順天鄉試案還沒有結束，九年（1859年），又發生了戶部鈔票局案。清廷為支付日益龐大的軍費，在加強稅收、鑄造大錢的同時，還印行5種麵值的戶部官票和8種麵值的大清寶鈔，並招商設立乾字官號4個，宇字官號5個。官僚於是趁機與商人勾結，采取各種手法，大肆貪汙。鹹豐七年禦史張某就指出：“宇字官號，積弊叢生。”接任戶部尚書不久的肅順，也覺察到“宇字五號欠款與官錢總局存檔不符，奏請究治”。結果查出貪汙巨額贓款，先後抄沒官吏商人各數十家，株連數百人，其中還有倉場侍郎崇綸這樣的大官僚。
八年、九年（1858年、1859年）中，連續發生三大案，前兩案嚴懲包括兩個大學士在內的大小官僚，後一案雖隻有個別大官僚受到懲處，但涉及的人又非常多。這對長期腐敗又被姑息的官僚，甚至於對於一般士大夫，不能不是極大的震動。讚賞擁護者當然有許多人，但認為太嚴的人，害怕出現第四、第五……大案，因而力圖加以阻止者更大有人在。
禦史朱夢元就上奏說：“陛下求治太銳，不免操之已蹙；除弊太急，不無過為已甚。”鹹豐帝立即反駁：“朕執兩用中，毫無偏倚。”近來諸事苟且，即如現辦戶部鈔票局一案，如對大官僚副主考程庭桂，鹹豐帝因其子在同案被處死，就免死發軍台。更沒有株連柏葰等人家屬，抄沒其家產。同順治帝時此類案件相比，懲罰是較輕的。
議論紛起的另一原因是肅順在三案中的作用及其為人。當時，以至於到清末，發表議論的人誇大肅順的作用，有的甚至說柏葰被判了死刑，“上意猶未決，肅順即奪朱筆代書之”，這是有違當時常理的編造。在三大案中，特別是前兩案中，肅順不過是在迎合皇帝。
但肅順不僅並不廉謹守法，在科舉考試中也有舞弊行為，而且，確有借案樹威、打擊同僚的私心。他因與柏葰有隙，一定要置之死地的傳聞，雖然缺乏證據，但對翁心存一而再、再而三地緊追不放，卻有據可查。肅順由於以親貴驟掌大權，再加上粗疏不學，遇事不免張揚，“惡常熟（翁心存）之異己，至眾詬於署庭”。其實他對彭蘊章、周祖培也有類似情況，甚至對參加殿試的士人，也如對待奴婢般頤指氣使。
翁、彭、周三人是鹹豐後期位高望重的大臣，其中彭為會試正考官兩次，周則早在道光二十五（1845年）年就為會試副考官，鹹豐二年（1852年）又為主考官，所謂“衡文最久，門生遍天下”。翁試差雖不及二人，但聲望並不遜色，“尤粹然儒者，進退可觀”，有眾心所歸的“人望”。而肅順竟施以連續露骨的打擊，這不能不引起官僚的不安和議論，把本來有利於封建統治的吏治整頓，變為統治集團爭奪權力的鬥爭，從而使鹹豐帝心情更糟。
同時，這樣的整頓，雖然對吏治有所補救，如懲處柏葰等人之後，科舉考試舞弊現象就大為減少。但由於起步較晚，鹹豐十年（1860年）有英法聯軍入侵的幹擾，吏治的整頓既沒有能在京內堅持下去，更沒有能在全國大力推行，以致鹹豐末年的吏治，除了湘軍集團大員為督撫的兩湖、四川、安徽等有較大好轉外，其他各省依然如故。
火燒圓明園
鹹豐十年（1860年），清王朝內憂外患，危機不斷。
從三月起，太平天國一路攻克杭州，回援天京，搗毀江南大營，接著又東征常州、蘇州，至五月又占領了鬆江府城，隨時準備進攻上海。各地反清起義也接連不斷。
國際方麵，英法聯軍陸續抵達中國沿海，其中英軍有軍艦79艘，陸軍約2萬餘人，雇運輸船126艘；法軍有軍艦40艘，陸軍7600餘人。在西方殖民主義擴張史上，集中如此龐大規模的兵力亦屬罕見。英、法公使及海陸軍司令在上海製訂了詳細的軍事行動計劃，侵略軍先後占領舟山、大連、芝罘，並霸占上海、舟山為轉運兵站；他們以大連、芝罘為前進的根據地，對渤海灣進行封鎖。至五月，英法聯軍集結完畢：英軍把700艘軍艦開入渤海，在大連駐紮陸軍1.1萬餘人；法國軍艦已大部進入渤海，在芝罘駐紮6700餘名陸軍。
初八，英、法兩國政府向歐美各國發出通告，宣布開始對中國宣戰。
英法聯軍強大的陣營嚇壞了清政府。管理對外事務的欽差大臣、兩江總督何桂清，於是堅持反對對外開戰，多次上奏請和。太平軍進常州時，他嚇得趕緊逃往上海，並聯絡英、法等國，欲借英法聯軍兵力幫助圍剿太平軍。他上奏稱：如今東南要害均被太平軍占據，蘇省無一兵一卒，全境空虛。要求鹹豐帝趕快和英、法簽訂和議，以借他們的兵力平定叛亂。盡管何桂清因兵敗而被革職，何桂清的請求亦被鹹豐帝駁回，但其繼任者薛煥仍奉行何桂清的政策，蘇淞太道吳煦更是多方打探，進行求和求援。在這批官員的要求下，英、法公使拋開與清政府開戰的事實，竟單方麵宣布保衛上海，維護商業，並從部隊中抽調英軍1030人、法軍600餘人，駐紮在上海。由此就出現了一種奇特現象，英、法兩國已同清政府開戰，但在上海地區卻與清朝地方政府進行軍事合作，為了不同的利益，他們卻走到了一起。