通過幾年的征戰，鄭成功已收複了福建的漳州、泉州沿海地區與廣東潮州所屬的一些地方，但始終沒有找到一塊可以依靠的根據地。他必須尋找新的適合的地盤，做為反清複明的基地。
順治七年（公元1650年）八月的一天，鄭成功召集部將議事，大家都感到需要一個鞏固的軍事後方，鄭成功的叔父鄭芝鵬，此時也在這裏，他便勸鄭成功攻打廈門，以作為軍事基地。
由於鄭聯也是鄭家子弟，鄭成功很是猶豫。當下有人說：“金廈兩島是福建沿海的重要地方，據之可以縱橫金、廈、澎一帶海麵，雄吞同安、漳州，不失通詳裕國，探險待取之道，老太師過去曾十分重視這個地方。而現在卻被鄭聯、鄭彩據有。此時，鄭彩不在廈門，而駐守的鄭聯終日飲酒，不理軍務，竊軍餉為私用，征軍需作家財，部下怨言紛紛，百姓苦不堪言。現在奪取廈門正是時候。”
經過權衡再三，鄭成功決定奪取廈門。但擔心武力奪取一旦失利會使兩軍結仇。施琅說：“如果用兵攻取，不是好辦法，應該設計智取。”
鄭成功說：“把你的想法說出來給大家聽聽。”施琅說：“鄭聯是個酒色之徒，無謀之輩。藩主可率4艘巨艦，揚帆回師，停靠在鼓浪嶼。鄭聯見你人少，肯定不會懷疑。其餘的船隻，則扮作商船，陸續跟進，分別停到泊島、關浯嶼、大擔、白石頭。另外，再派部分船隻從鼓浪嶼轉入崎尾，直接開到廈門港水仙宮前。準備好後，藩主上岸拜訪，不要讓他看出破綻，相機行事。”
鄭成功聽後頗為讚賞，說：“此計甚好，但我想還是以不殺人為好。”
鄭芝莞說：“如果不殺鄭聯，恐怕他的部下戀主，不如就此殺了他好。”
鄭成功頗為猶豫。但為了抗清大計，也是因為鄭聯平時隻重酒色不謀國事，他采納了大家的意見。
鄭成功依計而行。於中秋之後，鄭成功率船來到鼓浪嶼拜訪鄭聯。
鄭聯設宴款待鄭成功。二人談得甚是投機，整整喝了一天，還覺得不盡意。
鄭成功又在虎坑岩設宴，宴請鄭聯。席間，鄭成功與鄭聯互相敬酒，比試誰的酒量大。一直喝到晚上八、九點，鄭聯才回府。
鄭聯走到半山塘時，被鄭成功伏兵所殺。其他各路人馬隨信號炮聲響後衝進城去，控製了廈門城。鄭成功又命人到城內各處安撫百姓，城內秩序井然。
鄭聯的部隊也被鄭成功掌握。鄭成功又派洪政持書前去招降鄭彩。
鄭彩對洪政說：“我已年老體衰，我看我們鄭氏家族諸子弟中，能繼承大誌、有所作為的隻有大木。我願把我的隊伍，全部交給他。”說完隨洪政一起回到廈門。
鄭彩把全部兵船都交給了鄭成功。鄭成功見鄭彩確實一心為抗清大業著想，便不再猜疑，待之甚厚。最後，鄭彩死於廈門。
鄭成功得了廈門以後，勢力更加強大。接連幾天，都有人紛紛前來歸附，附近不少地方，原來是鄭芝龍的部屬，也派使前來，表示願意受鄭成功節製。
從此，鄭成功有了比較穩定的根據地。九月，鄭成功隆重祭祀了已經慘死4年的母親田川氏。不久，又派人將其家眷接到了廈門。經他的經營，廈門日益繁榮。
他的手下部隊已發展到40000多人。又整編了軍隊，設立五軍（左軍、右軍、前軍、後軍、中軍），雄踞海上，圖謀進取。