剛宣讀完畢，恰逢載垣、端華進宮上朝，見奕等王大臣竟在殿內，非常詫異，大聲質問：“外廷臣子，何得擅入？”奕答道：“有詔。”載垣、端華就更摸不著頭腦了，毫不客氣地責備兩宮太後不該召見奕等人。太後大怒，立即傳下另外一道諭旨，奕當場宣示：“將載垣、端華、肅順革去爵職拿問，交宗人府會同大學士六部九卿翰詹科道嚴行議罪。”載垣、端華聽罷如墜雲霧之中，厲聲斥問：“我輩未入，詔從何來？”奕不與理會，一聲令下，一群侍衛將其拿下，押到宗人府看管起來。
兩宮太後又以小皇帝的名義，火速發出密旨，命令正在回京路上監視肅順的睿親王仁壽、醇郡王奕相機擒拿肅順，押解回京，交宗人府聽候議罪。此時，護送靈柩的肅順才行至密雲縣。監視他的仁壽、奕接到馳送而來的密旨，連夜率兵趕去，在臥室中將其拿獲。肅順這才如夢方醒，跳罵道：“悔不該早治此婢！”押至宗人府，碰見載垣、端華二人，肅順怒道：“若早從吾言，何至有今日！”二人無可奈何，答道：“事已至此，還說什麼！”
這樣，慈禧和奕集團經過緊密的配合和周密的部署，取得了政變的成功。
十月初一日，命恭親王奕為議政王、軍機大臣。隨之，軍機大臣文祥奏請兩宮太後垂簾聽政。初三日，大行皇帝梓宮至京。初五日，從大學士周祖培疏言“怡親王載垣等擬定‘祺祥’年號，意義重複，請更正”，詔改“祺祥”為“同治”。“同治”含義可做四種詮釋：一是兩宮同治，二是兩宮與親貴同治，三是兩宮與載淳同治，四是兩宮、載淳與親貴同治。
十月初六（11月8日），恭親王奕等人公布八大臣八條罪狀，而後，扔下兩條白絹，令載垣、端華自盡。肅順則被無帷小車押赴刑場處決，在通往刑場的大街上，人山人海，熙熙攘攘，人群中有人高喊道：“肅順，也有今天啦！”於是人們紛紛以瓦礫泥土擲之，肅順白白胖胖的麵目很快就模糊不可辨別了。此人是條硬漢，行刑之前一路破口大罵，刑場上不肯下跪，劊子手用刀柄敲斷他的兩條腿，方才跪下。接著，奕等王大臣會議提出將景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛五人革職，發配新疆效力。
慈禧和奕進一步肅清餘黨，將陳孚恩、黃宗漢、劉昆、成琦、德克律太等人革職，將太監杜雙奎、袁添喜、王慶喜等發往邊遠地區充官兵奴仆。
此外，慈禧和奕非常清醒地知道，肅順、載垣、端華掌權多年，其黨羽遍布六部九卿，至於依附逢迎、巴結討好者，在京師內外文武百官中，更是大有人在，但如果一一追究，廣為株連，勢必弄得人人自危，風聲鶴唳，不利於籠絡人心，穩定政局。為此，慈禧、奕在處死載垣、端華、肅順之後，連下三道上諭，宣布既往不咎之意，但內含肅殺之氣，意在告誡宗室王公、文武百官，不得抗拒垂簾，否則肅順等人前車俱在，必將嚴懲不貸。
初九日，載淳在太和殿即皇帝位。二十六日，禮親王世鐸上《垂簾章程》。兩宮太後懿旨：依議。於是，皇太後垂簾聽政之舉，輿論已經造成，章程亦已製定。
二十九日，軍機處將所查抄的肅順家產賬目及其來往書信，全部當眾銷毀。至此，人心大定。
十一月初一日，同治奉慈安皇太後、慈禧皇太後禦養心殿垂簾聽政。垂簾聽政之所設在大內養心殿東間，同治帝禦座後設一黃幔（初為黃屏），慈安皇太後與慈禧皇太後並坐其後。恭親王奕立於左，醇親王奕立於右。引見大臣時，吏部堂官遞綠頭箋，恭親王奕接後，呈放在禦案上。皇太後垂簾聽政，這在中國曆史上實屬空前絕後。也就是從這個時候起，同治帝就失去了家庭生活的樂趣，成為他母親手中的一個傀儡和工具。同治帝在位13年，前12年是在兩太後垂簾的情況下虛坐龍椅的傀儡皇帝，最後隻親政了1年。
這次政變，因載淳登極後擬定年號為祺祥，故史稱“祺祥政變”；這年為辛酉年，又稱“辛酉政變”；因政變發生在北京，又稱為“北京政變”。其時，“辛酉政變”的三個主要人物——慈安皇太後25歲，慈禧皇太後27歲，恭親王奕30歲。
毫無國君風範
不愛學習的皇帝
鹹豐十一年（1861年），鹹豐帝在熱河駕崩，身後僅留下一子載淳。經過一場驚心動魄的宮廷政變，兩宮皇太後掌握了實際權力，在恭親王奕的支持下，搞起了“垂簾聽政”。
大清國的最高權力，就落在了兩個婦人之手。
幼稚無知的同治，懵懵懂懂被抬上了九五至尊的寶座，接受文武百官王公大臣的三跪九叩，山呼萬歲。其實他什麼也不懂，所有的軍國大事，都由坐在身後的兩位太後說了算，他也隻是裝裝樣子，每天的主要任務是到弘德殿讀書。
清代皇子的教育是極為嚴格的，可是同治卻是個例外。由於他從小就失去了父親，而兩位母親又整日忙於國事無暇他顧，因此同治自小就和一幫太監宮女廝混在一起，正是所謂入鮑魚之肆，久而不聞其臭。本來少年心性，貪玩好動，又沒有得到嚴格的管教，同治逐漸養成了懶散不好讀書的惡習。在清朝的所有皇帝中，他恐怕是唯一一個不愛學習的皇帝。