順治三年（公元1646年），清軍進到泉州時，征南大將軍貝勒博洛就設法招降鄭芝龍。
鄭芝龍接到降書後，已經心動了。當他得到貝勒的許諾讓他掌閩、粵總督大印時，他便決心降清了。
許多人勸他，說明“魚兒不可脫於淵”的道理，不希望他降清，而鄭芝龍並不理會。他認為大丈夫應當識時務，知天時時勢。明朝以長江天塹，再加上四個鎮的兵力守備，還沒有擋住清軍的進攻，而偏安一隅的福建更是難於抵抗。如果放棄降清的機會，很可能造成畫虎不成反類犬的後果。
鄭芝龍從自身利益的角度出發，為了“順時勢”而決定降清。他自擁立唐王之後，個人財產便遍布福建、廣東等地，已為天下巨富。他不願失去自己來之不易的財產，於是他不聽別人勸諫，寫了降表，答複了貝勒的要求。
鄭成功非常傷心，對父親充滿了憤怒。在叔父鄭鴻逵的勸說下，為了阻止鄭芝龍將鄭成功劫持降清，便帶著部屬到金門暫時躲避起來，以圖另外的打算。
鄭芝龍滿心想當閩廣總督，隻帶500名護衛赴福州會見貝勒。他臨行前給鄭成功寫信，約鄭成功同行。鄭成功忍受著最後和父親絕裂的痛苦，悲傷地回信說：“從來父教子忠，沒聽說父親教兒子投降的。現在父親不聽兒子的忠告，決意投降，已無法挽救了。將來倘有不測，做兒子的隻有縞素報仇而已。”鄭芝龍見信非常惱怒，說：“這小子太狂悖了！他哪知道做父親的心思，哪懂得做父親的苦心，隻知道一味地愚忠已不存在的明國。”便帶小兒子前往福州降清。
貝勒派遣泉州紳士郭必昌向鄭芝龍招降之事終於有了結果。到福州後，鄭芝龍拜貝勒博洛，二人握手言歡，折箭為誓，設酒宴飲達三日三夜。博洛很了解在鄭芝龍諸子中鄭成功不可小看，一直等鄭成功前來，但了解到鄭成功不願降清之後，於第三天夜半，挾持鄭芝龍去麵清君。鄭芝龍也感到情況不妙，對博洛說：“北上麵君，本芝龍本願，但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何？”博洛知道他的用心，是想以子弟擁兵相威脅，便說：“此與爾無與，亦非吾所慮也。”不予理睬。
鄭芝龍投降以後，本以為鄭家可以免遭清兵暴掠，因而並無防備。哪料到他一離開，清兵馬上湧進安平，燒殺搶掠，奸淫婦女，鄭芝龍家也不例外。鄭成功母親田川氏被汙辱而自縊，鄭成功大為痛恨，他用倭刀剖開田川氏的小腹，掏出腸子，洗除汙穢又重新裝好，盛殮安葬。
國難家仇，更堅定了鄭成功抗清的決心。田川氏的慘死，給鄭成功以極大的打擊。他對田川氏有著非常深厚的感情，母親的死，使他悲痛欲絕。
國家的危亡，民眾的苦難，父親的投降，慈母的慘死，這一切都使鄭成功心肺欲裂。複仇的怒火，更激勵了他胸懷已久的愛國豪情，更堅定了他同清廷鬥爭到底的決心。
他認為，要救國，要恢複明朝的江山，光靠讀書的清談是不行的。過去的科舉仕進光耀門楣之誌已經行不通了。他決計起兵興師以報國恨家仇。
這時的鄭成功，不僅具有忠君愛國的思想，而且是敢於為忠君愛國而付出生命的，已超出了許多清談愛國的人。許多文人武將，此時都已向清廷投降，就連他過去最尊重的老師、大學問家錢謙益，在南京失陷後也投降了。這一切並未動搖鄭成功抗清到底的決心。在傷心之餘，他瞧不起那些苟且偷生而失去忠義的人。
他帶著自己穿戴過的儒巾藍衫，來到了文廟，要在這裏與至聖先師告別。文廟是紀念和祭祀孔子的祠廟，每個讀書人都要在此朝拜先師孔子。當年，鄭成功考中南安縣學為廩生時，就曾在這裏拜領儒服。
由於當時的縣府設在豐州，孔廟也就設在本州鎮旁。由於連年戰亂，人們已無法安心讀書，再加上這文廟處於山野之中，這時就更加顯得荒涼、淒清。
鄭成功來到孔廟，泣不成聲地祝告說：“昔為儒生，今為孤臣，向背去留，各有所用，請先師諒鑒。”說罷，命人把帶來的儒服點火燒著了，自己換上鎧甲，佩上寶劍，義無反顧地慷慨而去，自此走上了抗清的武裝鬥爭道路。這一年他才24歲。
鄭成功與他的父親徹底決裂了。他樹起了“殺父報國”的旗幟，成為名昭史冊的逆子忠臣。
人們為了紀念鄭成功，就把他曾焚燒過青衣、投筆從戎的文廟改名為“焚衣亭”。這座文廟的遺址至今猶在，它位於南安豐州路下村的魁星閣下。其左有一石坊，坊邊有一株蒼老的古鬆，相傳此鬆植於鄭成功焚青衣時。另外還有一座紀念碑，上麵刻有文字，以誌其事。
鄭成功不相信明朝的天下就此完結，他要憑自己的勇氣和信心，團結反清複明的愛國誌士，重振大明的江山。
“焚衣亭”是他告別文筆走向武裝抗清的轉折點。至此，南國的抗清複明運動掀起了一個又一個高潮。