在召開上述公開會議和簽署公開協定以外，雙方代表還在私下裏進行了秘密商談，並草簽了一份重要文件，主要內容為：確定共和政體；優待清皇室；先推翻清政府者為大總統。
但是，在袁世凱為自己即將成為大總統而甚感得意之時，十一月初八南方十七省代表卻選舉孫中山為臨時大總統。十三日，孫中山在南京就職，中華民國臨時政府宣告成立。
消息傳到北京，袁先是“十分惱怒”，繼而又“極為喪氣”。十四日，袁世凱致電唐紹儀，要求他辭去代表之職，概不承認以前所簽的各種文件，和談事項由他自己和伍廷芳直接電商。十七日他致電伍廷芳，質問“此次選舉總統是何用意”，南北和談陷入了僵局。二十八日，孫中山致電伍廷芳轉告袁世凱說：“如清帝實行退位，宣布共和，則臨時政府決不食言，文即可正式宣布解職，以功以能，首推袁氏。”張謇、汪精衛、楊士琦等人唯恐袁錯過機會，不斷地敦促袁世凱下定決心力促清帝退位。袁世凱在得到孫中山的明確保證之後，下定了決心，立命袁克定、梁士詒致電唐紹儀轉告伍廷芳：事在必行，義無返顧。但不能由我一個人向清帝提出退位的請求。已將斯旨，指示北洋諸鎮將及駐外專使，旅滬疆吏，令聯銜勸幼帝退位，一舉而大局可定。另擬優待皇室條件，征求南方同意。自此之後，和議中的國民會議問題一變而為清帝退位問題，於是，袁世凱開始進行逼宮。清政府的終結時刻就要到來了。
清帝退位
袁世凱在大總統職位在望之時，開始威逼清帝退位。1912年1月16日，他率領全體閣員上奏，要求皇太後和皇上立即召集皇族開會，決定是否實行共和製。袁世凱非常狡猾，他在去紫禁城養心殿見隆裕太後呈遞奏折時，裝著很傷心的樣子，往紅氈墊上一跪，雙肩聳動，鼻子抽泣，滿麵是淚，哽咽著哭訴。表麵上，他是個清王朝的大忠臣，暗地裏，他的親信趙秉鈞、梁士詒等卻在逼宮。
與此同時，北洋將領段祺瑞等人，又在袁世凱指使下，發表聯名通電，要求清王朝立即同意共和，否則將帶兵攻入北京。所有這些，把清帝推得離退位越來越近。
1月30日，隆裕太後再度召開禦前會議，已經沒有哪個王公親貴敢公開反對清帝退位了。載灃、奕等人都認為，“官軍既無鬥誌，不若遜位全終，猶得優遇”。隆裕太後見局勢已經無法挽回，隻好於2月3日，讓袁世凱全權負責，與南京政府討論優待退位條件，經幾番修訂之後，終於達成《關於大清皇帝辭位之後優待條件》，共8款：第一，清帝退位後，其尊號仍存不廢。第二，民國待以外國君主之禮。第三，皇室歲費400萬兩，由民國供給。第四，暫居故宮，日後移頤和園。第五，其宗廟陵寢永遠奉祀。第六，其原有私產由民國特別保護。第七，原禁衛軍歸民國陸軍部編製，額數俸餉仍如其舊。第八，另還商定了待遇皇族四條和待遇各族七條規定。2月11日，隆裕太後接受優待條例。
2月12日，隆裕太後頒布懿旨，清帝溥儀辭位，賦予袁世凱組織臨時共和政府的權力，命其與民軍協商統一辦法並由外務部照會各國公使。6歲的小皇帝溥儀由隆裕太後帶著於養心殿舉行最後一次朝儀禮。清朝延續時間自清太祖努爾哈赤建國算起是297年，自清世祖入關算起是268年，至此成為曆史。
紫禁城裏的小朝廷
皇室優待條件
宣統退位後，清皇室的原班人馬仍住在紫禁城裏，除了沒有全國統治權外，一切生活起居製度禮儀原封不動，被稱為“關門小朝廷”，溥儀也就是“關門小皇帝”。
沒有多久，人們發現“關門小朝廷”的種種行為與民國統治權、民國法律製度不合節拍，乃至與之相左。由此引起社會上議論紛紛，表示質疑和不滿，參政院於是提出批評和建議，北京政府派內務總長朱啟鈐、司法總長章宗祥與清室內務府交涉，於民國三年（1914年）十二月二十六日製定了7條“善後辦法”：
“茲為鞏固清皇室安全，依據參政院建議策，聲明優待條件議定善後辦法如左：
一、清皇室應尊重中華民國國家統治權，除優待條件特有規定外，凡一切行為與現行法令抵觸者，概行度止。
二、清皇室對於政府文書及其他履行公權、私權之文書契約，通用民國紀年，不適用舊曆及舊時年號。
三、大清皇帝諭告及一切賞賜，但行於宗族家庭及其屬下人等，其對於官民贈給，以物品為限，所有賜諡及其他榮典，概行廢止。
清皇室所屬機關對於人民不得用公文告示及一切行政處分。
清皇室如為民事上或商事上法律行為，非依釋行法令辦理，不能認為有效。