一般情況下，新皇帝對上一代倚任的大臣，特別是軍機大臣，都要按自己的標準，有所變動，如果上一代有重大的、又引起社會廣泛不滿的錯誤，這種變動就更大，甚至采取激烈手段，如嘉慶帝處死和珅。這既可以開脫上一代皇帝的責任，又起到除舊布新、樹立新帝勵精圖治形象的作用。長達30年的道光朝，雖然有許多值得肯定的地方，但軍、財、吏諸政的積弊卻愈來愈嚴重，鴉片戰爭的喪權辱國更是空前的奇恥大辱。社會輿論的譴責也多集中在這兩個方麵，特別是後者，林則徐、穆彰阿更成了人們議論中正反兩麵的代表人物。穆彰阿道光七年（1827年）就進入軍機處，從道光十七年（1837年）開始又一直為領班軍機大臣，為人雖不大貪汙，也喜歡提拔依附他的年輕人，但因循守舊，希望得到皇上寵幸，故迎合奉承道光帝晚年不願奮發圖強、隻圖安靜的老年人心態，因而他對鴉片戰爭中的屈膝求和，乃至對林則徐等人的迫害，都起到了推波助瀾的作用。對此早已耳聞熟知的鹹豐帝，自然要拿他作為替罪羊；那些善於觀察風向的老官僚潘世恩等人，也紛紛上奏要求起用林則徐，這實際上也是把矛頭指向穆彰阿。道光三十年（1850年）九、十月間，鹹豐帝不僅起用林為督辦廣西軍務的欽差大臣，將穆革職永不敘用，將耆英（文淵閣大學士）降為五品頂帶，以員外郎候補，而且，還在長達八百餘言的珅諭中，斥責穆“保位貪榮，妨賢病國……揣摩以迎逢主意，從前夷務之興，穆彰阿傾排異己……耆英之無恥喪良，同惡相濟……潘世恩等保林則徐，則伊屢言林則徐柔弱病軀，不堪錄用；及朕派林則徐駐往粵西……又屢言林則徐未知能去否”。鹹豐帝這樣披露穆傾排異己，以及自己不顧穆的一再攔阻，毅然起用林的過程，不僅是為了證實社會上廣為流傳的有關議論，使人們深信穆對鴉片戰爭的失敗、對林則徐等人的受迫害，乃至腐敗風氣的日益嚴重負有責任，從而對他父親的責任多少進行了開脫，更為主要的是，這樣，再加上林死後，鹹豐皇帝又任命李星沅繼任，就顯示了他重視漢族官僚、不偏袒旗員、滿漢一體的新姿態。
穆彰阿的被革職，以及在這之前不久，陳孚恩的自行請退回籍，揭開了軍機處改組的序幕。穆被革職的當天，鹹豐帝命軍機大臣、蒙古八旗貴族賽尚阿為協辦大學士，領班軍機大臣。鹹豐元年（1851年）正月，又把他升為殿閣最高的文華殿大學士。但由於賽不久就被任命為欽差大臣離開北京，體仁閣大學士、漢族官僚祁雋藻就成了軍機處官位最高資曆最深的人，自然就繼賽之後成為領班軍機大臣。自從設立軍機處以來，漢族人擔任這一職位的加上祁也才隻有三個人。同時，又先後任命徐廣縉、陸建瀛、向榮等人為督辦軍務的欽差大臣，再加上林、李兩人，鹹豐帝即位的前四年中共有五個漢族官僚享此殊榮，與同時期的旗員欽差大臣人數恰好相同。這自然更是清代空前未有的事。這一切都證明，在嘉慶，特別道光時，在滿族貴族的民族成見有所減弱的基礎上，鹹豐帝在生死存亡之際，又對漢族地主做了較多的權力開放，以便發揮他們的才能，使滿漢統治者風雨同舟，共同對抗革命高潮的驚濤駭浪。
祁雋藻雖然多次擔任學政、主考官，“提倡樸學，延納寒素，士林歸之”，被譽為“儒宗”，在士大夫中享有很高的聲望，但他長期沉溺於傳統儒學，又飽受曹振鏞、穆彰阿等人因循習氣的熏陶，遇事力求平穩，不知“其遠者大者”。這樣的人，在平時應付日常政事還勉強可以，非常時期就會因為沒有膽識，而不能圓滿解決問題。在鹹豐三年（1853年）九月太平天國北伐軍占靜海、京津危急時，這一點就顯得更加突出，也使鹹豐帝認識到不改組不行。十月，鹹豐帝命奕進入軍機處。四年（1854年），又命奕為領班軍機大臣。在這種情況下，祁雋藻隻好稱病引退。在此之前，道光時連任下來的陳孚恩、賽尚阿、季芝昌、何汝霖四人，已先後請退。與此同時，各部中道光時任命的滿漢尚書，也更多進行了更換，到這一年，吏、兵、戶三部漢尚書，又分別由翁心存、朱鳳標和周祖培接任。這時候，軍機處和各部尚書中，道光時連任下來的人已完全沒有了。
從道光三十年（1850年），到鹹豐四年（1854年），經過長達5年的時間，人事上的新舊交接雖然完成了，但並不穩定，軍機處尤為突出。奕更首當其衝。為防止宗室近支親貴擅權生事，自從設立了軍機處，就隻有個別親貴進入任職，而且嚴禁各個親王同大臣們私下交往，鹹豐元年（1851年）又重申這個禁令。奕同鹹豐皇帝都受到道光皇帝的鍾愛，又都是皇位繼承的競爭者，互相心存芥蒂，根本沒有進入軍機處的希望。但鹹豐執政3年來的險惡形勢，卻迫使鹹豐帝打破常規，先是任命他的叔叔惠親王綿愉為奉命大將軍，表兄弟科爾沁郡王僧格林沁為參讚大臣，主持京畿防衛戰，很快又下令奕進入軍機處。僧是科爾沁旗人，在關外蒙古貴族中有很高的號召力。選擇這樣的人為參讚大臣，實際上就是吸引關外蒙古貴族來共同鎮壓革命。經過一年多戰鬥，太平天國北伐軍最終在鹹豐五年（1855年）四月全軍覆滅。這樣，親貴統軍秉政的外部條件已不複存在，而雍正帝兄弟爭權的血腥鬥爭又再次出現於鹹豐帝的心中。在綿愉繳還大將任命後，七月，鹹豐帝突然以奕在康慈太後喪事中“禮儀疏略”的罪名，把他趕出軍機處，懲罰他仍回上書房讀書。這是莫須有的，康慈太後為奕生母，哪裏會有什麼“禮儀疏略”之事!