逮漕船過淮，又有積歇攤派吏書陋規，投文過堂種種費用。總計每幫漕要花費五六百金或高達上千金不等。此過淮之苦也。”運軍運弁固然在受兌前後刁製州縣辦漕人員，遭百姓切齒，但他們同樣處在重重壓迫之中，不過日久自有應付之策而已。運軍在開運時，多帶南貨（後來甚至明文規定可帶貨物的數量）,到通州後售賣，並且在回運時偷販私鹽借以牟利。可惜，沒有持續多久，乾隆五十年（1785年）後，黃河屢次泛濫，運河河床愈益淤淺，“漕臣慮船重難行，嚴禁運丁多帶貨物，於是各丁謀生之計日絀矣。運道既淺，反增添夫撥淺之費，每過緊要閘壩，牽挽動須數百人，道途漫長，限期急迫，丁力又有諸多不利因素，實由於此”。正因為漕運關係到京師供應和軍糧開銷，一向被朝廷視為頭等大事，但時間一長，不免又會生出許多弊端，及至嘉道年間，更成為清朝一個令人頭痛的隱患，同時，也被強調實務、關心國計民生的封建官員和知識分子所關注。嘉慶朝，就曾因洪澤湖決口，運河水位下降而導致淺涸無法行船，故有人建議改從海上運輸，但並未付諸實施。道光四年（1824年），南河黃水突然上漲，漫出堤堰，從高郵、寶應到清江浦，河道變淺受阻，運輸艱難，又有人提出改海運的建議。道光帝命兩江總督、漕運總督就所轄地方籌議。地方大員憚於更張，仍舊堅持引黃濟運和盤壩接運的老辦法，致使白白花費了120萬兩帑銀，無濟於事。道光帝十分焦慮，降調處分了兩江總督等多人，派琦善為兩江總督，陶澍為江蘇巡撫，再次議海運辦法。
這時，協辦大學士、戶部尚書英和也主張實行海運。他提出“治道久則窮，窮則必變。
河道既阻，重運中停，河漕不能兼顧，惟有暫停河運以治河，雇募海船以利運，雖一時之權宜，實目前之急務”。英和的建議受到道光帝的嘉許，於是，朝廷和地方共同籌劃海運。
陶澍等人在上海設立海運總局，由江蘇布政使賀長齡親駐海口籌備監督。天津也有分局，由理藩院尚書穆彰阿率領倉場侍郎駐天津，驗收漕米，並進行監督，以免有人趁機勒索。
道光六年（1826年）正月，漕米依次運抵上海受兌，之後交由沙船千餘艘，分批開行，不到十天就到達天津。穆彰阿等負責驗收米色，瑩潔遠過漕運。此次海運共運正耗各色米163.3餘石，當年六月便全部結束。曾參預籌劃和實施海運的魏源曾經評價這次海運的情況，他說：“是役也，其優於元代海運者有三因：曰因海用海，因商用商，因舟用舟。”“其優於河運者有四利：利國、利民、利官、利商”“國便、民便、商便、河便、漕便，於古未有”。
海運雖然頗有成效，但這種違反祖製的行為畢竟不易被接受。道光七年（1837年），運河暢通，朝廷又下令恢複了漕運。
鹽政
鹽政事關國課，一向為統治者所看重。嘉道以來，鹽政敗壞，官私費用繁多，麋集於鹽務機構的大小官吏及窩商胥役中飽私囊，造成鹽價昂貴，官鹽滯銷，私鹽暢行，鹽課收入明顯減少。本來，兩淮每年應行鹽綱160餘萬引，而道光十年（1830年），淮南僅銷50萬引，累計虧鹽稅5700萬兩白銀。淮北銷20萬引，累計虧鹽稅600萬兩。陶澍上疏，稱兩淮鹽務，一直以來凋弊腐敗，已經呈現出決裂的勢頭，整頓鹽政顯然是必須提到日程上來了。
整頓鹽政由兩淮大鹽販黃玉林案所觸發。道光十年（1830年），有人向道光帝密陳黃玉林橫行不法。黃玉林是福建人，為淮鹽走私巨梟。據舉報人稱，黃玉林目中無人，十分囂張，他以儀征老虎頸水次為彙聚運籌的根據地，以湖北陽邏、江西蘭溪為屯私發賣的場所，幹起販鹽勾當，“大者沙船載數千石，三兩連檣，由海入江。小者貓船載百石，百十成幫，由場河入瓜口，器械林立，舳艫轉動，長江千裏呼吸相通”。他還賄賂各處關隘巡役，在大小衙門俱有耳目，隨意出入長江各口岸，儼然為當地一霸。另外，黃玉林對於他的黨徒，立有約束，隻準私販，不許劫盜客商，以此換取人心。道光帝接此密報，驚呼“江南為腹心之地，此等巨梟，肆行無忌，地方官竟毫無聞見。若恐查拿激變，不及早翦除，相率容隱，是不第為害鹽務，且日久養疽貽患，必致釀成它患”。命令兩江總督蔣攸銛“不動聲色，密速掩捕。”不料，蔣攸銛竟以黃玉林“赴官自首，情願效力贖罪”上報朝廷。道光帝因蔣攸銛處理不當，借口身患疾病撤了他的職，提升陶澍署兩江總督。道光帝勉勵陶澍說：看你為人爽直、勇敢，所以提拔你為兩江總督，你應當肩負起重任，不負眾望，不要避嫌，不要害怕吃苦，其他就不多說了。又囑陶澍“河工鹽務，均係兼轄，尤當實力講求，破除一切積習，漸複舊規。曰：怎樣做才能達到那種效果呢。曰：在得人。毋忽!毋忽!”
陶澍上任後，雷厲風行，整頓鹽政，他先遵道光帝旨意處決了黃玉林，並陳奏了兩淮鹽梟的真實情況，有“回匪”“侉匪”和“非匪而暗地夾私者”“而鹽梟麇集”“其弊一由成本漸積成多，一由藉官行私過甚，惟有大減浮費，節止流攤，聽商散售，庶銷暢價平，私鹽自靖”。