事實證明，允祥也確實不是隻會享樂的草包皇子，在工作中展現了十足的智慧。首次清理康熙王朝時的遺留舊案，由於數量頗大，允祥決定打破以往常規，采取規定限期和獎勵勤勉相結合的辦法，數十日內即將幾千宗舊案都理出頭緒。為雍正長了臉麵，被處分的人當中也少不了牽連到八爺黨的人，即使有八爺撐腰，也沒能幸免，著實打擊了八爺黨的氣焰。雍正初年清政府新設會考府，允祥負責審核財政出納，辦理清查虧空、收繳積欠的事務。雍正對此要求很嚴格，諭示允祥：此事必須辦好，不能虎頭蛇尾、半途而廢。允祥深知此事至關重要，遂盡職盡責，認真辦理。在不到三年的時間裏稽核、駁回不符合規定的奏銷項目近百起，有效地防止了營私舞弊的浪費現象。同時，又查出戶部虧空銀250萬兩，經奏請皇帝，采取令有關官員賠繳和逐年償補的辦法加以解決。對一些與造成財政虧空有直接關係的王公親貴也毫不留情，連敦郡王允、履郡王允裪等人都被勒令變賣家產清還虧欠。允祥不怕被人指罵，心甘情願地扮黑臉、做實事，有人因此責怪允祥過於苛刻無情，然而也正是憑著這種不徇情姑息的認真態度，他才較好地貫徹了雍正皇帝旨意，使虧補欠還，整頓財政取得顯著成效，令雍正的皇位日漸穩固。
治河患、興水利，是曆代皇帝都十分重視同時也十分頭痛的國家大計之一。康熙非常注重水利的修建，允祥青少年時期也曾多次隨父皇巡視河工，對此並不陌生。雍正王朝也同樣沒有得到上天的更多眷顧，水災同樣泛濫成災，損失十分嚴重，解決水利問題成為了雍正首要解決的頭等大事。在治理水利的人選上，允祥自然當仁不讓，受命總理水利營田事務，主管營田水利府和下轄的四個營田局，首要任務便是在直隸地區修治河道，開墾水田，變水害為水利。允祥領命後“建議興修、疏浚河渠，築堤置閘，區分疆畝，經畫溝塍，躬親巡視，往返輒經旬月，櫛風沐雨，寒暑靡間，務成萬世永賴之利”。允祥開拓創新，在實地勘察的基礎上親自繪製出水域圖進呈禦覽，雍正帝頗感滿意，稱讚允祥等人親至水患地區，不畏勞苦艱辛，無論大河巨川還是小渠細流，都作出詳細調查，細心籌畫，大大造福了人民。
雍正幾乎將難辦之事都交給了心腹允祥去辦理，隻有允祥出馬，雍正才放心。
從上述內容可以看出，允祥並沒有被自己的功績衝昏了頭腦，也並不是衝著賞賜才肯為雍正全心全意地辦事，其中的原因隻是出於和雍正二人的兄弟情誼。也能看出允祥其人頗為聰明，懂得身為“臣弟”怎樣使君王感到滿意和放心。不貪戀某些過分例外的恩賜，以免引起猜疑嫉妒而不利於已，這樣也就能在寵極人臣之際確保平安，又能更多、更久地博得恩遇。
雍正也並沒有卸磨殺驢，雖然此人多疑成性，但是對允祥卻也真正是百分之百的信任，做到了真正的“用人不疑”。
雍正自己是在康熙王朝中的皇權爭奪之中經曆過來的，皇子與大臣官員私結黨羽，互相傾軋，甚至覬覦皇位、威脅君權的戲碼，胤禛也曾親眼所見，深知其危害。在他繼位後，嚴禁王公官員結黨，並禦製《朋黨論》以申其害。但對於十三弟則多有例外。
允祥最終死於肺病，但也不排除勞累過度所致。他死後，雍正悲痛萬分，食不下咽、寢不安睡。還因為三阿哥沒有表現出悲痛之意而治他的罪，可見四哥對十三弟的情誼是何等深厚！
整頓吏治，高薪養廉
清查虧空
由於康熙在位61年，作為一個久掌大權的皇帝，康熙非常佩服漢文帝施惠於民、盡量不擾民的統治方針。於是，晚年的康熙不免要恩澤天下，來博得為政寬仁的美名。但社會的發展並不依賴個人的想法，一味地寬容，給社會帶來了很多負麵影響，在此方針指導下，康熙末年的社會積弊十分多。
社會吏治日益敗壞，官吏貪汙成風；在“反正不是自己的”心理支配之下，政府高官們、皇子們大量地從國庫中借支，造成國家錢糧空虛，國庫不足；地方紳衿魚肉百姓，貧富差距十分大；從戰略角度考慮，按照康熙末年的財政狀況，如果國家發生災荒，或者是邊疆告急引發戰爭的話，那麼國家財政嚴重不足，國庫空虛到無銀用兵賑災的地步，用雍正的話就是“關係匪淺”了，後果讓人擔心。
此外，地方紳衿擴張勢力，對欲集中皇權的雍正來說，無異是眼中之釘。
雍正十分清楚各種狀況。雍正掌權後的一個月，就給戶部下達了全麵清查錢糧虧空的總動員令，細致而具體地部署了各地清查的方針，政策和注意事項：
“各省督撫將所屬錢糧嚴行稽查，凡有虧空，無論已經參出及未參出者，三年之內務期如數補足，毋得苛派民間，毋得借端遮飾，如限期不完，定行從重治罪。三年補完之後，若再有虧空，決不寬貸……”
就是說：你們各省的總督、巡撫要嚴格檢查轄區內的錢糧虧空問題。一旦發現虧空，不管是否報告給中央，都必須在3年之內，把虧空的數目補齊。在補虧過程中，不得以補虧為借口，再向民間增加苛捐雜稅。比如山東省，以前查明虧空數十萬兩，雖然現在名義上使用官員的俸祿補足了，朝廷對其中的巧取豪奪亂收費、亂攤派十分清楚，其他省大概也是如此。另外，也不得乘機掩飾虧空，或者尋找借口不全力執行。沒有補完虧空，朝中會加以嚴罰。在3年補完虧空以後，如果再發生虧空的事，朝廷也不會饒恕你們。