雍正四年（1726年）春，廣順土舍氣焰異常囂張，將清軍營房燒毀，在這種緊急形勢下，鄂爾泰主張對他們用兵，以警戒其他土司，使他們不敢再來侵犯。當時雍正剛將政敵剪除，政權得以鞏固，而鄂爾泰德才兼備，就同意他用兵。四月事情平定之後，鄂爾泰到貴州長寨等地巡視，設立了長寨廳。長寨用兵，標誌著雍正時期大規模改土歸流的開始。
鄂爾泰在長寨用兵時，對土司、土舍的蹈襲陣法很是頭痛，因為用兵的時候他們就會逃跑或者假裝投降，等軍隊一走，他們又恢複原樣，因此必須想個根本解決的辦法。雍正四年（1726年）九月，鄂爾泰正式建議改土歸流，並對其必要性、指導思想以及具體措施作了分析和說明，提出“計擒為上，兵剿為下”，雍正皇帝接受了他的建議。同年十月，雍正實授鄂爾泰為雲貴總督，並兼兵部尚書，好讓他更好地推行改土歸流。
前述鎮源土知府刁瀚及沾益土知州安於蕃，勢力很大，占地很廣，搶占土地，橫征暴斂，作惡多端。雍正四年（1726年）六月，鄂爾泰發兵活捉刁瀚、安於蕃，在其地分別設鎮原州（今雲南省鎮沅縣）、沾益州（今雲南省沾益縣）。同年冬，烏蒙土知府祿萬鍾對東川攻殺劫掠，鎮雄土知府隴慶侯與他狼狽為奸，鄂爾泰命令遊擊哈元生率軍進行征討，在四川軍隊的協助下大獲全勝，隨後清政府就在其地改設烏蒙府（後改稱昭通府）和鎮雄州（今雲南省鎮雄縣）。雍正五年（1727年），廣西泗城土知府岑映宸勢力較大，經常領兵四千在南盤江以北地區來往，耀武揚威；等烏蒙改土歸流之後，他撤去軍隊，收斂起來。
鄂爾泰到貴州南部巡視，準備派兵對他進行討伐，岑映宸由於害怕就投降了。鄂爾泰便把南盤江以北劃歸貴州省，設立永豐州（後改為貞豐州，今貴州省貞豐縣），又把泗城改為府（管理今貴州省淩雲縣）。這時梧州、柳州、莊遠等地土民，因為土舍暴虐殘忍、任意妄為，爭相準備糧食請朝廷派兵，因此廣西的改土歸流和設官建製開展得很是順利。
雍正六年（1728年）鄂爾泰開始著手處理貴州東南的土民問題。鄂爾泰認為清理貴州東南土民問題的關鍵在都勻府，其次是黎平府，再次是鎮遠，因此主張分清主次，逐個解決。於是鄂爾泰命貴州按察使張廣泗領兵進入黎平府古州（今貴州省榕江縣）地區的古州江流域、都勻府丹江（今貴州省雷山縣）地區的小丹江（九股河上遊）流域和八寨（今貴州省丹寨縣）流域，鎮壓頑固土舍勢力，在此基礎上設廳，由同知管理當地百姓。
雲貴、廣西的改土歸流，極大地影響了與之交界的湖南、湖北、四川等省。這些地方的土司，比較接近內地，勢力不大，與地方政府的聯係比較緊密，土、漢民經常交往。在雲貴、廣西等地轟轟烈烈的改流建製聲勢中，土民們紛紛逃向官府，請求改流建官。麵對這樣的形勢，土司們被迫相繼呈請交出世襲的印信，將自己的領地讓出，表示真心歸附。雍正六年（1728年），湖南永順土司彭肇槐主動提出改土歸流，雍正答應他的請求，封為參將，賜給拖沙喇哈番的世襲職務，還賞給一萬兩銀子，允許他在祖籍江西置辦產業、買房買地。雍正七年（1729年），在其地設立永順府，並設桑植、保靖二縣，由該府管轄。
在四川，經總督嶽鍾琪、巡撫憲德、總督黃廷桂等人的努力，大部分地區都推行了改土歸流。雍正七年（1729年），天全土司改為天全州，土漢民雜居的黎大所改為清溪縣，原來管轄這些地方的雅州直隸州改為雅州府。
經過幾年不懈努力，改土歸流在西南各省大部分地區實行。雍正八年（1730年），鄂爾泰築橋於雲、貴邊界，因為這一年是庚戌年，雍正就把它命名為庚戌橋，來紀念鄂爾泰推行改土歸流的功勞。因為雲貴是改土歸流的主要地區，所以，這一年可以看作是改土歸流取得基本成功的一年。在改土歸流的過程中，鄂爾泰先對實行改革的地方用兵，進行鎮嚇，然後再進行安撫，軟硬兼施，政策得當，使得雲南、貴州、廣西、四川、湖南、湖北六省的改土歸流成功推行。
改土歸流後，清朝政府變革改流地區的賦役方法，將原來土司的征收製度廢除，按照原來正常的賦稅額，由各家申報田產，然後按畝征收銀兩，使無田的土民不必交納賦稅，並取消了原來土司的土貢。這樣，土民在改土歸流後，在一定程度上減輕了所受剝削。為減輕土民的賦稅負擔，清朝政府也采取了一些措施，如沒收土司、土舍的田產，分給兵士，每人三十畝，實行軍屯，所給土地為軍田，允許兵士按民田價格進行買賣。對於土司強行購買的土地，土民可以按價贖回。在有些地方，甚至允許土民占有原來土司的部分土地。
但是，耕地不足的問題沒有根本解決。