正當慈禧和奕磨刀霍霍的時候，肅順等人又犯下了一個致命的錯誤。當時，端華係步軍統領，統率在京八旗步軍和在京綠營馬步軍3萬人，掌京師九門管鑰，身居要職，舉足輕重。
載垣兼鑾儀衛掌衛事大臣、上虞備用處管理大臣之職，掌管皇帝的侍衛隊與儀仗隊，負有隨侍皇帝漁獵、率領三旗侍入值之責，肅順兼任響導處事務大臣，掌管著一支皇家偵察部隊。
這就是說，端華、載垣、肅順統領著京城和皇帝的主要安全保衛力量。可是，他們三人見慈禧被迫退讓，奕對讚襄製度也不敢提出異議，遂認為大局已定，無人能撼動他們的權位，於是，以“差務較繁”為由，一起辭去上述要職。
他們也許是為了表明專心致力於攝政事務，不敢包攬一切，以取得太後的信任和支持而作出的一個姿態。但這正是皇太後尤其是慈禧求之不得的，遂以兩宮太後的名義同意了他們的請求。慈禧非常精明，在委任奕同黨瑞常等接任步軍統領等職的同時，又特地委派端華暫署行在步軍統領，以防肅順等人起疑。這樣，肅順等人手中僅有的一點兵權也丟了，他們離死亡又靠近了一大步。
九月二十三日（10月26日），是鹹豐帝靈柩回京的日子。肅順等人安排載垣等隨同兩太後和小皇帝在避暑山莊麗正門外跪送鹹豐帝靈柩啟程返京，然後從間道先行，提前趕回京師。而肅順、仁壽、奕、陳恩孚、宋晉等人，則護送鹹豐帝笨重的靈柩，從大道緩緩而行。這一安排正中慈禧下懷，她抓住這一至關重要的機會，選用快班轎夫、日夜兼程，提前四天趕到北京。
二十三日，大行皇帝梓宮由避暑山莊啟駕。同治與兩宮太後奉大行皇帝梓宮，從承德啟程返京師。兩宮太後和同治隻陪了靈駕一天，就以皇帝年齡小、兩太後為年輕婦道人家為借口，從小道往回趕。鹹豐十一年九月二十八日（1861年10月31日），兩宮太後和小皇帝一行到達京郊，恭親王奕出城迎接，密陳在京政變部署情況，兩宮太後聽了頗為放心。
當天，兩宮太後在郊外宿次召見了奕，雙方開始為政變做最後一項準備。那就是密商政變後的政治體製，也就是權力如何分配的問題。
二十九日，同治奉兩宮太後回到北京皇宮。因為下雨，道路泥濘，靈駕行進遲緩。同治奉兩宮太後間道疾行，比靈駕提前4天到京。
突發政變
這時，肅順等人的敗局已定，垂簾聽政勢在必行。而奕這位曾經與皇位擦肩而過的皇子，如今已是功高蓋世，眾望所歸，手握實權。他早已盯上了這一次難得的爭權機會，但不好直接提出。於是，他便策動其親信、手握重兵的勝保上了《奏請皇太後親理大政並另簡近親王輔政折》。
勝保奏折首先就讚襄政務王大臣的不合法性進行了抨擊。他說，肅順等人輔政，是以他們自己代寫的聖諭為依據，而且當時，先皇已是彌留之際，近支親王多不在側，所以未能擇賢而任之，這是先帝的未竟之誌。而現在，嗣聖既未親政，太後又不臨朝，諭旨盡出於八大臣。他們已開矯竊之端，大失臣民之望，如果循此不改，一切發號施令，真偽不分，這樣，不獨天下人心日行解體，恐怕外國人聞之，也覺於理不順，勢必招致天下大亂。勝保的此番議論，等於將肅順等人置於矯詔竊權的位置上，這對他們無疑是致命的一擊。
接著，勝保在奏折中又引經據典，論證垂簾聽政和親王輔政多有先例，而且合情合理。
當務之急，應該因時製宜，不應拘泥細枝末節。
最後，勝保明確主張：“為今之計，非皇太後親理萬機，召對群臣，無以通下情而正國體；非另簡近支親王佐理庶務，盡心匡弼，不足以振綱紀而順人心。”
從勝保奏折的內容可以看出，勝保為政變成功後設計的政治體製，實質就是皇太後聽政與近支親王輔政相結合，太後聽政為其名，親王輔政為其實。至於肩負輔政重任的近支親王，在勝保等人的眼中，自然非恭親王奕莫屬。從後來的事態發展來看，慈禧的目標是代行君權，個人專政，其內心深處並不想接受這種政治體製，但她不得不依靠掌握朝廷實權、具有崇高威望的奕和手握重兵的勝保，於是不得不暫且答應下來。三十日（11月2日），兩宮太後在宮中召見奕、文祥、桂良、賈楨、周祖培等人。慈禧麵對眾人，一把鼻涕一把淚，斥罵肅順等八大臣大逆不道、飛揚跋扈、圖謀不軌的種種罪行，並將英法聯軍入侵北京、圓明園被焚掠、皇都百姓受驚、鹹豐皇帝出巡的政治責任全扣到載垣等八大臣頭上。眾大臣憤慨無比。周祖培說：“何不重治其罪？”
慈禧順水推舟：“彼為讚襄王大臣，可徑予治罪乎？”
周祖培答道：“皇太後可降旨先令解任，再予拿問。”
說到這裏，慈禧確信留京大臣對誅殺肅順等人毫無異議之後，隨即拋出早在熱河期間就由醇郡王奕擬好的諭旨，交給恭親王奕，當眾宣示。諭旨核心意思有兩點：一是要求王公大臣等妥議皇太後親理大政並另簡親王輔政；二是宣示八位讚襄政務大臣的種種罪行，諭令解除他們的一切職務。