乾隆同時采取的另一重要政策是尊重苗民在當地的習俗。他在上述永除苗賦的聖諭中同時又講道，苗民風俗，與內地百姓全然不同，因此規定，今後生苗疆中一切內部矛盾，都依照苗民自身慣例處理，沒有必要依清朝廷官法進行處置。至於生苗與漢族兵民及熟苗爭執的案件，則屬於文官應辦者，歸文臣辦理，屬武將處理的範圍，則由武官辦理，有關官員必須“秉公酌理，毋得生事擾累”。
乾隆帝實行的第三項重要政策是在苗疆地區實行屯田，但這一項不像免賦那樣一諭定局，而是經過了許多曲折往複。乾隆元年（1736年）十一月二十二日，他在審閱總督張廣泗陳奏的苗疆善後事宜時，諭告總理事務王大臣，指出張總督奏請將“逆苗絕戶田產”分給漢民領種的辦法非常不妥，因為苗人秉性反複無常，現在雖然降服，但難保今後安定，若將“所有逆產招集漢民耕種”，萬一苗變再起，漢民將受其害。因此，叛亂的苗寨中因為獲罪不能耕種，而並入官府的耕地，可用來設屯軍，令兵丁耕種，這樣，無事可盡力務農，萬一出現緊急情況，“就近即可抵禦”，所收糧穀，“又可少佐兵食”，以省內地的轉運，且使苗疆駐兵有所增多而又能節省添兵的費用。乾隆帝令王大臣將他的這一聖諭轉告張廣泗。
有些大臣對乾隆這一做法不讚同。協辦吏部尚書事務顧琮奏稱，於深山幽穀招募屯田，是“盡奪生苗衣食之地”，甚為不妥。可是，總督張廣泗積極執行皇上諭旨，積極籌辦屯田的各項事務。乾隆二年（1737年）八月二十九日，張廣泗上奏：遵照聖意辦理了苗疆事務，已將“叛苗絕戶田產，安設屯軍”，原來計算絕戶田地，約可安屯軍五六千戶，現據各州縣報告，清江縣可安屯軍2600餘戶，八寨可安八百餘戶，丹江900餘戶，古州、台拱、凱裏、黃平、施秉、勝秉、清平等地可安六七千戶，共計能設一萬多戶屯軍，所以需設屯堡一百餘處，這些地區都是形勢險要之地，對保證苗疆長治久安，能起到萬全作用。乾隆帝對此加以讚許，並經總理事務王大臣核議奏準，令張廣泗照此方案辦理。不料，雲南總督尹繼善來京見駕，乾隆向他詢及苗疆事務，尹繼善詳細論述安設屯軍的不妥。這可使皇上困惑了。這個尹繼善，並非等閑之輩。其父尹泰，原來隻是一個微不足道的佐領，因受世宗雍正賞識，晉升至大學士兼兵部尚書。尹繼善亦被世宗寵信，曆任署廣東布政使、江蘇巡撫、署河道總督、署兩江總督、協辦江寧將軍、雲貴總督，乾隆元年因貴州別設總督始專任雲南總督。尹繼善於雍正十一年（1733年）指揮官兵平定了台拱苗變，雍正十二年（1734年）泰定新辟苗疆諸事，雍正十三年（1735年）又發雲南兵並征調湖廣、廣西兵策應，協助張廣泗平定了古州苗變。這樣一位長期擔任封疆大吏而且親自處理過苗民變亂的雲南總督，建言屯田之不可設，其說服力是很強的。因此，乾隆帝於乾隆二年（1737年）閏九月十二日下諭，停止貴州古州苗田屯軍。他諭告總理事務王大臣：尹繼善奏稱“分布屯軍之舉，尚未妥協”。實際上，苗民不願開設屯田，若將“逆苗”之田“收之於官”，則將招苗人反感，輕重緩急不可倒置，不能與經理苗疆之意不合。令即將此旨馳告張廣泗，命其立即停辦屯田。他又專降一旨諭古州等處苗民說：督臣奏請將“逆苗絕戶叛產”分給屯軍，考慮到此等“絕田”“未必盡係無主之產”“不忍以爾等自有之業，強令歸官”，因此特頒諭旨，令經理大臣“停止屯軍之事”。那些受到如此厚恩的苗民，一定會從此安分守法，成為天朝帝國的良民。
貴州總督張廣泗接旨後，繼續堅持要設立屯軍，為此特地上奏疏力爭，並以身家性命相保。乾隆帝閱過奏折經過再三考慮後，同意張的建議，降旨批示說：“卿既熟悉苗情，又屢經籌度，且以身家相保，朕自然聽卿料理。”在苗疆設立軍屯之事又得以繼續進行。
但是，爭論並沒有宣告結束，乾隆三年（1738年）四月二十九日，兩廣總督鄂彌達特上長疏，力陳興辦屯田的危害。他的主要根據有二：首先苗人全靠“刀耕火種”，無其他營生之業，過去地畝寬餘，才能世代繁衍，維持生活，如將田收歸屯丁，則今後地少人多，必“不能仰事俯育”，致使苗人生怨。二為屯丁不能自耕，仍需招苗人耕佃，苗民“以世代田產，供他人之倍收”，又為兵丁佃戶，“久之視同奴隸”，既沒有賴以生存的田地，又要被人役使鞭笞，這樣下去，他們活得不痛快，也就更加不怕死了，恐怕不出十五年，“古州之事複見矣”。乾隆帝閱讀後，又猶豫不決起來，降旨批示說：“此奏識見甚正”，朕對於軍屯一事亦不以為然，曾經在去年特地頒下諭旨命令停設軍屯，但張廣泗堅持要辦，“伊係封疆大臣，又首尾承辦此事，不得不照彼所請，然朕則以為終非長策也”。現在又看此奏，交軍機大臣詳議。不久諭令張廣泗回奏。