支農再貸款政策性管理與基層信用社商業化運作的矛盾產生了一個重要的問題，即人民銀行低成本的融資能否抵消農村信用社以支農再貸款發放的農戶貸款風險損失，並保持適當的賬麵利潤，否則農村信用社要麼在利益驅動下將支農再貸款轉向其他風險低、收益好的行業和地區，要麼幹脆不申請支農再貸款，目前這兩種情況在川區經營比較好的基層信用社都普遍存在，弱化了支農再貸款的政策效應。此外，在目前新農村建設中，特別是山區農村信用社一直被用來提供財政和金融兩種職能，許多時候還被當作公共救濟的機構，由於山區政府財政狀況不佳，農村信用社被要求為基礎設施建設、農業科技推廣等提供融資，把本應由財政出錢轉嫁到了農村信用社，而山區農村信用社由於吸收存款的主動性差和收貸收息工作進程進展緩慢，隻能依賴人民銀行的支農再貸款來擴大貸款規模。山區信用社這種不分開財政和金融職能，地方政府隻片麵要求支持“三農”，必將導致山區農村信用社的虧損，無法持續性的支持“三農”。
（二）利率定價權下放進一步導致支農再貸款風險通過利差被轉嫁到農戶支農再貸款的發放，從一定程度上促進了農村信用社加大對農業貸款的投放力度，緩和了農村地區信貸資金來源的供求矛盾，但由於人民銀行在利率政策設置上並沒有將信用社以再貸款資金發放的農戶貸款與其他貸款在利率執行上有所區別，導致支農再貸款扶持農村信用社的作用遠大於“支農”的效果。隨著利率市場化改革的深入，目前農村信用社貸款利率上浮最高可達230%，以支農再貸款發放的農戶貸款也適用此上浮幅度，即貸款利率最高可達12.285%（以一年期為主），使再貸款政策優惠幾乎被信用社獨享，農民得不到多少實惠，且容易引發信用社對再貸款資金的依賴。雖然高利率沒有改變資金嚴重稀缺、融資渠道狹窄的農村地區旺盛的資金需求，但如此高昂的融資成本無法體現國家對農業、農村和農民扶持的目的，實際上是信用社通過定價把風險轉嫁到農戶。
（三）支農再貸款被挪用的微觀激勵
一是支農再貸款期限設置與農業生產周期不匹配，導致基層信用社的農戶貸款投放難以與再貸款形成嚴格的期限配比，在再貸款資金發放之前需要農村信用社墊付資金，幾經反複後許多基層信用社即以自營資金對再貸款進行資金置換，使基層人行對再貸款資金用途管理比較困難。
二是信用社以自營資金向一些信譽好、有一定發展前途的農戶發放貸款是其自身生存發展的需要，在一些經濟相對發達的農村地區更是如此。麵對人民銀行的支農再貸款封閉運行（專款專用）的管理要求，農村信用社使用支農再貸款實行獨立台賬登記管理製度，由於貨幣本身沒有明顯標記，部分信用社在實際發放農戶貸款時常和自營資金混在一起，不能全麵真實反映出支農再貸款的全貌，不便於農村信用社對支農再貸款的單獨核算管理，導致再貸款台賬流於形式，增加了人民銀行的監督管理的難度。
三是受資金逐利性的影響和區聯社加大對其利潤考核指標的重壓下，縣級聯社管理層利用縣域其他金融機構的經營性退出的有利時機，想方設法將部分支農資金投向了低風險的非農項目，如居民個人住房消費貸款等。
從經營理念上講，農村信用社這種經營模式無可厚非，但問題是目前農村信用社的貸款規模的擴張主要依賴人民銀行的支農再貸款資金的注入，這必將導致部分支農再貸款投向非農產業。使原本“缺血”嚴重的三農資金更加“失血”，影響了支農再貸款政策效應的傳導。
四、進一步提高支農再貸款使用效果的對策建議
首先，調整支農再貸款政策界限，放寬使用範圍限製。發放支農再貸款的根本政策目標是向農村地區注入發展資金，因此對支農再貸款的用途不應僅僅局限農戶貸款，而對一些農村地區已初具規模的農副產品深加工的龍頭企業也應納入再貸款支持的對象，促進農村經濟產業化和結構優化。應當改變支農再貸款考核辦法，取消台賬管理的機械做法，改為總量控製，隻要信用社在一定時期農業貸款增量不低於取得的支農再貸款量即可，無須要求支農再貸款與農戶貸款資金一一對應。
其次，調整支農再貸款的期限設置，使其更符合農業生產周期和農戶經營周期的需要。根據農業生產周期一般較長、農戶總體上資金緊缺的實際，支農再貸款期限應以三到五年為宜，另設一年期、半年期等幾個檔次，由信用社根據貸款主體的資信情況、項目經營特點等自主選擇支農貸款的投放期限和資金回收周期，充分發揮基層信用社對再貸款資金運行管理的靈活性。
再次，建立支農再貸款運行風險分擔機製，緩解政策性支農與農村信用社商業化經營的矛盾。作為國家扶持農村經濟發展的一項政策工具，支農再貸款的信貸風險全部由農村信用社承擔不盡合理，應適當考慮風險成因予以區別對待。對使用支農再貸款因自然災害等客觀因素而形成的不良貸款，可以經核實後給予一定的債務減免，或是由財政出資建立農業信貸風險基金，對客觀因素造成的貸款損失經核實後實行比例分擔，減輕農村信用社的經營壓力。