財務報表的分析方法有比較分析法、比率分析法和趨勢分析法等多種，這些分析方法對於考察企業理財的狀況、評價企業財務狀況的優劣、判斷企業經濟效益好壞、找出財務和營銷及管理上的失誤以及提高企業經濟效益都有著很大的幫助。但我們也應看出各種分析方法由於受到分析資料來源的局限性，分析方法及各種財務比率指標本身的局限性所製約，財務分析與評價的結果並非絕對準確，有時甚至會得出與實際情況相差甚遠的結論。因此，在了解各種分析方法時，明確了解財務報表分析方法的局限性並適當采取一些防範措施是完全必要的。
1.財務分析資料來源的局限性
由於分析資料來源的局限性而使分析方法帶有局限性，財務分析資料的主要依據是企業所編製的各種財務報表。財務報表及其所提供數據的局限性決定了各種分析方法及其分析評價結果的局限性。
其局限性主要有：
（1）重結果、輕過程。
財務報表通常隻能說明企業財務政策運營的結果、經濟效益成果，而不能詳細說明企業進行財務運作的過程及經濟效益實現過程。以資產負債表為例，它所反映的僅是即將結轉到下個會計期間的責任，它是一種未履行的報告，即它反映還沒有使用的經濟資源、還沒有償還的負債，並不能明確反映企業的管理階層在企業經營過程中是如何籌措資金，籌資成本為多少，籌措來的資金是如何使用的，是否及時償還了債務等。又如通過利潤表我們隻能了解到企業所取得的收入及利潤的多少，而這些收入是如何具體取得或由哪一家分企業分公司取得的卻不能夠得到回答。這些都給財務報表的分析帶來了很大的局限性。
（2）環境的變化。
由於各個不同時期企業經營環境的變化，及政府有關會計政策的變化，致使企業的會計處理方法、計價標準等發生變化。此外，由於政策的要求不一樣，因此，金融企業的財務報表與一般企業的財務報表不盡相同。這樣由於客觀環境的不同及變化，財務報表所反映的內容變化較大，且不可比。
（3）真實。
據我國《會計法》第一條規定：“為了規範會計行為，保證會計資料真實、完整，加強經濟管理和財務管理，提高經濟效益，維護社會主義市場經濟秩序，製定本法。”這說明財務報表必須真實、完整。但財務報表所提供的數據資料是否真實可靠，不僅製約於企業的主觀因素及人為因素，而且還受到通貨膨脹的影響，同時也與會計方法的合理性密切相關，如果通貨膨脹嚴重、會計方法不適當，或者過多地摻雜了各種人為因素與主觀因素，那麼財務報表所提供資料的真實可靠性就缺乏必要的保證，而現有分析方法又完全缺乏有效的修正方法，這必然會影響財務報表的真實性。
（4）有效性。
對財務報表進行分析的主要目的一方麵是為了總結過去，另一方麵是為了預測未來，更好地對未來的企業經營進行指導與規劃。其中更重要的是後一點。因為過去的已經過去，更重要的是未來。但財務報表提供的資料都是曆史資料，如果企業僅僅根據這些曆史資料進行分析，分析結果的時效性是很差的，就無法達到分析報表的目的。
（5）準確性。
有些財務報表所傳遞的會計信息資料概念模糊，含義不準確。現金流量表主要反映企業現在的現金流量，很難反映企業資金營運的全過程；又如企業的財務報表應該包括哪些明細附表是有爭議的，這些都影響財務報表的分析方法的正常作用的發揮。
2.財務分析環境的局限性
（1）分析理論特別是分析方法理論研究缺乏，與國外發達國家相比差距很大。
（2）分析結果的公正性、客觀性受到影響。
由於財務報表是由企業編製的，它的主要目的是滿足企業外部投資者的投資需求。因此，人們在編製財務報表時往往帶有很大的傾向性，盡可能粉飾報表。
（3）分析工作不能專業化。
由於一般的財務部門任務繁重，缺乏專門的分析人員，分析相對於其他工作而言，是比較虛的。而且財務分析需要測算眾多的指標，如果把這個分析的任務給財務部門，很可能分析效果不好。
3.財務分析指標的局限性
（1）財務分析指標過多而且複雜，有些指標沒有什麼意義，但是指標過少又很難說明問題。
（2）企業需要向外提供財務報表，為了起到保護企業自身商業秘密和市場份額的目的，公布出來的指標隻是一般性指標，或經過粉飾的指標，很難通過財務報表或財務報表附注揭示企業的深層次、具體的信息，有時對財務報表上提供的數據進行分析，可能與實際情況相差甚遠。
（3）計算口徑不統一，評價標準難以掌握。這使得廠長、經理在對本企業及其他企業進行比較時很難進行下去。