改土歸流後，清政府在原來土司地方，取消土司世襲製度，設置廳、州、縣等地方政權，派遣可以調換的流官進行一定時期的治理，這樣就使原來土司、土舍地區與內地的政治經濟聯係進一步加強了，從而也促進了文化的發展。雍正十二年（1734年），署理湖南巡撫鍾保認為自從永順設府以來，文雅的風氣日漸興盛，上奏請求在府縣設立學校，招收12名文武童生，在保靖等縣設立訓導，招收八名童生，並且在府城設立考棚，雍正表示同意。
雍正十三年（1735年），四川學政隋人鵬認為土民與漢民交往頻繁，應當鼓勵土民讀書，讓土民與漢民文武童生一起參加，雍正也同意了。
改土歸流，將數百年以來的土司製度廢除，必然會招致敵對勢力的反抗。雍正十二年（1734年），貴州古州、台拱地方設官後，原來土舍勢力還是比較大，總是想恢複原來的局麵。雍正十三年（1735年），古州發生叛亂，雍正就任命貴州提督哈元生為揚威將軍，湖廣提督董芳為副將軍，領兵進行討伐，務必斬草除根，徹底解決叛亂，並任命刑部尚書張照為撫定苗疆大臣，到貴州處理苗疆事務。在貴州，董芳與哈元生二人不和，張照支持董芳，他們認為，從前改土歸流存在失誤，現在應該實行招安優撫，恢複舊日格局。因為意見不統一，將領失和，沒有取得討伐的成功。八月，雍正駕崩，乾隆繼位，將張照召回，命張廣泗為七省經略，進行平叛，第二年成功。
雍正時期的改土歸流，是清王朝為鞏固自己的封建統治，打擊地方土司勢力的一係列措施之一，但有清一代，並沒有將土司製度徹底廢除。就在雍正年間大規模改土歸流運動進行的同時，清政府又設置了許多新土司。清代的土司總數和職銜比明代多，但製度也比明代完備得多，在西南和西北少數民族地區，一直實行這一製度，在政治、經濟、文化等各方麵無不對當地產生了重要影響。
雍正時期大規模的改土歸流運動，沉重打擊了土司割據勢力，促進了當地的穩定，中央政府對邊疆地區的統治大為增強，在一定程度上減輕了土司、土舍淩虐屬民的現象；整頓賦役，興辦學校，使少數民族地區的社會經濟、文化有所發展；由於政體統一，上下一致，使得民族雜居地戰爭的因素減小，社會秩序也趨向安定，有利於民族間的聯係。因此，可以說雍正時期的改土歸流，鞏固了我國多民族國家的統一，促進了經濟文化的發展。
簽訂《恰克圖條約》
雍正四年（1726年），清政府命原理藩院尚書一等公隆科多察看喀爾喀邊境，準備與俄國代表談判，並派喀爾喀郡王、額駙策淩、散秩大臣四格等人協助談判。同年夏，隆科多、四格與薩瓦在恰克圖附近的布爾河會談。薩瓦要求帶商隊與庫爾齊茨基主教一起入京麵見雍正，但隆科多卻隻允許薩瓦自己進京麵見雍正，其他人留在原地，等談判完後再決定是否可以去。十一月，薩瓦到達北京，朝賀雍正並與中國政府進行談判，中方派吏部尚書察畢那、理藩院尚書特古忒、兵部侍郎圖理琛等人參加談判。這次談判雙方沒有簽署什麼協議，隻是就一般原則性問題進行了討論。但薩瓦在北京期間，四處活動，收買了中國官員馬齊，把中國談判代表團的底牌搞到手，知道中方希望和平安定，就準備用武力相威脅，增兵邊境，為沙皇攫取更多的利益。半年後，薩瓦回到布爾河，與隆科多、策淩、四格、圖理琛繼續談判。隆科多堅決要求俄國將它所侵占的喀爾喀土地歸還清政府，薩瓦竟要求中國放棄領土要求，並以武力相威脅。此時，隆科多因為私藏玉牒底本，被雍正從談判代表團召回治罪，讓策淩、四格、圖理琛等與俄國繼續談判。隆科多走後，中國代表團沒有堅持嚴正立場、堅決維護國家主權，於雍正五年（1727年）七月，在布爾河畔與俄國簽訂《中俄布連斯奇條約》,讓給俄國恰克圖以北的大片領土。之後，在這個條約和此前在北京達成的原則性協議的基礎之上，擬定出總條約草案。雍正六年（1728年）五月，中俄雙方代表在恰克圖正式簽字，條約也就開始生效。這就是曆史上的《中俄恰克圖條約》，其主要內容有：
第一，劃定中俄喀爾喀地區邊界，把恰克圖作為分界點，東起額爾古納河，西至沙畢納依嶺（沙賓達巴哈，位於唐努烏梁海地區的西北端）作為界線，線以南為中國，以北為俄國。第二，處理越境犯人，對以往逃犯不再追究，對越境者雙方不再收容，並嚴加查拿，交由雙方的邊防人員處置。第三，雙方貿易還按康熙時期的老辦法，俄國商人3年至北京一次，每次不超過二百人，中國對其免收商稅，零星貿易隻能在尼布楚、色楞格二地選擇進行。第四，規定宗教職能和留學生人數。規定在北京的傳教士可增加到3人，中國允許俄國學童4人，來北京學習滿文和漢文，並同意幫助俄國在北京建立一所教堂。雍正十年（1732年），新教堂落成。此後，俄國可以按期向中國派遣傳教士團和留學生。