
五月十日，雙方在海上大戰，各有傷亡。中午時分，鄭成功站在中軍艦上，一手拿著指揮旗，一手拿著寶劍，問左右將領：“海麵是否已經平靜了？”諸將回答：“平靜了。”鄭成功胸有成竹地說：“海流平靜就潮轉，潮轉風就隨之而轉。”於是下令發出信號，命令各船發起進攻。鄭成功下到八槳快艄上，來往巡視，鼓舞士氣。
果然，頃刻之間，海麵上刮起了強大的東風，波濤翻滾，船隻上下猛烈顛簸。
鄭成功手持戰旗，指揮各船與清軍交戰。清軍在鄭軍的攻擊下陣腳大亂，死傷無數。李率泰領兵從浯嶼趕來增援，被早有準備的鄭軍兩麵夾擊，焚燒清軍船隻。敵船處於逆潮之中，船隻互相碰撞，損壞無數。船上清軍，站立不穩。鄭軍掩殺過來，清軍大敗。
清軍由素達、施琅率領另一部，與鄭將右虎衛陳鵬相通，準備趁機渡過廈門。由於陳鵬的疏忽，其部將陳蟒率兵突殺清兵，殿兵鎮陳璋聽到殺聲也來夾擊清軍。清軍所有先鋒船隻，全部被擊沉。
素達、李率泰收拾殘兵，狼狽逃回，士兵損失十之六七。
而通敵的陳鵬，被鄭成功抓住，訴斥其罪過，並將其斬首，以正軍法。
從此以後，素達、李率泰的軍隊再也不敢來進犯了。在軍事處，清廷到了對鄭軍無可奈何的地步。
六月，鄭成功派使者去見素達、李率泰，並送去婦人穿戴的衣帽，要求他們進行決戰，否則，便接受巾幗表示低頭認輸。
素達、李率泰忍受鄭成功的侮辱，始終不敢再戰。素達在朝廷的壓力下，不久便在福州吞金自殺了。
鄭軍雖打敗了清軍的進攻，暫時保存了基本力量，但整個抗清形勢，對鄭軍是極為不利的。
清軍在對鄭軍武力會剿失敗後，暫停了進攻，但卻同時加緊了對鄭軍的封鎖。鄭軍的處境日益不妙起來。