嘉慶二十年九月，陶澍奉旨巡視江南漕務。陶澍離京後，沿途明察暗訪。一個月後，他抵達江蘇清江浦。一聽說巡漕大臣來了，辦理漕政的官吏大都前去拜訪送禮。陶澍以旅途勞累為由，一個也不接見，但將禮物全部收下了。10天後，陶澍已掌握了漕官的清廉或貪賄狀況，宣布接見所有辦漕官吏。升堂後，師爺宣讀了送禮官員名單和禮品禮金後，貪官們滿頭大汗，不敢抬頭。宣讀完畢後，陶澍一拍驚堂木，針對送禮的官員說：“爾等憑俸祿哪有上千銀兩送禮，分明是敲詐勒索、貪贓肥己。今日暫不治爾等之罪，但所送財禮全部沒收，發回地方作為修建書院經費。”然後，他對全體漕官說：“各處所欠漕糧，限一月之內交割清楚，違者從嚴懲辦。”
一個月後，陶澍再次升堂議事，宣布將所有官員分為三等：凡漕糧任務如期完成，又未送禮的，定為上等，申報朝廷，官升一級；漕糧任務完成好，但送了禮的，記過一次，定為中等，不獎不罰；對兩名自認為有後台、稱病不理漕務、又有貪賄行為的官員，定為下等，革除官職，強令變賣家產，賠償曆年貪汙虧欠的漕銀。這樣一來，漕務大有起色。
據記載，陶澍巡漕“僅半載而辦五百萬石之米，為前後十餘年所未有”。特別是漕官不敢再貪汙勒索，這大大減輕了老百姓的負擔。
但漕糧浮收之弊最終沒有得到根本性解決，失敗的原因是多方麵的。盡管嘉慶的出發點很好，采取的措施應該說也係統全麵，之所以仍不能杜絕漕糧浮收問題，自然有其製度方麵的根本缺陷，這就是漕運製度的不完善或違背價值規律所致。
加強海防，查禁鴉片
防範侵略
嘉慶帝在當政的20多年中，除了著力於內政的整飭和全力撲滅農民起義而外，由於西方資本主義勢力的東侵，他也不得不處理棘手的同資本主義國家的關係問題。
嘉慶十年（1805年），英國有4隻護貨兵船來到了廣州，同時還給大清皇帝帶來一封英王書信，信中表示英國願意出兵幫助大清剿除起義軍。嘉慶帝對英國的這個舉措表現了高度的警惕，對英王文書中的出兵意向，他明智地加以拒絕，表示：“海洋地麵，番舶往來，原應內地官兵實力查緝，焉有借助外藩消除奸匪之理？”同時，嘉慶還諭令粵督倭什布嚴密防範：“護貨兵船向來必有灣泊處所，總當循照舊規，勿令任意越進為要。”然後又對即將到任的粵督那彥成，“修明武備，整頓營伍……以懾外夷而靖海疆”。
嘉慶十三年九月，英國又借口幫助澳門葡人抵禦法國，將帶有炮械火藥的兵船4隻停泊在香山縣屬雞頸洋麵。隨後這些兵船的300名英國士兵，公然在澳門登陸，占領了澳門東西炮台。後來，英艦見廣州毫無準備，竟將兵船駛進澳門，停在黃埔，有一些士兵駕坐著三板船至省城外，總兵黃飛鵬一看有外國士兵乘船靠近，便向那幾條船開炮示警，轟斃英兵1名，傷3名，英軍被迫陸續撤退。嘉慶帝接到澳門傳來的奏報十分重視。為此，他嚴正聲明，葡人與法人互相爭殺，是他們之間的事，隻要不妨礙我大清國，我們並不過問。但是，無論是中國與外藩都各自有一定疆界，我大清的兵船可從來沒遠涉外洋，到你們那屯兵駐紮。而你們英國兵船竟敢駛進澳門登岸居住，未免太冒昧了！他還一針見血地說：幫護葡人也好，效力“天朝”也好，統統不過是他們的借口，究其真實動機不過是找機會霸占澳門。他嚴正警告英國侵略者：“即速撤兵開帆”，“若再有延挨，不遵法度，則不但目前停止開艙，一而即當封禁進澳水路”，“並當調集大兵前來圍捕”。同時，他又以五百裏特急諭令，命令粵督吳熊光：“邊疆重地，外夷竟敢心存覬覦，飾詞嚐試，不可稍示以弱。”“當密速調派得力將弁，統領水陸官兵，整頓豫備，一有不遵，竟當統兵剿辦，不可畏葸姑息，此事於邊務夷情，大有關係。”然而粵督吳熊光、粵撫孫玉庭隻顧惦記著稅收一事，並沒把邊防重視起來。嘉慶非常生氣，傳諭申斥粵督吳熊光、粵撫孫玉庭“懦弱不知大體”。他認為，一個國家的邊防重地“任令外夷帶兵闌入，占據炮台，視為無關緊要，不知有何事大於此事者？”嘉慶帝將嚴重失職的吳熊光革職，並於十四年三月將其遣戍伊犁，孫玉庭革職罷歸。英國侵略者麵對戒備森嚴的廣東海防，隻好“開帆遠去”。