從嘉慶這些指示中可以看出，嘉慶對於治理河務從一即位就非常重視，並非高高在上，聞而不問，而且也多少能看出點門道，還能提出一些自己的意見。更可貴的是嘉慶對於這類關乎國計民生的大事，並不自以為是，個人說了算，而是持虛心的征詢態度，對蘭第錫如此，對康基田亦如此，很有點乃祖康熙的遺風。
嘉慶之所以如此重視治理河務，其基本出發點是為了“安民”，盡可能地減少社會不安定的因素，如果臣下違背了這一宗旨，嘉慶的態度是非常嚴厲的。四年六月，新任東河總督吳璥就因此碰了釘子。他上任未久，即奏請增河工料價，歸地糧攤征。嘉慶一看到奏章，就氣不打一處來，雖然知道吳璥“熟諳河務”，專業素質較好，也沒有因此對他偏袒，而是當即嚴旨切責說：“河工需用物料價值，例有正項開銷，豈容輕議加增？！乃該督等以籌備幫價為詞，於地糧內按年攤征銀十四五萬兩，使豫省群黎均受其累，為民上者豈忍出此？！雖所稱酌添運費，每秸一斤隻係五毫，而一經州縣吏胥之手，則層層加派，所征必不隻此數，且議加之後，不能複減，非暫時借資民力，竟永遠累及閭閻矣。”結果，剛上台的吳璥因為違背了“安民”的宗旨，觸怒龍顏，很快被交部議處，受到了“革職留任”的處分。
嘉慶八年（1803年）九月十三日，河決豫省封丘衡家樓，這可以說是嘉慶期間河工的一件大事。這次決口來得十分突然，因當時“已過霜降，水落歸槽，方期各工鞏固”，水勢來得非常凶猛，“南岸灘咀逼溜北趨，以致堤根刷陷”，開始時過水30餘丈，數日間塌寬竟至500餘丈，“勢如建瓴，以致掣動大溜，甚為浩瀚”。東北由範縣一直到張秋，穿運河東趨鹽河，經利津入海。直隸長垣、東平、開州等地都是洪水泛濫成災。當嘉慶帝接得署東河總督嵇承誌的飛報後，非常重視，立即采取了特急措施，委派吏部尚書劉權之、兵部右侍郎那彥成馳赴河南勘辦，於一切有關溜勢、搶築、堵口、災情以及蠲賑的奏報，均破例許以五百裏奏聞。事實證明，決口之所以能順利合龍，與嘉慶帝親自部署搶修關係重大。
在這段時間裏，嘉慶帝幾乎全力以赴，監督飭令搶險救災的相關事宜。他指示山東巡撫鐵保親往查勘運道，一麵注意進行撫恤；為確保漕運預為籌劃，又指示直隸總督顏檢查明河溜所經州縣救災情況，“據實奏聞”；同時指示東河總督嵇承誌“相度情形，速備工料，上緊堵築”，並叮囑說：“衡工培築工程，需料繁多，一省今年間有旱蝗，一時難於采買；畿輔地方，秋收豐稔，購辦較易。該督當預飭鄰近之正定、順德、廣平、大名等屬多為預備，一俟豫省需用協濟，即可照數解住，著嵇承誌、馬慧裕通盤核計，隨時具奏。”嘉慶帝曾自稱是“宵旰係懷，無時或釋”，難怪他的部署安排，考慮得如此細致具體。
治理漕運
在認真治理黃河的同時，嘉慶帝還對漕務之弊進行了認真的處理，這主要是圍繞漕糧浮收問題展開的。乾隆中期以後，漕政日趨腐敗，勒索陋規的問題嚴重，漕務之弊：一是對農民的敲榨，如收糧時用大斛克扣外，又有如“淋尖”、“踢斛”、“捉豬”、“樣盤米”、“貼米”、“水腳費”、“花戶費”、“驗米費”、“灰印費”、“篩費”、“廒差費”等諸多名目的勒索，“總須二石五六鬥當一石”。二是漕務官員肆意貪汙，勒索漕規，“每辦一漕，額多之州縣官立可富有數十萬之巨資。”因此人民所受額外剝削極為繁重。
至嘉慶初年，漕糧浮收問題更加嚴重，有“每石加至數鬥及倍收者，所收未至三分之一本色已足，則變而收折色。小民不肯遂交折色，則稽留以花消其食用，呈驗以狼藉其顆粒，使之不得不委曲聽從。慮上司之參劾也，則饋送之；又屢地方訟棍之控告也，則分飽之”。又承辦采買之弊，上司發價既克減於前，納倉又浮收於後，美其名為出陳易新，核其實則倍出倍入。上司知其然也，領價則多方扣之；吏胥利其然也，交價又從中侵之。當時，“利歸州縣十二三，利歸丁胥差役十七八。每辦一漕，以中數言之，門丁、漕書各得萬金，書夥以十數，共二三萬金，糧差正副三五十人，人二三百金。又一二萬金糧書二三百人，人一二百金，又三四萬金受規上下諸色人等在外，民膏安得不竭，國課安得不虧！”因此，漕糧浮收問題成為引起江南社會矛盾激化的一個重要原因。
在白蓮教大起義的打擊下，嘉慶認識到整理勢在必行，因而在親政之初就多次降旨，剔除漕政積弊，令有漕地方督撫“務須督飭所屬，留心查察，勿使州縣藉端勒索，睃削累民，倘有前項情弊，即行據實嚴參辦理，”“仍敢複蹈前轍，一經發覺，朕惟有執法從事，決不寬貸。”表達了整頓漕政的決心，並在隨後采取了多種措施和實際行動。