年羹堯死後，隆科多已勢單力孤，其實對雍正皇權已形不成什麼威脅。如果雍正全麵考慮一下，對隆科多降級免官就能達到他的目的。但是，雍正五年（1727年），隆科多還是被囚禁在暢春園附近。雍正六年（1728年）六月，隆科多最後死在被囚禁地。
改土歸流
土司肆意橫行
我國少數民族分布最多的當屬西南地區，在這裏居住著二十多個少數民族，而且曆史悠久。但由於與內地相比生產力水平低下，再加上特殊的自然地理條件和特殊的生活方式，曆代封建王朝都對這裏相繼采取特殊的方式加以統治，其行政體製和內地差異很大。秦朝時候，就在這裏設置官吏。到了漢武帝時，設置都尉縣屬。唐宋時期，實行羈縻州製，設置州縣，其中大的作為都督府，由其部落首領擔任，而且世襲，這就是土司製度的雛形。
元朝沒有平定中原前，先攻下西南，但由於少數民族強烈反抗他們的統治，不僅很難委任官吏進行管理，而且不能騰出手來進攻中原。因此，蒙古統治者實行安撫政策，任用當地各個豪門大姓的首領以及部落酋長擔任不同等級的官吏，讓他們管理當地事務，而且可以世襲，於是享有與普通官吏不同的特權。土司製度也就由此開始了。明朝沿用元製，對於前來歸附的西南少數民族部落，仍舊讓他們的首領擔任原來官職，並且陸陸續續地製定了有關土司的承襲、貢賦、征調、獎懲的一係列法規，使得土司製度比元代更為完備。清沿用明製，繼續實行這一製度。
順治元年（1644年），清朝入主中原，為穩固新政權，對西南少數民族地區暫時沿用以前的製度，對以前的土司一律承認，想等到天下大定之後，再對他們進行約束。但土司們的要求不僅僅隻是空名號，於是就在大批土司歸順後，武裝反叛也隨之發生。但這時清政府正忙於鞏固新政權，穩定中原局勢，因此對於土司問題的出現，盡可能實行懷柔政策，並在一些地方實行改土歸流。但從當時全國的形勢看，土司問題還不是主要矛盾，清政府也沒有力量進行大規模地改土歸流。
康熙中後期，四海平定，國力漸強，西南地區與內地進一步加強了聯係。由於內地人民南遷，使西南地區的民族成份變化很大，各族人民雜居在一起，互通有無，進行貿易往來，而且在不同民族間還有通婚，這都促進了民族的融合。到雍正時期，湖廣的民、苗通婚現象已經比較流行，這種民族間的通婚，更加強烈地要求打破少數民族地區和內地的界限。與此同時，西南地區和內地人民在經濟上進行貿易往來，也已成為各族人民生活中不可或缺的一個方麵。但由於存在土司製度，極大地限製了各族人民在經濟上的互通有無和貿易往來，有些土司甚至對富足的民、苗進行偷盜劫殺，往來商旅也不能幸免，這使多民族國家的發展受到嚴重阻礙。雍正登位後，更加暴露出土司製度的弊端，土司對其所管轄的屬民任意驅使，肆意擄掠，為所欲為，人民苦不堪言。
第一，土司反叛和相互間的爭鬥。土司製度本身具有濃厚的割據色彩。這種製度的實行，使土司的勢力發展很快。明清時期，出現了許多像雲南麗江木氏、車裏刀氏，貴州水西安氏，四川烏蒙祿氏，湖廣永順彭氏、容美田氏，廣西泗城岑氏等頗具實力的大土司。
這些土司管轄的範圍有百裏甚至千裏之多，統領兵眾數萬以至數十萬，憑此驕橫跋扈，恣意妄為，割據一方。他們除了擁有自己的世襲領地和大量土兵之外，還自設官吏、監獄和法庭。他們名義上雖歸朝廷管轄，實際卻是當地的土皇上。
土司勢力無節製地發展，而且愈演愈烈，使得他們和中央政權之間的矛盾日漸突出。
許多土司不僅違背朝廷、不服政令，甚至公然發動叛亂。雖然清朝土司反叛的規模與明朝相比要小，但還是頗為嚴重。如康熙四年（1665年），雲南迤東土司祿昌賢、王耀祖發動叛亂，帶領數萬人馬，一連攻下臨安、蒙自、嵋峨、寧州、石屏、宜良及六詔山區各個城邑，震動了整個雲南。除了不斷發動叛亂外，土司之間或一個土司之內，經常為了爭奪土地和世襲地位互相殘殺或自相殘殺。他們動不動就出兵數千甚至數萬，甚至與若幹土司聯合締約，結成盟好，以對付其他土司，在更大範圍內互相殘殺和燒殺擄掠。
如雍正三年（1725年），湖廣容美土司田如與桑植土司向國棟聯合進攻保靖土司，焚毀六十多處村砦，掠走一千多人口，賣到施南與四川酉陽等地。而且這種互相殘殺，往往是一旦結仇，永無休止。土司的反叛和相互間的爭鬥，不僅使人民的生命財產遭受重大損失，而且使清王朝在這些地方的統治受到直接威脅。清王朝統治者是不能忍受的。