自秦始皇建立專製主義中央集權製度以來，皇帝的權力與宰相的權力之間的矛盾就產生了。皇帝的權力是至高無上的，但他自己不能親自去處理那麼繁多的政務，他必須依靠輔佐他處理政事的機構來實現他的統治。輔政機構的代表人物就是宰相，所以把輔政製度也叫作宰相製度，把皇帝與宰相的關係叫作君權與相權的關係。就輔政體製來說，在秦漢魏晉南北朝時，實行的是開府施政的宰相輔政製度；隋唐五代宋時期，實行的是參議輔政機構製；明朝實行內閣輔政製；清朝實行內閣、軍機處輔政製。
明清兩代，君權與相權的矛盾更加尖銳。明太祖朱元璋對秦漢以來的宰相製度持否定態度。他說：“宰相權力過重，曾出現了趙高指鹿為馬的現象。自秦朝以來，每一個君臨天下的人，都不能借鑒秦朝設置宰相所帶來的禍患，按照秦朝的慣例設置了宰相。”於是下令永遠廢除丞相製度，撤掉中書省，由4個輔官輔佐朝政。在四輔官輔政的形式破產後，朱元璋又采取了內閣大學士輔佐朝政的形式。大學士來自翰林院的學士、編修等五六品官員，官職不高地位輕微，隻能做些文書工作。但自明成祖朱棣開始，內閣大學士的職權逐漸變大了。尤其是明英宗朱祁鎮以後，實際上，內閣已取代了明初的中書省，大學士“已經和漢朝、唐朝的宰相的權位差不多了，隻不過不叫丞相的名稱罷了”。夏言、嚴嵩、徐階、高拱、張居正等人，就是明朝權相。為了分散內閣職權，皇帝又重用宦官王振、汪直、劉瑾、魏忠賢等人，實行內閣大學士與司禮監宦官平行雙軌輔政製。在整個明朝，盡管輔政體製變化不已，影響了政局的穩定，但仍沒有找到更為理想的方案。
清朝仍實行雙軌輔政製。順治時，改內三院為內閣，“機要政務的處理都交給內閣辦理，軍事事務交給議政王大臣商議奏處”。康熙時，臣下奏章的處理由內閣主持，軍事、國家的機要事務由議政處負責處理，如果是特別頒發的詔旨，由南書房的翰林起草。雍正創立軍機處後，“本章由內閣處理，機要事務和用兵事務都由軍機大臣接受旨意辦理”。
雍正帝之所以不把軍事交給議政處處理，是因為那些議政王大臣既沒有什麼高明的見解，又經常泄露機密，成事不足，敗事有餘。雍正帝之所以將機務從內閣中劃分出來，是因為“內閣的地點在太和門以外，來來往往的人很多，考慮到會泄漏重要政務的機密”，並且內閣權重而效率低，“如果任用人時偶爾考慮不周，一定會出現專權的大臣”，於皇權不利。“軍機處是內閣的一個分支機構，……所處理的機要政務和用兵方麵的事務都是由軍機大臣當麵接受皇帝的指示，皇帝沒有一天不與軍機大臣們會麵，而太監是不能參與的，即使是這些得到皇帝麵授機宜的各位大臣也隻是傳達、轉述、繕寫皇帝的旨意，不能在這中間夾雜任何自己的意見”。故能使清朝的“各位皇帝互相繼接，大權獨攬……任用官員處理政事，命令一下就能得到執行，權力從來沒有落入別人手中”。
雍正皇帝開始設立了軍機處這個機構，並使它漸漸取代了內閣的作用，這是行政製度上的重大改革。軍機處架空了議政處，也奪走了內閣的權力，但軍機大臣的權力也有限，隻是按照皇帝表達的意思去辦事，既沒有議政處的商討決定權，也沒有內閣的代皇帝起草聖旨的權力，因為這些權力都被皇帝拿走了。這次行政機構的變革是增強了皇權，削弱了原來賦予滿洲貴族和滿漢大臣的“相權”。軍機處設立的與奏折製度的確立相輔相成，雍正皇帝親自批閱、答複臣下的奏折，向軍機大臣當麵下達指示，天下的一切事務都由他一個人處理。雍正的專製集權與明朝的朱元璋相同，但是又有不同。朱元璋日理萬機，忙不過來，找幾個學士給他做顧問，然而不是固定的班子在皇帝指導下處理政事，因此皇權得到加強，行政效率卻沒有提高。而雍正建立軍機處，加強皇權的同時，還提高了行政效率，使得皇權能夠真正充分地實現，所以他的權力實際上比朱元璋還要集中，他以前的其他帝王對他的這種集權就更是望塵莫及了。
密折政治
實行密折製度
到了清聖祖康熙當政的中期，天下太平，國力強盛，為了加強對各級官員的控製，及時了解地方情況，康熙帝特別命令他的親信官員用密折方式奏報情況，開始出現了清代特有的奏折製度。它是由皇帝特別指定的官員，將上奏事件親手書寫密封，直接派人送到禦前再由皇帝啟封、批示（後來或與軍機大臣等批閱）後，再直接發與具奏者執行。這種製度，簡化了明代以來繁瑣的文書處理製度，提高了清朝政府的行政效率。
中國王朝自古以來，臣工報告的方式很多，如章、奏、表、議、疏、啟、書、記、封事等。以奏折為正式公文的名稱，始於清代的順治年間。在康熙朝，密折作為一種實際的政治工具有了進一步的發展。不過，密折形成一套完整的製度運作，還得從雍正朝開始算起。
清代君臣之間的“言路係統”大致是這樣的：臣子們上的主要是“題本”和“奏本”，後來又添上了“密折”。