到鹹豐四年（1854年）三月，他由乾清門侍衛升為禦前侍衛，四月，又升工部侍郎。鹹豐五年、六年（1855年、1856年）又擔任禮、戶部侍郎，鹹豐七年、八年（1857年、1858年），先升為左都禦史，再升為理藩院、禮部、戶部尚書，鹹豐十年（1860年）升到協辦大學士，終於形成“獨被信任”，怡、鄭二王反而“聽命而已”的特殊地位。如此迅速飛黃騰達，一向未受道光官場習氣熏陶的肅順，不僅遇事率性而為，張揚驕恣，甚至對彭蘊章等所擬詔旨任意刪改。肅順被寵信，再加上對十年江南大營覆滅所造成的危局沒有提出對策，所保之兩江總督何桂清又嚴重喪師失地，彭蘊章自然不安於位，而不得不告病請退。他所擔任的領班軍機大臣之位，就由資曆官位僅次於彭的穆蔭繼任。而穆及杜翰、匡源早已依附於肅順，焦佑瀛更是他的親信，文祥雖不大依附，但資曆低，隻能唯唯諾諾。這就是說，肅順等三人親貴集團，終於完全把持了軍機處。
挽救軍事危機
在嘉慶時期與白蓮教的戰役中，清軍的腐敗已有十分明顯的暴露。此後，許多清兵又開始吸食鴉片，腐敗變本加厲，以致在對抗太平軍的戰爭中，竟然幾乎不堪一擊，連吃敗仗。針對暴露出來的問題，清廷不斷采取措施，力圖加以補救；一些士大夫也在不斷地思考對策，並付諸於行動。這就使軍事方麵的危機與反危機，呈現極為複雜的局麵。
首先，更換將帥，加強軍紀。繼林則徐為欽差大臣的李星沅，於道光三十年（1850年）十二月趕到廣西，但眼前的情況卻讓這位欽差大臣頭疼不已。一是兵力隻有八千人，且戰鬥力差。二是與巡撫周天爵因產生意見分歧而大鬧矛盾，又由於他妄自尊大，對儀節要求非常嚴苛，一般將士也對他產生了離心傾向，不服從調遣。三是他與一般科甲出身的大官僚一樣，沒有學習過軍事，也沒有領兵打仗的經驗，幾個月實戰，李星沅就憂心忡忡，喪失信心。正如其幕僚所記：欽差大人被太平軍鬧得憂慮不堪，不能好好地睡覺吃飯，常說：
“這不是我眼前這些人所能鎮服的。”不久病死軍中。接任的賽尚阿除官職比較高外，一無所長，甚至比前任更無能。在宣布任命後月餘，就有人把二人相提並論，“今賽尚阿、李星沅一日不撤，則軍心一日不定，遷延愈久，敗壞愈甚”。事實上，賽尚阿不僅不懂軍事謀略，領兵打仗更不是專長，且偏信以“狡詐貪鄙”著稱的士魁等所帶隨員，使他們得以“傳說播弄”,“高下其手”，克扣軍餉，大肆貪汙，僅一年多，就廣置房屋，大造花園，最終落個兵敗名裂的下場。
以後隨著戰爭向長江中下遊及黃河以北蔓延，清廷又相繼任命徐廣縉、陸建瀛、納爾經額、琦善、向榮、勝保、托明阿、和春、官文等人為欽差大臣。其中除官文情況特殊外，其他諸人，徐廣縉、陸建瀛、納爾經額分別為現任兩廣、兩江、直隸總督，琦善在道、鹹年間也屢任總督，都有能臣的名聲。但除琦善曾與戰爭有所接觸外，其他的人都與李星沅、賽尚阿一樣，對軍事，特別是指揮作戰是外行。陸建瀛初時雖主動請纓，意氣風發，每次對屬下談起來都慷慨激昂，以為很快就可以製服太平軍。但當他從江寧率軍隊沿長江向西堵截時，一見太平軍船隊黑壓壓地占有數十裏的江麵，當即惶惑不安，不知如何是好，匆匆忙忙登上一條小船，逃回到江寧。徐廣縉和陸建瀛一樣昏庸無能，軟弱膽小，太平軍圍長沙，他安居湘潭；太平軍圍武漢，他遠在湖南，並說武昌之圍可解，但數天之後，武昌即告失守。鹹豐帝說他：“這樣預料賊情，實在可歎。”納爾經額的昏庸更有過之而無不及，他要山西兵由平定州入援，竟按照平時的老規矩，上奏請求，連鹹豐帝都責問他何不直接發公文給山西。最為荒唐的是，直隸籌防近3個月，當太平軍由山西突入時，部分清軍竟無武器，以致赤手空拳和太平軍打了起來。琦善好像比這三個人略知節製軍隊，但畏敵怯戰則相同。太平軍由武昌東下，琦善奉命由河南東援，他卻借口招募人來扛運軍用物資隻怕人多嘴雜，泄漏了軍情，而騾馬又不易征集，遂節節逗留。這是明顯的托詞，鹹豐帝責問：“招募來的人不可靠，必須用騾子來馱運，那麼趕騾子的人都可靠嗎？”其餘四人，勝保出任欽差大臣不久，就有人專折奏參，後來更成為臭名昭著胡作妄為的大帥。向榮、和春、托明阿是道光朝出身行伍或旗籍的將領，雖有戰鬥經驗，人也勇敢，但對軍事學問卻知之不深。戰役指揮尚可勉力以赴，但就大帥必備之才來說，就難以勝任。向榮又年老體弱，行動不便，應付緊張激烈多變的戰局，更是力不從心。