短短的幾天，張格爾瘋狂地煽動宗教情緒與民族仇視，不斷招兵買馬加強攻勢。喀什噶爾附近清軍防線已無力再維持，舒爾哈善、烏淩阿等將領，甚至原先的代理喀什噶爾參讚大臣穆克登布等，都先後英勇犧牲。清軍殘部由慶祥帶領退守喀什噶爾漢城（即徠寧城，其址在今喀什地區公安處駐地）。此後，英吉沙爾、葉爾羌、和闐等地清軍，也相繼被張格爾叛軍包圍。聞知張格爾已得手，浩罕汗國也應邀派出3900侵略軍趕來，企圖與張格爾分享戰利。兩股強盜合兵，把塔裏木盆地西南緣一帶陷入一片硝煙戰火之中。
張格爾探得喀什噶爾清軍力量單薄，乃悔背前約。浩罕首領憤其背約，遂與張格爾叛軍火並。這年八月，張格爾率部連續攻陷喀什噶爾、葉爾羌、英吉沙爾、和闐，西四城全陷敵手。張格爾叛亂，使回部城鎮淪於戰火，人民的生命財產遭受戰火的浩劫，也危及了清王朝在新疆的統治，道光帝決定遣軍入疆平叛。他任命伊犁將軍長齡為揚威將軍，著手部署征剿張格爾事宜。
總指揮官揚威將軍長齡調烏魯木齊提督達淩阿、伊犁領隊大臣祥雲保分統滿漢官兵各數千，又封陝甘總督楊遇春為欽差大臣率兵5000，再調山東巡撫武隆阿統吉林、黑龍江馬隊3000騎一齊出關，在阿克蘇集結兵力共3.6萬餘，開始向喀什噶爾挺進。然後，清軍僅用5個月的時間，即收複了張格爾盤踞的西四城，基本上粉碎了張格爾的叛亂。清政府平叛的迅速勝利，除了由於張格爾“須索科派，人心離散”，“暴虐已極，眾心怨恨”的客觀原因外，與道光帝的正確調度，也有密切的關係。
清朝此次發兵喀什噶爾，旨在全殲叛匪、活捉張格爾。然而敵軍雖已瓦解，禍首張格爾卻漏了網。為此，清朝責令長齡等人限期擒拿張格爾歸案。
張格爾逃出喀什噶爾後，流亡於木吉、阿賴、拉克沙、達爾瓦斯等帕米爾深處山區，後來又糾集了200餘人逃竄到柯爾克孜牧區薩克雅部落的托古斯托羅一帶，伺機卷土重來。
道光八年春節前夕，喀什噶爾代理參讚大臣楊芳派遣細作至邊境，放風說清軍已全部撤離喀什噶爾，此地防務空虛。張格爾果然中計，帶500餘騎兵，於大年三十除夕夜偷越邊境，連夜抵達阿圖什，想乘清軍過年無備，襲擊喀什噶爾。
喀什噶爾一帶百姓飽受張格爾戰亂之苦，不僅當地黑山派信徒恨之如骨，就連素被張格爾視為依靠力量的白山派信徒們也不再追隨他。各族人民主動向清軍通風報信，組織民軍沿途襲擊堵截。加以揚威將軍長齡與楊芳早率6000餘清軍設伏以待，張格爾見勢頭不對，未及一戰，就掉頭回逃。
長齡命楊芳與庫車固山貝子鄂對之孫伊薩克等，率兵星夜追擊至喀爾鐵蓋山，終於堵住張格爾。經過一場激戰，張格爾餘黨被斬殺殆盡。張格爾僅帶30餘親信棄馬登山，妄圖隱沒在群山溝壑之中。楊芳手下副將胡超、都司段永福二將，率部全力追擊，幾乎未經格鬥，就將張格爾生擒。至此，張格爾叛亂才算徹底平息。
道光八年五月庚戌（1828年6月22日），喀什噶爾六品伯克邁瑪特和庫車五品伯克斯迪克及部分清軍押解張格爾到北京城，獻俘於紫禁城午門之外，張格爾被判處死刑。
張格爾死後，道光帝綜合臣下建議，實行了一係列善後政策，他諭令要“重撫綏”，力圖妥善地解決各回城伯克自治問題，明文製定了各回城補放伯克章程。規定各城三品至五品伯克缺出，由本城大臣照內地體製，造具四柱清冊，一勞績，二資格，三人才，四家世，出具切實考語，將應升應補之人開列四五員谘送參讚大臣驗看。為杜絕邊吏和伯克等對回民的需索貪求，道光八年，照那彥成等所議，道光帝令將過去邊吏伯克等擾累之事勒石永遠革除，一勒各城大臣衙門，一勒各城阿奇木衙門，同時通行刷印，分貼各回莊明白曉諭，明文規定，此後各城大臣或受已禁陋規或改易名目，仍有侵削，即照乾隆年間規定的辦法，立行正法，所有濫應中飽之阿奇木等亦予正法。道光帝實行的這一係列善後之策，為西部邊陲的安寧鞏固提供了條件。
平瑤民之亂
邊疆之亂甫定，民族之亂又起。在嘉慶統治時期，蓬勃、迅猛發展的全國各族人民起義的浪潮被殘酷地鎮壓下去了，然而，封建社會內部的矛盾仍然在不斷激化，道光年間，各族人民反封建的起義時有發生。其中規模較大的是湖南、廣東、廣西瑤族人民的起義。
湖南衡、永、郴、桂四州郡，界廣東連州、廣西全州，踞五嶺之脊，是漢、瑤人民共居雜處之地。漢族地主階級欺壓瑤族人民，“掠攘侵侮”，而官府則“右奸民以朘瑤”。瑤族人民不堪封建統治者的欺壓盤剝，奮而舉起反抗的旗幟。
道光十一年（1831年）十一月，湖南永州江華縣錦田鄉瑤民聯合廣東瑤民六七百人，在趙金龍領導下，於兩河口起義，迅速攻克兩河口地區。道光十二年正月，江華知縣林先梁、永州鎮左營遊擊王俊“帶兵往捕”，為起義軍所敗。王俊濫殺無辜以泄憤，激起瑤民更激烈的反抗。起義軍迅速發展，各寨響應起義的達1000多人，聚集於長塘夾衝，皆以紅布裹首為號。永州鎮總兵鮑友智調兵700，永州知府李銘紳、桂陽知州王元鳳各募鄉勇數百合力進剿。趙金龍率軍突圍而出，至藍山之王水瑤。起義軍發展到二三千人，乘勝進至寧遠地區。道光帝調遣總督盧坤、湖北提督羅思舉赴剿，並令兩廣總督李鴻賓、廣西提督蘇兆熊各防邊界。李鴻賓遣提督海淩阿率軍進剿，海淩阿率寶慶協副將王韜以兵500餘由寧遠之下灌進攻。義軍早有準備，一部分人扮成清軍模樣，混入軍中，“偽充夫役，為官兵舁槍械”，大批義軍則設伏於山溝陡狹之“池塘墟”。海淩阿率軍至，義軍四出衝殺，“乘高下突”，清軍立即陷於混亂，王韜“披槍陣亡”，海淩阿亦被當場擊斃。起義軍聲威大振。