當年十一月十三日，雍正在李維鈞的奏折上批示說：“近來年羹堯上奏言事，朕懷疑他居心叵測，很是有擅政專權的意思。”十二月十一日，雍正在年羹堯折上進行批示，說身為臣子的，有為國立功之心，容易立功，但要持守功勞是不易的，而君王也很難持守對臣子的恩寵。如果臣子有恃功妄為的，必會失去君主恩寵而受到懲罰。在這裏就顯示出雍正要對年羹堯下手了。從雍正三年（1725年）春開始，雍正對年羹堯的錯誤和罪行，不斷進行指責，對年屬下的川陝兩省官員進行大批調整，鼓勵臣下揭發檢舉年羹堯，對年羹堯連連罷官。當年一月，曾由年羹堯提拔、深得其賞識的甘肅巡撫胡期恒向雍正上奏彈劾陝西驛道金南瑛，雍正反而指責年、胡搞朋黨，沒有批準。年羹堯曾上奏彈劾蔡珽將屬下官員逼死，刑部奏請斬首蔡珽，雍正反而接見蔡珽，蔡上奏彈劾年羹堯貪暴，雍正不但不問蔡珽之罪，還任命他為左都禦史。二月，因為出現的天象怪異，雍正和很多非常迷信的人認為這是祥兆，大臣們紛紛上表祝賀，而年羹堯在三月所寫的賀表上將“朝乾夕惕”這個稱讚雍正的字眼寫得顛倒了，而且字跡不清楚。雍正認為這是大不敬，下詔指責年羹堯並不是因為粗心，而是擅權之心顯露無疑。不久，雍正又對年羹堯虐待青海殘部、重罪逃入準噶爾之人表示斥責。據傳說在雍正改變態度開始斥責年羹堯時，曾有人勸年羹堯謀反，趕走雍正自己稱帝。當時年羹堯有個叫孫劍才的門客，投靠年羹堯很長時間了。年羹堯擴建住宅，術士們都說百年之內都可興旺，而孫劍才卻說一會兒就要完了。年羹堯勃然大怒，要殺了他。
孫劍才對年羹堯說：“大將軍就要大禍臨頭了，我也不怕死。”年羹堯馬上細問為什麼。孫劍才說：“您勞苦功高，聲名遠揚，聖上懷疑您，而其他人陷害您，這並不是好事，而且張廣泗、嶽鍾琪領兵西征，是在牽製您。如果派人剌殺張、嶽二人，您自己親率大軍謀取中原，進攻京師，何愁大事不成呢!”年羹堯說：“成敗未卜，再說我手中也有重兵。”孫劍才被放，後來改名換姓逃走了。後年羹堯果然大禍臨頭。可以說，即使年羹堯當初真的聽信孫劍才的話謀反，他也不會成功。
在雍正的不斷恩寵之下，年羹堯得意忘形，擅權存私，任意對地方文武官員進行舉薦，形成前麵所說的“年選”局麵。這樣，在年羹堯周圍聚集起來一批人，形成了新的宗派。
此外，他還仿效胤禵，經常向將軍、督撫擅自發布命令；對於皇帝派往軍中的禦前侍衛像奴隸一樣使喚；甚至在進京時還讓額駙紮薩克郡王阿寶在他麵前下跪，令人難以容忍。還要提一下的是，年羹堯貪贓枉法的情況也十分嚴重。
年羹堯的行為自然會使雍正無法再容忍下去，不過他還是有充分把握，隨時可以將年羹堯繩之以法。所以在年羹堯第二次陛見後，有人提出不要讓他回到陝西時，雍正很是不在乎，以為這是非常可笑的。正如他所說的那樣：“年羹堯之所以不叛亂，不是不願意，而是他沒有足夠的能力；朕不提防他，是沒有這個必要。”
康熙初年清朝統一全國後不久，吳三桂等人控製將近半個天下，以這樣的力量發動三藩之亂，都還被康熙平定。現在清朝統一全國已80年，國家的富足穩定、皇權的鞏固遠勝康熙初年，如果年羹堯真的憑借川、陝兩省來謀反，隻能破壞國家統一和社會生產，給人民的生命財產造成極大損失，曆史決不會寬恕他。年羹堯不會謀反，因為他深知這不可能取得成功，而他又自恃有軍功，而且手握重兵，雍正也會講些情麵，不會將他怎樣。當時京城的確有人擔心年羹堯會發動叛亂，建議雍正不要過分責備和處罰年羹堯。雍正很是坦然，說：“考察一下目前的形勢，對年羹堯的實力很是了解，他不會有所作為。”雍正獨攬天下大權，政權穩固，實力雄厚，不怕年羹堯謀反，故而敢於徹查年羹堯的罪行。這是雍正的高明之處。當年四月，雍正下令削奪年羹堯的軍權，其權力交由嶽鍾琪暫時辦理，命他去浙江就任杭州將軍。年羹堯接旨後3天才交出大將軍印，不得不離開了他管轄了十幾年、指揮過十萬大軍、建立過重大功勳的川陝，帶著少數隨從趕往浙江，任由雍正控製。
為了防止年羹堯在途中有什麼不軌行為，雍正命令所經地方官員，密切注意他的動向。在去浙江途中，年羹堯還在幻想雍正能原諒他，竟上疏說自己不想去杭州赴任，這等於抗旨不遵，使雍正更為不滿，命他即刻上任。朝廷大臣們看到雍正決心已下，紛紛上奏揭發檢舉年羹堯。直隸總督李維鈞三次上疏，說年羹堯利用權勢作威作福，貪贓枉法，排除異己，侵吞國庫，濫殺無辜，殘害百姓。雍正將這些奏折一一給年羹堯觀看，要他回奏。隨後，雍正嚴懲年的心腹和黨羽，一一處理。同年七月，雍正免去年羹堯杭州將軍職務，授以閑散章京將其安置在杭州，又令地方官員對如何處理年羹堯發表自己的意見，為處死年羹堯作輿論準備。於是廣西巡撫李紱、河南巡撫田文鏡等紛紛遞上奏章，要求將年羹堯處死。雍正表示接受，於九月將年羹堯的官職頭銜盡數革除，下令立即逮捕他。十一月，年羹堯被裝進囚車送往京城。十二月，議政大臣奉雍正旨意曆數了年羹堯九十二款罪行，請求處死年羹堯。這時年羹堯在獄中還希望雍正念自己有功能免一死，上書哀求雍正說：“我已經知罪了。希望主子能開天恩，可憐我，饒了我吧。我現在還不算老，還能給主子效犬馬之勞。”但雍正不為所動，決心已下，認為在年羹堯的九十二款罪行中該判極刑和斬立決的就有30多條，但表示開恩，允許年羹堯自殺。在給年羹堯最後的諭旨中，雍正說：“你也是讀書人，縱觀曆史，像你這樣不法悖逆之人還有比得上的嗎？自古悖逆之臣也大有人在，可在敗露前還進行掩飾，而你卻毫無顧忌，任意妄為，從古以來有這樣的嗎？”接到自殺的命令，年羹堯不願動手，雍正就讓他的死對頭蔡珽擔任監刑官，年羹堯隻好上吊自殺了。