鄭成功在南京國子監上學時，明王朝已處於風雨飄搖之中。國內貪汙腐化、爭權奪利的鬥爭愈演愈烈，國力到了非常虛弱的程度。雖然官商富足，百姓卻越來越苦了。
國內有洶湧澎湃的農民起義軍，關外有虎視中原的滿清政權。1644年3月19日，李自成的農民起義軍攻入北京城，崇禎皇帝朱由檢跑到景山上吊自殺。統治了276年的明王朝從此滅亡了。
鎮守山海關的將軍吳三桂在李自成政權的誘惑下本來要投降農民政權，在投降途中得到父親被汙辱、愛妾陳圓圓被權將軍劉宗敏搶占，深感奇恥大辱，怒不可遏，發誓不滅李自成、不殺權將軍，此仇此恨難滅。於是頓改初衷，決定與農民政權對抗到底。
由此導致了吳三桂與滿清政權聯合，共同對付農民軍的戰爭。在山海關，吳三桂與滿清攝政王多爾袞所統帥的清兵，一舉擊敗了李自成的10萬大軍。自此，滿清政權已控製了河北、山東及東北等地。南京明朝官員擁立福王朱由崧為皇帝，改元為“弘光”。但福王政權不思複國，各級官員爭權奪勢，互相傾軋，以致發生了火並，致使江北第一防線頓呈空虛之狀。清軍乘虛而入，揚州陷落，史可法壯烈殉國。
清朝順治二年（公元1645年）五月，清朝定國大將軍、豫親王多鐸率領清兵打進南京，弘光政權滅亡。鄭成功目睹國破民亡的悲慘景象，心情非常沉痛。
此時，鄭成功的母親田川氏回到了中國。恰值南京太學解散，他便回安平老家與母親團聚。鄭芝龍之所以此時能將田川氏接到中國，是因為他在弘光政權中被封為“安南伯”，田川氏被封“國夫人”，日本當局才同意讓田川氏回國。母子相見，悲喜交集。鄭成功對母親10多年來的思念之情才得以補償。
弘光政權滅亡，鄭鴻逵、鄭彩聽說杭州城已經被清軍占領，遂率全部兵馬退回福建。巡撫張肯堂、巡按禦史吳春枝、禮部尚書黃道周、安南伯鄭芝龍等人，商議在福建擁立唐王朱聿鍵為監國，閆六月十五日，共奉唐王即位福州，建元為“隆武”。設六部九卿，在福州上、下遊各設4府。大量兵馬集中在福州為總策應，以謀求反攻收複明朝故國。鄭成功的父親鄭芝龍、叔父鄭鴻逵都做了首輔。明朝在江西、湖北、廣東、廣西、四川、雲南等地的文臣武將聽到隆武政權的建立，紛紛上表稱臣，表示擁護。
在清軍大兵壓境的危機關頭，魯王朱以海和唐王朱聿鍵兩個並存的政權，仍不改“亡國”的習慣，都忙於爭奪誰是正統，勢同水火；在隆武政權內部，也是矛盾重重。鄭芝龍自以為擁立唐王有功，軍政開支又都由鄭家支付，因此居功驕傲，非常跋扈。隆武帝封鄭芝龍為平國公，鄭鴻逵為定國公，畢恭畢敬地尊他們為“太師”，但仍不免處處受他們挾製。
隆武帝一心勤於中興政務，凡有章奏批答，都親自動手，不借助於閣臣，而且他生活儉樸，布衣蔬食，約束甚嚴。
隆武帝即位一個多月後，八月十七日，鄭芝龍將鄭成功引薦給隆武帝。這時的鄭成功不僅結交名士，而且親眼見到了亡國的巨變，經曆了險惡的政治風雲，在各方麵更加成熟了。因為鄭家手握重兵，為朝廷所倚重，所以隆武帝對鄭成功也格外另眼相看。通過與鄭成功對政局國勢的交談，隆武帝發現這個世家公子非一般紈絝子弟可比。鄭成功認為為政之道應當“知人善用，招攜懷遠，練武備、足糧貯，決壅蔽，掃門戶”，對天下大事和朝廷政務都有自己的見解。隆武帝驚異他的才華，很喜歡這個年輕人。他說：“惜無一女配卿，卿當忠吾家，勿相忘也！”