司寨為清軍攻占後，滑縣成了清軍最後要攻取的目標。該地“城堅厚，外磚內土中沙，火炮攻之，遇沙而止”，起義軍憑借這些有利條件，頑強地進行了抵抗，使清軍“圍之數旬不克”。不料清軍暗挖地道，內埋炸藥，將城牆炸塌二十餘丈，趁勢湧入。雙方在城內巷戰。牛亮臣、徐安國勸李文成的妻子張氏妝扮成難民出城，張氏堅定地表示：“城亡與亡，不死非英雄”，並“揮刀巷戰，擊殺數人”，然後“闔戶自縊”。起義軍首領寧元成、王道漋、劉宗順、馮相林等全部死於戰鬥中，牛亮臣、徐安國等被俘後械送京師被殺害。天理教起義被清軍鎮壓下去。
嘉慶帝整飭吏治
限製進貢
統治階級過分聚斂財富而激化社會危機是清朝中衰的根源，對此嘉慶帝深有體會，因此他一開始親政，便從自身做起，下詔限製進貢，希望老百姓能夠以此避免官吏的額外剝奪。
嘉慶四年（1799年）正月十五日，嘉慶帝親政伊始，就總結太上皇禁止進貢珍寶古玩的禁令未得貫徹的原因，認為“隻因和珅攬權納賄”，終造成“屢經禁止，仍未杜絕”的局麵，故下詔重申：“試思外省備辦玉銅瓷書畫插屏掛屏等件，豈皆出自己資。必下而取之州縣，而州縣又必取之百姓，稍不足數，敲撲隨之。以閭閻有限之脂膏，供官吏無窮之朘削，民何以堪。況此等古玩，饑不可食，寒不可衣，直糞土之不若，而以奇貨視之可乎？國家百數十年來，升平昌阜，財賦豐盈，內府所存陳設物件，充牣駢羅，現在幾於無可收貯之處。且所貢之物，斷不勝於大內所藏。即或較勝，朕視之直若糞土也。朕之所寶者，惟在時和年豐，民物康阜，得賢才以分理庶政，方為國家至寶耳。”再有“年節王公大臣督撫等所進如意，取兆吉祥，殊覺無謂。諸臣以為如意，而朕觀之轉不如意也，亦著一並禁上”。
嘉慶帝的三令五申在朝野上下卻沒有引起什麼反響。就在當年的八月，福州將軍慶霖置禁令於不顧，仍然依照舊例進貢。嘉慶帝十分惱火，斥責官場上這種陽奉陰違的習氣，多年積累之下已經難以衝破，認為這種機巧逢迎，鑽營附勢實在禍國害民。他在宣諭中再次進行剖白：“朕如此披誠訓諭，而內外臣工，多有不能深信朕者，必欲陷朕好貨之名，快其私憤，便其私圖，雖係以小人之心，度君子之腹，不足與較，然朕之苦衷，亦不可不宣也。”
慶霖被革職留任，作為後人教訓。然而，嘉慶五年（1800年），皇三子上學，肅親王永錫不識鑒誡，仍預備玉器陳設等物，派肅王府太監，私下轉交皇後館房太監遞進。嘉慶帝得悉，下旨嚴責，令將進呈之物，當麵擲還永錫。
嘉慶四年（1799年）正月十九日，嘉慶帝又禁止役使新疆葉爾羌民眾采玉，革除了乾隆末年的另一弊政，命令就地拋棄已采玉石，采玉民眾首領賞給緞匹，百姓賞給銀兩。上諭傳至葉爾羌，采玉民眾興高采烈，內地的玉價卻備受打擊，驟降十之七八。
下詔求言
下詔求言是嘉慶帝整飭吏治的又一措施。嘉慶帝親政之後，即曉諭九卿科道、內外臣工，以及庶民布衣奏事言政，以便疏民隱，理庶政，監督吏治。這種做法值得稱道的地方就在於廣開言路，放開了對批評的箝製。尹壯圖曾因忤逆乾隆帝而遭遣，嘉慶四年（1799年），嘉慶帝將其召回北京，希望直言參政。尹壯圖將回到京城，旋即上書奏稱：“現今所急者川省軍務，尤莫急於各省吏治。吏治見澄清，賊匪自然消滅。賊匪不過癬疥之疾，而吏治實為腹心之患也。以今日外省陋習相沿，幾有積重難返之勢，惟在亟宜剔刷，破格調劑，庶乎有益，似非徒仗雷霆訓諭所能聳其聽也。臣以為除弊者不能搜其作弊之由，則弊終不可除。治病者不治其受病之根，則病終無由治。伏查乾隆三十年（1765年）以前，各省屬員未嚐不奉承上司，上司未嚐不取資屬員，第覺彼時州縣俱有為官之樂，閭閻鹹享樂利之福，良由風氣淳樸，州縣於廉俸之外，各有陋規，盡足敷公私應酬之用。近年以來，風氣日趨浮華，人心習成狡詐。屬員以夤緣為能，上司以逢迎為喜，踵事增華，誇多鬥靡，百弊叢生，科斂竟溢陋規之外，上下通同一氣，勢不容不交結權貴以作護身之符。此督撫所以竭力趨奉和珅，而官民受困之原委也。”尹壯圖官場潦倒，在地方上蟄居了10年，再沒有指摘最高統治者的銳氣。但是他對問題看得很透徹，視吏治敗壞為心腹大患和社會敗壞的根源，值得讚賞。大學士王傑可以說是朝廷中頭腦最清醒，最奉公守法的大員，他也上疏表達了與尹壯圖大體相同的見解，奏請皇帝“追溯舊章”“博訪眾論”“思至當之方”
改革流弊，肅清驛站，“以杜虧空”“以挽積重之勢”。
王傑與尹壯圖等在上疏中說的，裁陋規，倡節簡，講求愛民之術，獎擢清廉之員，都是以維護統治階級的根本利益為宗旨，以保清王朝江山永固為目標的，與嘉慶帝整飭吏治的初衷相統一，故得到褒揚鼓勵。翰林院編修洪亮吉上書軍機王大臣直言政事，就沒有這麼好的運氣了，洪亮吉奮筆從“風俗則日趨卑下，賞罰則仍不嚴明，言路則似通未通，吏治則欲肅而未肅”四方麵，對嘉慶帝整飭吏治“當一法祖宗初政之勤，而尚未盡法。用人行政，當一改權臣當國之時，而尚未盡改”加以批評。他明說自嘉慶帝四年“三四月以來，視朝稍晏”,而“退朝之後，俳優近習之人，熒惑聖聽者不少”，身邊唯一沒有的就是敢於直言提出意見和建議的人，坦率地陳說，“犯顏極諫，雖非親臣大臣之事，然不可使國家無嚴憚之人”，認為現今辦事缺乏效率，“處事太緩”,“千百中無一二能上達者，即能上達，未必即能見之施行”，況“以聖天子赫然獨斷”欲了結一事尚屬不易，“事事不得平者，不知凡幾”。因此提出“設官以待賢能”，凡召見“必詢問人材，詢問利弊”，提倡“集思廣益之法”,因為即便聖明如“堯舜之主，亦必詢四嶽，詢群牧。蓋恐一人之聰明有限，必博收眾采，庶無失事”。這一疏稿，浩浩蕩蕩，針砭時政，切中肯綮，精辟入理，在清代諫章中也屬鳳毛麟角。但疏稿中“視朝稍晏”、“熒惑聖聽”之語，以及重新起用“嚴憚之人”“犯顏極諫”的建議，被視為“指斥乘輿”，忤逆犯上，部議照大不敬律準備判處他斬決。嘉慶帝雖怒其語戇，仍放其一條生路，將其發配伊犁充軍。洪亮吉一心報國，將身家性命置之度外，終因上疏而被懲處。而嘉慶帝親政之初，大張旗鼓地“詔求直言，下至末吏平民，皆得封章上達”，到頭來則自己缺乏貫徹的度量，始倡終棄，自然與預期相去甚遠，就連他自己也發現“罪亮吉後，言事者日少”，特別是“於君德民隱休戚相關之實，絕無言者”。