其次是矛盾叢生。比如琦善與慧成、舒興阿與和春、向榮與福興，吳文譸與崇綸，僧格林沁與勝保，都互相不服，不甘居下。比如其中前二人，鹹豐三年（1853年）一起進攻揚州，卻各發各的奏報，甚至在戰場上各顧各，敗不相救。一般將領也同樣如此，如鹹豐四年冬長江下遊水師統領吳全美與葉長春，因意見不和，互相猜疑，而互相觀望，拖延不相救；向榮在派員調解督催無效後，最後隻好將葉調走，另派李某接任。一般兵弁之間，不僅兵與勇由於待遇、生活經曆等多方麵的差異，經常有矛盾，且經製兵，由於來自不同省縣的營汛，也往往有很大矛盾。即所謂“兵與勇不和，楚兵與黔兵不和”，甚至同為湖南的“鎮兵又與常德兵不和”。這種不和常常導致平時械鬥、臨陣不能一致對敵，“此軍大敗奔北，流血成淵，彼軍袖手旁觀，哆口而微笑”。
再次是紀律敗壞。如浙江鹹豐四年、五年（1854年、1855年）間之台勇，在皖南“肆行搶掠，以至郡城（徽州）又為之一空”；在本省“處處台勇皆鬧事，甚至動百姓公忿，齊心殺之”，“前在上海者尤與盜賊無異，子女玉帛滿載而歸”。當時人們公認，為害甚大、甚廣的兵士的獸行罄竹難書。八旗綠營經製兵也同他們差不多。比如勝保、僧格林沁兩軍紀律敗壞，被村民抓住責打，勝保竟令大員帶騎兵三百前去報複，焚燒房屋，搶擄衣物。有些衛道士也不得不承認：“官軍尾賊之後，隨路淫掠，民之走避者，畏官軍，非畏賊也。”
麵對如此種種暴行，清軍所到之處，人們紛紛逃走躲避；有的被迫反抗，則招致清軍更肆無忌憚的搶掠屠殺；有的更憤而加入反叛者的行列。比如鹹豐四年湖廣總督吳文軍在黃州堵城，將“把數十裏內的房屋全部毀壞，於是“民鎔兵勇之毀其廬舍也，群起助賊為大圍，死傷甚眾，吳公薨於行陣”。
清廷對以上嚴重情況，雖然采取種種措施，加以挽救，但這些措施無一不是頭痛醫頭式簡單應急反應。比如在將帥方麵，將領臨陣退縮。鹹豐帝或者是特賜賽尚阿遏必隆刀，準許他對副將及其以下將弁就地處置，或者是命令徐廣縉嚴加懲處。但徐卻以人數太多，不能全部都上奏皇帝為理由回奏，賽也沒有殺一個逃將，自言“不忍殺人”。這除了是因為賽、徐沒有戰爭經曆，以及庸懦不願被人埋怨外，他們還不能不考慮，“寬縱既久，一旦馭之以嚴，難期帖服”。鑒於李星沅時將帥不和，號令難行，鹹豐帝特命賽尚阿督師，以為這樣就可以“事權歸一自必節製嚴明，信賞必罰，力矯前此惡習”。但結果，除了賽因權位太高，沒有人敢同他公開對抗之外，其他矛盾依舊。向榮與烏蘭泰更鬧到幾乎水火不相容。
對不斷出現的失地喪師將帥，鹹豐帝也隻知道不斷地更換欽差大臣，先以文職大員為欽差大臣，他們相繼被罷斥拿問之後，又轉而任命向榮、托明阿、和春等武職大員，但他們也支持不長時間，便一樣敗下陣來。
清廷的第二個措施就是募調兵勇，大辦團練。兵勇方麵的問題，既表現在戰鬥力不強，也表現在兵力不足。八旗雖有20萬，但早已沒有戰鬥力，特別是野戰或攻堅。綠營總共有兵士60萬，由於吃空額等弊端，實際名額已大為減少，且其中還有老弱病殘。鹹豐帝在三年（1853年）三月宣布，已征調了20餘萬兵士，再加上各地尚須留兵鎮守的兵士，能續調的人不會超過10萬人。為了補充兵力不足，清廷一是調東北和察哈爾等處滿蒙兵（這不在關內八旗編製之內）入關作戰。到鹹豐七年（1857年）夏天，黑龍江兵入關兵額已達1.3萬人。但不僅漢員周天爵、王茂蔭對他們的戰鬥力持懷疑態度，或者要求他們撤走，或者不允許他們入關；旗員英桂也多次訴說他們水土不服，以及他們的馬匹大量地死亡，走失。
再加上這種兵的數量有限，因而在質與量兩方麵都存在嚴重的局限性，對全局起不了多大作用。
關於募勇。早在永安圍城戰鬥中，僅鄉勇就已達2萬餘人。鹹豐三年（1853年）八月，當時有人估計各省總共招募的鄉勇多達30多萬。有的戰區，已是勇多於兵。但是將帥募勇一般是救急，匆忙之中，調兵會耽誤時間，募勇卻可以立即獲得。他們還有另一種考慮，即認為“多募一勇，即少添一賊”。在這樣認識指導下，自然來者不拒，以致“應募者大抵市井負販之徒，乞丐無籍之輩，甚且盜魁恃為逋藪，奸民藉以寄食”。有的在獎賞多的情況下，雖然非常勇敢，但臨陣不聽號令，平時恣意搶掠，軍中情形不好時就一哄而散。有的甚至與太平軍暗中往來。所以有的將帥們主張不募或少募勇，或因屢次出問題而裁勇。如向榮在鹹豐三年統帥八千鄉勇，裁去七千。可是，在兵少不足用這一基本情況下，又不得不再去招募，以致形成這裏裁勇、那裏募勇，今年裁勇、明年募勇的局麵。這就是說，募勇這一補救辦法，也同樣陷入無效又不能棄用的怪圈之中。
關於辦團練。清廷委派現任官員回籍，更多的是委任賦閑在籍的官員，擔任各省團練大臣。如山東就委派前山西巡撫萼涵等十餘人，江蘇委派前閩浙總督季芝昌等十餘人，湖南委派前兵部侍郎曾國藩，並規定“或築寨浚壕，聯村為堡；或嚴守險隘，密拿奸宄。無事則各安生業，有事則互衛身家。一切經費均歸紳耆掌管，不假吏胥之手。所有團練壯丁，亦不得遠行征調”。這就使團練起不了戰略作用。更何況隻有少數地方，如皖北的六安、合肥、桐城，皖南宣城的金寶圩，湖北的隨州、麻城，浙江諸暨的包村，認真舉辦，並對太平軍進行了頑固抵抗，除此以外，一般都“苟且塗飾，未經實力講求，或募勇以充數，徒取外觀；或藉端以營私，轉成欲壑。無事則恃以為威，嚇擾鄉間；有警則首先遁逃，流為盜賊”。不少地方團練甚至拒不交糧，如山西、河南“因粵寇之亂，興聯莊會，凡山西接壤州縣，均藉以抗糧”。其實山東、直隸也存在拒不交糧。比如時任山東布政使的吳某就說：