“自欽使督辦團練，盡侵官權，釀成驕橫，民不知有上，抗漕抗糧，幾於比比皆是。”其他各省也有藉團鬧事，與官府對抗的事。比如皖北的苗沛霖剛開始時擁眾觀望，後來就發展到公開對抗，成為皖豫一帶清廷的大禍害。團練大臣與督撫不和，互相掣肘，互相參劾，因而妨礙大局者，也時有所聞。如浙江團練大臣邵銜與大吏不和，被參了一本遭到革職；繼任的王履謙不僅與大吏互相參劾，而且團勇與官府兵勇也因此發生矛盾，甚至衝突，致使紹興輕易被太平軍攻占。
以上的傳統措施，對解決兵力不足固然起了較大的作用，但帶來的問題也十分嚴重，可以說是得不償失。而且清軍不僅量不足，更主要的是素質太差，戰鬥力低下。上麵的這些措施不僅沒有觸及到這一難題，而且因為新募勇營素質太差，而加重了它的嚴重性和複雜性。與此不同的是，曾國藩認為照搬老辦法於事無補，問題關鍵在於“今日營伍之習氣，與今日調遣之成法，雖聖者不能使之一心一氣。自非別樹一幟，改弦更張，斷不能辦此賊”。這就是說，當時綠營的腐敗，是長期形成的，已嚴重到無可挽救的地步。同時，製度上也存在嚴重問題。如綠營平時分散駐紮各地，遇到戰事就成百成千地從各地抽調來聚合成軍。這樣，就會因為素不相識，語言不通，造成士兵之間以及兵將之間不能同心同德。
積弊如此之深，又是臨時拚湊成的軍隊，當然不能團結對敵，勇敢赴戰。正因為從曆史上、製度上看到綠營已病入膏肓，所以曾國藩就斷然同它徹底決裂，組建了同它完全不同的湘軍，並且取得愈來愈多的戰功，從而找到了解決危機的根本對策。而清廷卻在祖宗之法不容懷疑、不予變更的傳統禁錮下，看不到這個趨勢，就勢必不能解決這個問題。
整頓吏治
吏治敗壞，到乾隆帝時已日趨嚴重，但當時對不法官吏的打擊也很嚴厲，曾因兵敗、貪汙等罪，處死不少官員。比如甘肅捐賑的案子，就處死督撫及其以下官員20餘人。而嘉道50多年中，除和珅一案外，一二品大員因不法而被處死的大案，幾乎沒有聽說過。官官相護、姑息養奸的風氣，愈來愈嚴重。有的雖被揭發，但很快就被掩蓋，從輕處置了事。
比如道光二十八年（1848年），前山西巡撫梁萼涵被人告發收受王姓賄銀5萬兩，後來雖然經查複說沒有此事，但又以梁萼涵沒有發現他弟弟行騙之事，被發配軍營。第二年，現任巡撫王兆琛的案子與此類似。至於說到因循守舊，敷衍了事，上下相蒙蔽，經過曹振鏞等人的示範，也變本加厲。正如道光帝在朱批中所說：“當今之弊，總在蒙蔽不實，處處皆然。”士大夫中的有誌者對此很是憂慮，道光末年官至汀漳龍道的桂某就說：“餘蒞任閩南不兩年而引疾歸，何以疾，憂也；何以憂，憂吏治民風不能變易，不知何所終極。”
金田起義後，這樣嚴重腐敗的吏治自然成了十分尖銳的問題。“當茲時而求安民殄寇，撥亂返治之方，舍察吏選將之外，無可期必效者”。有的更認為軍事鎮壓是治標，整頓吏治才是治本。鹹豐帝也說官吏腐敗風氣能否扭轉，關係到清王朝的生死存亡。正是基於這一認識，鹹豐帝在有關詔旨中，反複告誡。同時，又針對一些弊端，提出具體要求。比如長期以來，大的官吏在任命下屬時，大多收受賄賂，使得州縣官多一年一換，甚至數月一換，以致“司牧之官，視職守為傳舍，置地方利弊於不問”。為了杜絕這類事情，鹹豐帝嚴禁頻繁更換，如“撫馭有方，著有實效”，還應延長任期，獎給高的銜位，“數年之後，政成報最，朕必破格施恩”。
但所有這一切，大官吏都無視它們的存在。如七年江蘇州縣“缺出，而府委隨之，道委隨之，司又委隨之，有數月而三易牧令者矣”。而新上任州縣官，不僅遇事敷衍，將事情推委給後任，而且既快又多地大肆貪汙。比如山西，“下吏引疾，府經奉檄而來，僅四十餘日，而攫四千金去。民間怨恨之聲，至不忍聞，且有聚眾鬧堂之事”。這就是說官吏勒索，引起新的動亂，這類事在整個鹹豐朝可以說是屢見不鮮。比如在四川，由於賄賂成風，百姓們對此深惡痛絕，因而聚合起來同官府抵抗，廣安、達縣、營山、東鄉、南江、巴州等州縣相繼爆發“圍城大哄，數日始解”的嚴重事件。州縣官這麼貪汙斂財，很大程度是由於大吏向他們進行種種勒索。四川學政何某曾向州縣作過調查，他們“無不以上司到任及節壽陋規為苦”,送得多的縣令“年送一萬數千，中下者依次遞減”。前麵所引資料的作者龍汝霖也說：