皇帝以女兒給人做妻子，這在當時被看成是給予了最高的榮譽。
隆武帝為了表示對鄭成功的寵愛，將當朝最尊崇的朱姓，賜給鄭成功，並將原名森改為成功。從這時起，鄭森的名字成了朱成功。但這朱姓是皇上所賜，又表示榮寵，是不可以隨便用的，因此朝廷內外都稱鄭成功為國姓，普通百姓或他的下級便稱他為國姓爺。
隆武帝還封鄭成功為中軍都督，賜尚方寶劍，在禮儀規格上與附馬相同，同時，隆武帝又封鄭成功為忠孝伯，命令他統率禁旅。自此，鄭成功逐漸走上了一條與其父鄭芝龍截然不同的道路，成為一位“逆子忠臣”。
與鄭芝龍當海盜求官職經曆不同，鄭成功自小就受到儒家忠君愛國的教育，他不僅是大明名將之子，也是受皇上寵愛的忠臣。而鄭芝龍有過天馬行空的經曆，已形成了進退都由自己打算的行事作風。
但對兒子的教育，鄭芝龍仍不能不教以忠君報國。教者出於形式，聽者卻在認真領受，這種矛盾導致了後來父子的決裂。
鄭芝龍在崇禎末年，曾經主持編修鄭氏族譜。在當時的時代，拿不出別的思想武器，除了宣傳忠君報國積德行善外，也拿不出別的主張。
鄭芝龍給族譜做序時，大發議論，講了一番做人的道理。他的意思是做人不能忘本，就不能忘親，不能忘君。他對子孫的具體要求是：
今虔瓣一炷香，上告列祖，下勉我子孫，自今伊始，有力學顯親、國爾忘家、以光吾宗者乎？有廉能倡義，孝悌力田於鄉裏、稱善於人乎？準附諸廟。不然者，匪類招搖，莩葭與濫，祖宗且以罪人視之也。雖位貴顯，莫於吾廟溷焉。
這是一篇堂皇正大的宣言，鄭氏子孫讀之不能不為之肅然，如果不走正路，做不肖子孫，就沒有進入宗廟的資格。
這種家教與鄭成功在南安縣學中所學的完全一致，不能不留給他深刻的影響。當鄭成功到宗廟拜祭時，麵對祖先的神位，讀著堂上“有一點欺，何堪對祖；無十分敬，漫許登堂！”的聯語，能不堅定他忠君愛國之心嗎？
隆武帝的寵愛和器重，使鄭成功大為感動，恨不能披肝瀝膽，以重振明朝。
當時清朝統治者似乎對隆武政權比當年的弘光政權更為不放心。在了解到隆武政權抗清力量的發展後，清軍曾向朝廷飛檄告急，說：“我皇上若不急發大兵南下，恐兩王已定之疆土，非複朝廷之有也。”
而隆武政權在與魯王爭執正統的同時，其內部也敗壞不堪。鄭芝龍擁兵自重，另有打算。他的目的不是向北抗清恢複明國，而是要挾天子以令諸侯，成為一方之霸主，並借此廣置財產。在隆武朝，鄭芝龍秉政數月便增置了倉莊達500餘所。鄭鴻逵為鞏固自己的地位，向隆武帝進獻美女12人。隆武帝不敢得罪鄭鴻逵，但也從不親近這些美女，隻是把他們置於宮中而已。
文武官員一再要求北伐，鄭芝龍借口糧餉不足而阻止。鄭芝龍手握重兵而不願出兵，顯然心存異誌。鄭鴻逵對此也認為不對，但不能說服鄭芝龍。他因而十分憤恨，甚至想出家為僧，不得已，退居安海。
清軍自山海關大戰以來，滿清政權誌在得明朝天下，采取了征撫兼施的方法。清廷命江南經略、內院洪承疇招撫江南，而命禦史黃熙胤招撫福建。此二人都是鄭芝龍的同鄉，簡直為鄭芝龍樹立了榜樣，對他很有吸引力。這位海盜出身的大帥，本來就是惟利是趨的，麵對清廷的招撫不能不動心。他徘徊觀望，遲遲不肯出師，原因是因為心中去向未定。