嘉慶四年（1799年），乾隆帝去世，嘉慶帝終於開始親政。他采取一係列措施，改革弊端，整頓吏治。首先，罷黜了奸相和珅，並鏟除了他的勢力。這樣，和珅及其親信控製、指揮鎮壓白蓮教起義軍務的局麵打破了。其次，任用勒保為經略大臣，節製川楚陝豫甘五省軍務，撤換了無能的將領，懲辦了貪官。在軍事上，推行“堅壁清野”與“剿撫兼施”
的策略。
起義軍方麵也吸取了前一段時間固守山寨從而始終被動挨打的教訓，采用流動作戰的戰略，與清軍迂回作戰，並在戰鬥中逐漸恢複元氣。一批新的將領在戰鬥中逐漸成長起來，增加了起義軍的戰鬥力。
嘉慶四年（1799年）上半年，起義軍主要在川東、川北和陝楚邊境三個戰場與清軍進行戰鬥。他們流動作戰，飄忽不定，被動挨打的局麵逐漸扭轉過來，而清軍方麵則毫無辦法。嘉慶皇帝大為惱火，遷怒於勒保，下令革去勒保五省經略大臣之職，由額勒登保繼任，以德楞泰為參讚大臣。
額勒登保上任後，主要采取了兩項打擊起義軍的策略。一是引誘起義軍主動出老林地區，再圍堵到川北，集中加以消滅；二是加緊推行堅壁清野，截斷起義軍的糧食供給與人員補充。這兩項策略在嘉慶五年（1800年）明顯起到了作用，極大地打擊了起義軍的力量。
從嘉慶五年（1800年）下半年起，白蓮教起義由盛轉衰逐漸敗亡下去。
嘉慶六年（1801年）下半年以後，殘存的起義軍隻有龍紹周、苟文明、王國賢、戴仕傑、曾芝秀、辛聰、冉學勝等股，寨堡較少的萬山老林成了他們唯一的活動範圍，人數大為減少，隻有2.4萬餘人。
嘉慶七年（1802年）以後，形勢對起義軍越發不利。雖然年初曾經幾次小勝清軍，但衰敗的局勢已無法逆轉。六月樊人傑兵敗於湖北竹山、房縣一帶，在馬鹿坪，被清軍從三麵圍困，加上大雨不斷，山洪暴泄，最後力竭，全部溺水犧牲。七月，苟文明被圍困於陝西寧陝廳花石岩，拚力作戰，最後力竭跳崖犧牲。九月，襄陽藍號戴仕傑戰死於湖北興山縣施家溝。同月，東鄉白號湯思蛟在四川東鄉縣芝包口被俘。十二月，清軍統帥額勒登保等向朝廷上奏稱“大功戡定”。嘉慶帝聞奏下詔曰：“三省蕩平，上終先帝髦期未竟之誌，祭告裕陵，宣示中外”，“從此海寓敉寧，升平永慶”。
嘉慶八年（1803年）七月，額勒登保、德楞泰等再次上奏報稱“三省肅清，官兵凱旋”，並先後都回京慶祝剿亂成功，同時裁撤了大量協助清軍作戰的鄉勇。“每人以銀五錢繳刀矛，銀二兩資回籍”。鄉勇們無家可歸，“多勃鬱山澤間”，被起義軍拉攏過來，加入到與清軍作戰的行列中來。起義軍將領苟文潤就曾率領一支由遺散鄉勇組成的隊伍，並彙合了巴山老林中剩餘的起義部隊，在西鄉將清軍副將朱槐擊斃。
起義軍餘部盡管人數很少，又是分散作戰，以致清政府在三省一直“不得解嚴”。起義軍餘部，一直與清軍堅持戰鬥，直到嘉慶九年，苟文潤、苟朝九戰死，清朝政府才算最終鎮壓下去了這場聲勢浩大、轟轟烈烈的白蓮教大起義。
嘉慶元年（1796年）爆發的白蓮教大起義，前後與清軍作戰九年，四川、陝西、湖北、甘肅、河南五省都卷入到這場起義中來。清廷為了鎮壓這次起義，從全國16個省抽調了大批兵力。九年中，起義軍擊斃的提督、總兵以下軍官四百多人，其中20多人都是提、鎮大員，耗用軍費2億兩之巨，與當時清朝政府四年的全部財政收入不相上下，盡管起義最終失敗了，但也使清王朝從此由盛轉衰，逐漸敗亡。
嘉慶皇帝遇刺案
清廷入關後統治中國260餘年，自順治至宣統，先後共10位皇帝，其中，有兩位皇帝遭遇到刺客的刺殺，那就是雍正帝和嘉慶帝。如果說，雍正遇刺，究竟有沒有發生過，屬不屬實，證據不足，很難判斷，已成疑案的話，那麼，嘉慶帝遇刺則是千真萬確，鐵案如山，嘉慶帝盡管並未受傷，然而，從當時奏章檔案看，嘉慶帝遇刺原因，仍是一團迷霧，難以分清。
嘉慶八年（1803年）閏二月二十日，嘉慶帝從圓明園上馬，帶著隨從、侍衛，進入了神武門（今故宮博物院門）後下馬換乘禦轎，一切都顯得很平靜，沒有任何征兆，加上此處已是皇宮禁地，跟班侍衛們都未提防。突然，從神武門西廂房南牆衝出一條大漢，朝嘉慶帝所乘禦轎直撲過來。事出倉促，侍衛及近駕的人們都沒注意到這位大漢。一時間，那人已奔至近前，皇帝的隨從及侍衛這才注意到，大漢手裏握著一把短刀，麵露殺機。跟在嘉慶轎旁的定親王綿恩立即感到事情不妙，迎麵上前阻攔。豈知，那人來勢極為凶猛，舉刀便刺，綿恩衣袖被紮破，未能攔住那人。