雍正還規定了如果地方官員貪汙挪移錢糧，而督府為其包庇隱瞞，要對督撫治“連坐”
之法。假如有誰在清查中徇私舞弊，包庇縱容，一旦被查訪到或被監察官員舉報後證實的，將連同該省的總督，巡撫一同處罰。
雍正這個辦法使諸官心驚肉跳，再也不敢怠慢。
雍正即位時已是45歲，麵臨著一個難以收拾的爛攤子局麵：吏治腐敗、國庫空虛、稅收短缺。雍正對這些是有著清醒認識的。在即位之後雍正說：“曆年戶部庫銀虧空數百萬兩，朕在藩邸，知之甚悉。”意思是說，當我還是皇子的時候，就知道曆年中央的戶部有數百萬銀兩虧空，底下的府廳州縣虧欠的數量就更不知有多少了。我十分清楚，怎能騙得了我。各地出現虧空錢糧問題的，一定是受到上司勒索，不得不從國庫中拿來上供，要不就是自己貪汙侵漁、中飽私囊了。無論哪種情況，都是非法的。
長期當皇子輔助執政的經曆，使雍正積累了充分的行政經驗。加上他即位前就曾協助康熙在戶部清理虧空，曾遇到過一些麻煩。因此對中央及地方的財政十分明白；對下麵官僚的貪汙手段、心理狀況十分清楚。
雍正上台，首先指向的是吏治，實在是因為吏治腐敗是康熙晚年最大的弊政之一。整頓吏治的最好突破口就是清查虧空。
全國大小官吏那麼多，對於新君還不熟悉。雍正除了隆科多、年羹堯等幾個可信任的人外，無所依靠。正好可以借助清查虧空這個運動，撒下大網，借勢觀人，激濁揚清，殺一儆百。用這個運動來打擊異己勢力樹立威望。正如前述，康熙末年的儲位之爭十分激烈，雍正的登基即位又難於辯解，使人心不服，基礎不穩。雍正發動清查，正可以借機名正言順地打擊諸王的朋黨勢力，進一步加強自己的地位和權力。
清查虧空的第三個好處是有助於對家底更加清楚，真正掌握財政狀況。
雍正在清查虧空過程中，經常派遣特派員來解決一些難於應付的問題。
雍正四年（1726年），大規模清查江西省的錢糧虧空。當時的巡撫裴度明明知道各府州縣倉穀虧空很多，他卻不上報，極力包庇下麵的貪官汙吏，雍正對此十分憤怒。
雍正命把已調任的裴度留於任所，將前任布政使張楷、陳安策派往江西審訊。雍正又覺得現任巡撫都督，他們太軟弱，隻是喜歡自己的官名而已，不能完成清查虧空這麼重大的任務。因此決定特派吏部侍郎邁柱到江西，真正檢查全省錢糧多年的虧空問題。與此同時，雍正命令從別的州縣挑選出幾十名官吏，迅速前往江西。一旦發現有虧空問題的官員，迅速查辦，讓候補官員作好頂替的準備。
邁柱到任後，清查積極認真，但是受到江西按察使積善的反對，雍正堅決支持邁柱，稱讚他“到任以來，不避嫌怨，為地方生民計，實心效力”。清理的結果一出來，雍正立即命令裴度及曆任藩司補償倉穀的虧空。
特派官員到其他地方清查虧空情況，讓他們相互監督，這是雍正常用的一種辦法，十分有用。
雍正五年（1727年），福建布政使沈延玉報告說，福建省的倉穀出現虧空。雍正認定是巡撫毛文銓隱瞞上麵欺壓百姓造成的，馬上特派廣東巡撫楊文乾和許容為欽差大臣前往清查。
上次清查江西錢糧，雍正調動了大批的候補官員，讓他們為上崗作好準備。這次清查福建的倉穀虧空，與候補官員調動同時進行。此外他還作了輿論的準備。
雍正發布公告告誡福建的老百姓：因為馬上就要進行清查，有些貪官們可能已知道此事，會臨時借調有錢人家的糧食來充實庫存。如果你們有人把糧食出借給他們的話，那出借的糧食就歸官府所有，發覺後也不再歸還。
上諭還說：我已經選拔了一批候補府州縣官員和欽差一起到福建，如果“現任府州縣內之錢糧稍有不清者，即令更換”。
擺出候補官員，查出問題立即換人，這破釜沉舟的姿態，表明了雍正徹底清查的決心。
地方清查虧空的責任落實到總督巡撫，限期為3年。北京等盤根錯節之地，展開清查工作十分艱難，因此他更注重清查技巧，加大力度清查。
設立會考府
雍正元年（1723年）正月十四日，雍正下令設立了一個獨立的清查機構——會考府，主要對中央各部、院的錢糧奏銷（就是各省每年將錢糧征收解撥的實數報部奏聞）工作稽查核實。
本來，各部院的錢糧運用、收入支出，都是由各部院自行奏銷，因此官員營私舞弊、賬目混亂的現象十分多。
為了從製度上解決這個問題，雍正規定會考府負責稽查審計各部門的收支，凡是錢糧的奏銷，不管來自於哪個部門，都應該由新設立的會考府清厘“出入之數”，這樣就把奏銷大權由原先的各部院收歸中央。