嘉慶帝聽從粵督的建議，不再試圖停止中英貿易。但他又記起馬戛爾尼使團來華時曾請求開辟寧波口岸，於是又諭令兩廣總督，“此次該國貢船來往經過浙洋，並未寄碇，其意似專欲來天津貿易，以遂其壟斷之謀。該總督等設法將伊國來京之意，嚴行杜絕，使之不萌此念，即來亦不能徑達，方為妥善”。這樣，英國方麵就沒能與中國政府直接談判，改變廣州貿易製度的願望也泡湯了。廣州單口通商製度被執拗地再次肯定。
英國侵華的加劇
圖居澳門事件
英國多年以來一直苦於在對華貿易中沒有立足之地，希望在中國沿海獲取一個據點。
馬戛爾尼使團來華時就曾正式提出：在舟山附近指定一個未經設防的小島給英國商人使用，以便英國商船停泊，存放貨物，並允許英國商人在那裏居住。這一無理要求嚴重侵犯中國主權，具有侵略性，當然遭到乾隆帝的嚴辭拒絕。但英國方麵並未善罷甘休，他們又打起被葡萄牙人竊據多年的澳門的主意。嘉慶七年（1802年），英國兵船借口防止法國海軍侵占澳門，來到伶仃洋麵，準備隨時上岸。兩廣總督吉慶“當即飭諭英吉利夷船回國，毋許登岸”。由於這次英國兵船沒有異動，並且全部從中國海域離開，雙方衝突沒有觸發。
嘉慶十二年（1807年），法國入侵並占領葡萄牙。英國擔心法軍侵占澳門，於是，海軍少將度路利受英印總督派遣率兵三百到中國來。度路利到達中國海域後，不顧清政府尚未同意，葡萄牙人又極力反對，度路利擅自率領部隊在澳登陸，並侵占了3座炮台，並“總以保護西洋人為詞，遷延不去”。這分明是“陽借保護之名，徐圖占據”。廣州當局屢次勸導英人撤兵，英方均置之不理。在這種情況下，兩廣總督企圖用停止貿易的辦法逼英國人順從，下了封艙令。然而度路利毫不示弱，擺出強硬對抗的姿態。無視清政府規定軍艦不得進入黃埔，率3隻兵艦駛入虎門，在黃埔停泊下來。與此同時，英印總督先後共派出13艘兵艦，登陸士兵達760名作為增援。不久度路利又率領兵弁水手200多人，駕舢板艇30多隻，由黃埔駛至廣州城外13行停泊，求見兩廣總督，“聲稱懇請總督奏明大皇帝，如蒙允準，在澳寓住”。幾天後，英國人的數十隻舢板又前來，想從十三行運些夥食。清軍開炮將其嚇退。這時嘉慶皇帝已經向吳熊光傳出諭旨，命令他曉諭英人迅速撤兵，不可停留，“倘有不遵，統兵剿辦”。吳熊光接旨後立即開始部署反擊，度路利見勢不妙，被迫宣稱“情願撤兵”。英船隨後全數駛往澳門，並於次年撤離澳門。此後，由於英國陷於歐洲事務，隻得把中國的事情撇在一邊，才沒有擴大事端。
刑事糾紛
鴉片戰爭以前，中英雙方因英國人毆打殺害華人屢屢發生刑事糾紛。在這類糾紛中，中國作為主權國家，毋庸置疑擁有根據本國法律約束境內外國人的權力。然而，英國人罔視中國法律，一味袒護本國罪犯，製造了一係列中英衝突事件，主要有：
“天佑號”事件。嘉慶五年（1800年）正月，英國船隻“天佑號”駛至黃埔。十八日夜間，一隻中國小船在其船頭拋錨多時，該船值班官員向其喊話，隻因為小船沒有回音，值班官員便命令哨兵開槍，船上的中國人一名被打傷，一名落水。事後，中國官員向英國大班要求交出開槍人，遭到英方拒絕。二月十八日，英國船長偕同證人來到廣州城，接受廣州知府、南海縣令等中國官員的審訊。英方堅持說因為該中國船隻有偷竊嫌疑，英方才開槍，竭力洗脫凶手的罪名。10天後，清朝官員不知出於什麼原因，態度忽然轉變，取消了審訊，承認落水者係“自行失足落水”。英國人隻受到口頭警告，以後不得隨意開槍。這個案件就此草草結案。
“海王星”號事件。嘉慶十二年（1807年）一月，英國船隻“海王星”號上的一群船員酒後鬥毆，數名華人被打傷，一人被打死。粵海關監督獲悉此事後，命令不許英船出港，並追令英方交出凶手。不久查定殺人主犯是英人愛德華·申恩。英國方麵極力袒護凶犯，僅同意以罰金論處，並且還得將其監禁在英國船上。該船離開廣州時，其船長拒絕了清朝官員把申恩留下的要求。凶犯被英國人帶回澳門圈禁起來。一年以後就被釋放，隻交了四鎊罰金。
商欠糾紛
商欠案是指中國行商與外國商人的債務糾紛，即因中國行商無力及時償還預借英國商人的債款而引起的涉外商務案件。從18世紀中期以後，商欠作為一個國際商務問題，日益變得嚴重，直到鴉片戰爭爆發，也沒能妥善解決。雖然清政府早已明文規定禁止行商向外國商人借錢和拖欠款項，但在缺乏近代金融信貸製度的中國封建社會裏，一些行商資本薄弱，缺乏必要的周轉資金，有時為解燃眉之急，不得不向外商，尤其是英國商人借貸。然而，英國商人所發放的借款不是普通的商業借款，而是用複利滾進的高利貸借款。行商借款恰如自掘墳墓，一旦英商感到債務人資不抵債，他們就會訴諸清政府，請求政府出麵解決商欠問題。清政府對於揭露出來的這類案件，雖然能夠以行政命令限期厘清商欠，卻不能從根本上消除商欠存在的根源。