是年春，受許幻園之邀，全家遷入位於城南金河橋邊的許宅“城南草堂”。將自己的印章作品及所藏名印集成錄成《李廬印譜》一冊，這是他個人作品的第一次正式出版，同時又與黃仰宗、朱夢廬、高邕之等書畫家，在上海福州路楊柳樓台舊址組織成立“上海書畫家公會”，每周出版書畫報一紙，作為副刊隨《中外日報》發行，這是上海書畫界發行的第一份報紙。
是年秋，編錄《詩鍾彙編初集》。
11月，次子李準出生。
1901年清光緒二十七年辛醜二十二歲
年初，出版《李廬詩鍾》。
因八國聯軍入侵，牽念家人，2月間，北上天津省親。適兄文熙赴豫，李叔同本欲前往，因義和團抗擊八國聯軍，道路阻滯，未能成行，遂在津滯留月餘。回滬後將個中所見所聞，憂喜苦樂，寫成組詩《辛醜北征淚墨》，表達了強烈的對國土淪喪，山河破碎的悲憤之情。代表作有《夜泊塘沽》、《遇風愁不成寐》、《感時》等篇，在上海文壇引起很大反響。
夏秋之交，以李廣平之學名考入南洋公學（今上海交通大學前身）特科班，受教於著名教育家蔡元培門下，同學中有黃炎培、邵力子、謝無量等著名人士。期間受到近現代西方民主思想的影響，並對法律產生興趣。
1902年清光緒二十八年壬寅二十三歲
繼續在南洋公學學習。
這年秋天，以“嘉興府平湖縣監生”資格赴杭州參加鄉試，未中，仍回南洋公學就讀。
11月，南洋公學因校內新舊思想的矛盾引發大規模的退學風潮，為抗議校方的蠻橫專製，特科班的學生集體追隨蔡元培退出南洋公學。
退出南洋公學後，曾到上海的聖約翰大學短期執教過一段時間。
1903年清光緒二十九年癸卯二十四歲
李叔同翻譯的兩部日本人的法學著述《法學門徑書》和《國際私法》由上海開明書店出版，李叔同由此成為將西方近現代法律思想傳介到中國的先驅者之一。
是年秋，曾赴河南開封應鄉試，再次不遂。
1904年清光緒三十年甲辰二十五歲
因心情憂憤，乃寄情聲色之中，常與歌郎、名妓等以藝事相往還，並不時參加票友演出，曾客串演出過《白水灘》、《扒蠟廟》、《溪皇莊》等劇目。
是年加入以興學強國為宗旨的滬學會，主持演劇部的活動。
從此接受了較為係統和正規的音樂訓練，開始嚐試歌曲創作，曾經廣為國人傳唱的《祖國歌》即是他選曲填詞創作的第一首歌曲。
12月，三子李端出生。
1905年清光緒三十一年乙巳二十六歲
編寫《文野婚姻新戲冊》一劇，屬於中國早期學生演劇運動中較為成熟的作品。
3月10日，生母王氏病故，李叔同偕妻兒護送母親靈柩回津。為破除舊習，特為亡母舉行新式追悼會，開風氣之先。
5月，李叔同早期歌曲創作的代表作《國學唱歌集》由上海中新書局出版發行。歌集共收25首歌曲，其中正集中的15首係為中國古典詩詞的名篇選配西洋樂曲而成，鮮明地體現了用新的音樂形式來弘揚國學精粹的創作宗旨。它的完成標誌著李叔同已躋身於中國現代音樂先驅人物的行列。
這年8月，李叔同東渡日本留學，準備專攻西洋美術，兼習音樂。臨行前作《金縷曲》，係其一生所作詩詞中最為慷慨激昂的一首。
因錯過當年的入學考試時間，李叔同在日本的第一年主要是自學，並開始嚐試野外風景寫生。
到日本後不久，即為高天梅主編的《醒獅》雜誌撰寫了兩篇美術專論《圖畫修得法》和《水彩畫法說略》，向國人介紹西洋繪畫，並表達了改良傳統國畫教學的意向。
曾與友人籌劃出刊《美術雜誌》，後因留日學生抗議日文部響應清政府的要求，加強對留日學生思想言行的控製，不少學生憤然罷學歸國，刊物未能編成。李叔同留滯東京，以一人之力，獨立編行《音樂小雜誌》。
1906年清光緒三十二年丙午二十七歲
2月上旬《音樂小雜誌》在東京印訖，隨即寄回國內，托友人代為發行。作為中國近現代史上第一份音樂專刊，這份小雜誌有著開創性的意義。
6月，加入東京重要的文學社團“隨鷗吟社”，這是日本明治末期最負盛名的漢詩團體。其詩作深為日本漢詩大家所推崇。
7月，順利通過了東京美術學校的入學考試，自此進入這所著名的日本藝術院校深造，專攻西洋繪畫。他進入東京美術學校的時候，正值歐洲印象主義開始傳入和影響日本油畫界。在這種新的風格還普遍為人感到陌生和怪異的時候，李叔同很快以其敏銳的藝術直覺感受到其獨特的藝術魅力，並作過深入研究。其日後的繪畫創作即深受印象派及後印象派風格與技巧的影響。