鄭成功與鄭鴻逵商量後決定分兵回救安平，餘部進攻泉州城和防範王進軍隊的進攻。
王進率軍來到大盈，命楊得功、董之製造進攻安平的假象，自己悄悄帶領騎、步兵，乘夜由冷水井出發，經何坑，前出到南安，突到泉州城下。洪政率兵出戰，敗下陣來。趙國祚在城牆上遠遠望見，知道救兵已到，便命士兵在城上四麵呐喊，以造成相助之威。
鄭鴻逵心虛，以為清軍大隊人馬來到，不敢再戰，急忙退回金門。鄭成功正率部在王陵防守，而鄭鴻逵已退，自己勢孤難戰，便也退回安平。
王進進入泉州城後，恐鄭軍知道真相後進行反攻，謝絕趙國祚的挽留，率軍急忙返回漳州。
果然，鄭成功偵知真象後，追悔莫及。急命幾路人馬截追王進部隊，然而此時王進軍隊已過去兩天了。
泉州之役鄭成功雖未達到目的，但他在桃花山打得清軍落花流水，在福建人民中產生巨大影響。他的聲望日益提高。又有許多人投靠到鄭成功手下，如原浙江巡撫盧若騰、進士葉翼雲、舉人陳鼎、武藝精熟的藍登、通曉謀略的施琅及顯貴等人。鄭成功對他們非常尊重，待如上賓。鄭成功加緊操練部隊，並在安平籌集糧餉。
泉州之役也給清軍很大的震動，造成了不少的困難，鄭軍越來越引起了清政權的重視。
順治五年（公元1648年）閏三月，鄭成功率部進攻同安。把守同安的清軍將領是遊擊祁光秋和協防遊擊廉郎。二人集合步兵、騎兵和九都的鄉勇，抵抗鄭軍，雙方大戰於店頭山。甘輝挺身出戰，清軍守備王廷的坐騎失蹄被斬。清軍潰退入城。夜半二更，祁、廉與知縣張郊齡打開西門逃走了，第二天城中百姓開城門迎接鄭軍入城。鄭成功發布命令，安撫百姓，不許騷擾。命葉翼雲為同安知縣，勸說百姓追征糧餉，以助軍需；又命陳鼎為縣學教諭，傳告在學諸生，起義勤王。
同安被鄭軍敗破後，清軍提督趙國祚得到消息，飛報總督轉題奏朝廷。皇帝下詣，派遣佟鼐、李率泰、陳錦三人督師恢複各處地方。三人便派兵攻擊同安。
鄭軍使守同安的將領丘縉等得到清軍攻擊同安的報告後，馬上與葉翼雲、陳鼎商議防守的策略。三人商定誓死守衛同安城，同時向鄭成功求援。
清軍在佟鼐的率領下攻到同安。鄭軍出城迎戰被擊回城中。同安鄭軍便回兵城內，準備死守同安，以待鄭成功大軍來援。
八月十六日，清軍攻破同安城，丘縉、林壯猷、金作裕在與清軍巷戰中力竭而死。葉翼雲與陳鼎被俘，從容而死。
佟鼐收複了同安，卻痛恨同安的百姓支持鄭軍堅決抵抗，造成清軍大量傷亡，便下令盡屠城中百姓，血流溝渠，令人發指。
鄭成功正在銅山整頓船隻，訓練士卒，忽然接到葉翼雲等從同安發出的告急請援文書，便立即率大隊舟師回救同安。但天不作美，這幾天北風甚烈，航船難於駕駛，鄭成功帶兵5天才抵達金門。而這時探軍來報說，同安已被攻陷，諸將戰死，葉、陳不屈被殺，全城慘遭屠殺。鄭成功不禁痛哭。他設壇遙祭陣亡將士和被殺的軍官、百姓，三軍無不為之動情感憤，發誓定報此仇。
鄭軍不能再北上，於是便移師於鎮海、銅山一帶。這年十月，永曆帝詔封鄭成功為威遠侯，鄭成功高興地接受了封號。第二年，永曆三年（公元1649年）七月，永曆帝遣使再封鄭成功為廣平公。
幾年來，鄭成功以安平為據點，遊戰於南國，給清軍造成了很大的壓力。但是鄭成功軍隊的發展，始終受到一定的限製。