當前區域發展的高層次目標和戰略內容尚未落實。取得突破性進展的難度很大。主要表現在：區域（空間）規劃至今還沒有被納入國民經濟和社會發展規劃體係之中，傳統計劃經濟的“重行業規劃、輕區域規劃”的弊端依然產生著不良影響，城市（城鎮體係）規劃和土地利用規劃試圖彌補因欠缺區域規劃所帶來的不足，但由於受管理體製的影響，這兩個規劃同國民經濟與社會發展規劃也沒有相互協調，從而削弱，甚至歪曲了區域規劃的價值。區域發展創新能力的建設普遍沒有受到重視，國家到地方的創新網絡的雛形還沒有形成，這非常不利於區域持續健康的發展。因此，區域上推進對外開放的進程非常緩慢，中西部地區在發展外向型經濟方麵成效仍不顯著，外向型經濟高度密集在我國沿海地帶的基本格局沒有改變。區域合作機製尚未健全，現行的金融、財稅、人口管理等體製不利於廣泛地開展區域經濟技術協作，阻礙了區域之間生產要素的合理流動，中央政府權力下放和地方分權引發的地方保護主義仍然存在。
3．可持續發展難
發達地區現代化水平明顯提高，扶持貧困地區脫貧致富．是我國區域經濟發展的兩大亮點。在很短的時間內，我國一些地區和城市的現代化建設水平明顯提高。包括上海、深圳等一批具有國際水準的城市湧現出來，產業結構、生活水平等逐步同發達國家接軌。據初步統計，2003年，長三角、珠三角、京津冀三大經濟圈的GDP、實際利用外資額和出口額分別占全國的39％、69％和72％，真正成為拉動我國經濟持續快速發展的引擎，也成為提高我國綜合國力、國際競爭力的核心區以及世界最具發展潛力的製造業基地。
即使中西部的重點城市。在過去不到10年的時間裏，城市建設麵貌也發生了根本改觀。現初步形成了以鄭州、武漢、西安、成都、重慶等中心城市為核心的城市群和經濟集聚區；同時，以長江上中遊、西隴海蘭新線、南貴昆為軸線的城市帶也有了長足發展。扶持貧困地區始終是我國政府促進地區協調發展的關鍵舉措，政府主導的扶貧戰略取得了顯著成效，農村貧困人口由1978年的25000萬人下降到2000年的3000萬人，東部地區基本消滅了絕對貧困。
但在一些地區，主要是農村貧困地區和礦產資源型城市的持續發展問題依然艱巨。目前貧困地區、資源枯竭型城市等問題地區的經濟發展和人民生活仍十分困難，扶持和實現問題地區的可持續發展任重道遠。“八七”扶貧攻堅計劃完成後，剩餘3000萬沒有解決溫飽問題的貧困人口，特別是分布在中西部地區的85％的農村貧困人口，成為扶貧工作中的突出難點。近年來，雖然國家在國債資金、財政資金和信貸資金上都加大了對扶貧的投入力度，每年扶貧資金的總規模也已達到了300多億元．但由於自然條件惡劣、生態環境脆弱，脫貧難度很大。如果將扶貧問題拓展成為扶持相對貧困地區的問題，其難度就更大。