《恰克圖條約》簽署後，清朝政府即開始兩路進軍，征討西北部的噶爾丹策淩。派出軍隊後，雍正就命滿泰、阿裏海到土爾扈特，利用它和準噶爾部的嫌隙，拉攏土爾扈特，使準噶爾陷於孤立的地位，同時又派使者到俄國，通告清政府征討準噶爾一事，希望俄國不要支持噶爾丹策淩，不要企圖利用中國內亂來分裂中國。《恰克圖條約》規定了中俄喀爾喀地區的邊界，而俄國人如果不想違約的話，就不要公開大規模地支持準噶爾叛亂。同時，清政府也在喀爾喀地區加強了軍事防務，設立59個卡倫（邊防哨所），黑龍江將軍統轄東邊12個，喀爾喀內部管理西邊47個。因此，《恰克圖條約》的簽訂，為抵禦俄國封建沙皇勢力的入侵、保衛喀爾喀地區領土、平定準噶爾叛亂、防止俄國對中國內政進行幹涉起到了一定的促進作用。但清政府在貿易、宗教方麵也對俄國作出了巨大讓步，興建教堂就是一例。在領土上，中國也是作了很大讓步。在貿易方麵，俄國在恰克圖建立貿易市場，中國則在它的對麵建立買賣城，成為中俄雙方互相買賣的場所。《恰克圖條約》簽訂後，俄國商人不再經由尼布楚、黑龍江到達北京，而是由買賣城經張家口抵達北京，不需要再向東繞一圈。此後買賣城一線成了俄國商隊的主要道路，給俄國帶來了很多實惠，這些都是其他西方殖民者無可比擬的。
設立軍機處
軍機處推演曆程
雍正元年（1723年）八月，青海的和碩特蒙古部落首領羅卜藏丹津率部叛亂，叛軍攻打西寧，形勢危急，於是雍正命令川陝總督年羹堯出兵平定這場叛亂。經過激烈的交戰，10萬餘名叛軍投降清軍，叛軍首領羅卜藏丹津逃往柴達木。雍正二年（1724年），清廷封四川提督嶽鍾琪為奮威將軍，再次率兵追殺逃往柴達木的叛軍餘部，經過化裝的羅卜藏丹津再次逃到了準噶爾部。準噶爾部本來就與清廷為仇作對，在康熙年間就曾爆發過叛亂，在被康熙親征平定後，準噶爾首領噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦又率領部下侵入了西藏。
康熙五十七年（1718年）康熙命皇十四子胤禵為撫遠大將軍，指揮大軍進藏平叛。康熙五十九年（1720年），清軍重創準噶爾叛軍。康熙六十年（1721年），撫遠大將軍胤禵駐紮到甘州（張掖），對準噶爾叛軍采取進攻態勢，雙方處於相持狀態。羅卜藏丹津逃到準噶爾後，清廷給準噶爾部寫信要求送還羅卜藏丹津，策妄阿拉布坦拒絕交出。這時雍正剛即位，地位還不穩固，政府也沒有充足的財力。這樣，清朝暫時沒有發兵主動進攻，采取了守勢，但是清廷一刻也沒放鬆對準噶爾同西藏關係及準噶爾對喀爾喀蒙古侵擾的注意。雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策淩繼位，雍正認為時機成熟，開始籌劃用兵事宜，計劃討伐準噶爾，以免去國家心腹之患。
雍正七年（1729年）二月，一切準備就緒，雍正發布了上諭，在上諭中他羅列了準噶爾的罪行，大舉發兵進攻準噶爾。可路途太遙遠了，一切軍需糧草供應，急切需要有一個機構專門辦理，而且軍報很多很緊急，也需要快速的處理，更需要謹慎周密。為了戰事的順利進行，雍正在雍正七年（1729年）六月發出一道上諭，設立軍機房，並命怡親王允祥、大學士張廷玉、蔣廷錫主持辦理軍需一應事宜，辦公地點在隆宗門內、乾清門外偏西的小平房內。雍正八年（1730年），改名為辦理軍機處。雍正十年（1732年）春，雍正皇帝下令大學士們商議確定軍機處的印信。三月初三，大學士們遵照聖旨商議後上奏請求用“辦理軍機處印信”的字樣，雍正立即下令交給禮部去進行鑄造，並決定把大印保存在軍機處，委派專職官員負責管理，同時將大印的樣式通知各省和西北的兩路軍營。從這以後，軍機處成為正式的固定機構。
軍機處設立之初，主要辦理與戰爭有關的事務。雍正九年（1731年），世宗認為山東登州是濱海重鎮，所轄地方太大，隻有六千兵丁，怕不夠用，遂命軍機大臣詳細討論，是否適當增加兵士的數量。雍正十年（1732年），西路軍大本營要移駐穆壘，雍正皇帝經過慎重選擇，定六月初四為移營的開始行動日期，在四月十三日命令軍機大臣將日期通知嶽鍾琪，並要求務必將一切事宜提前留意準備完畢，但一定注意要謹慎周密，以防泄漏機密。隨著時間的推移，軍機處的辦事範圍擴大到所有的機要政事。
雍正每天召見軍機大臣。寅時（3～5點）軍機大臣、章京進入值房，辰時（7～9點）皇帝召見，如果有緊急事務，提前召見，每天召見一次，有時一天幾次。軍機大臣在接受皇帝召見後退回到軍機處，按照皇帝麵授的旨意，書寫文件，基本內容是告誡臣工，指示用兵方略，檢查核對政事，指責查問量刑處罰是否得當。撰批抄寫完畢後，密封發出，叫作“寄信上諭”，因由內廷直接寄出，故又稱“廷寄”。後經張廷玉規劃，形成一套完善的製度。凡給經略大將軍、欽差大臣、參讚大臣、都統、副都統、辦事領隊大臣、總督、巡撫、學政的，叫“軍機大臣字寄”；凡給鹽政、關差、布政使、按察使的，叫“軍機大臣傳諭”。字寄、傳諭的封函表麵都注明“某處某官開拆”，封口處蓋有軍機處印信，保密程度較高，且傳遞速度快捷。當麵接受皇帝的口頭旨意，起草抄寫，發送上諭和聖旨是軍機處的主要任務。軍機處根據函件內容決定遞送速度，函件封好口後交給兵部，由驛站來傳遞送達。凡是在信皮上標著“馬上飛遞”字樣的，每天要走三百裏；如果碰到緊急情況，則另外在信封上標有每天要走的路程裏數，或者是四五百裏，最快的是八百裏。這種方式確保了中央政府指令的嚴格執行，傳遞的速度又比其他公文要快得多，提高了清朝政府行政機構的辦事效率。另外，官員上奏的折子，皇帝親自閱覽批示後，在每天的寅、卯兩個時刻發到軍機處抄寫副本進行存檔。