在重點地區優先發展和整體國力迅速增強的同時，我國區域間發展差距在不斷增大。突出地表現為：其一，沿海與內陸的差距。1978年東部人均GDP是中部、西部的1．49倍和1．85倍，2000年已經擴大到1．80和2．34倍。尤其是西部廣大的農村貧困地區，多是我國少數民族比較聚集的地區和陸域邊境地區，所以，區域經濟發展不均衡問題同政治與社會穩定緊密地聯係在一起，使得區域經濟發展差距問題變得更為複雜。遏製區域發展差距不斷擴大的趨勢，促使區域協調統籌發展，是當前和未來相當長時期國家宏觀區域政策的重要導向。其二，城鄉差距顯著。由於生產要素更便於向城市地區流動，使得城市經濟贏得了更多的發展利益，導致城鄉發展水平和生活水平的差距不斷擴大。全國城鄉居民人均可支配收入之比逐漸拉大，由1978年的2．6：1擴大到2003年的3．2：1；城鄉居民的人均消費水平相應在2003年也擴大到了3．7：1。
沿海與內陸的差距、城鄉的差距複合在一起，就表現為，越是落後的地區，城鄉差距越大；在經濟發達的地區，城鄉一體化進程明顯，甚至農村地區較中心市區的發展勢頭更猛。2003年西部地區城鄉居民收入之比是3．7：1，高於全國平均水平。這樣的結果，不僅使我國多數地區城鄉二元結構特征突出，也導致東西部地區之間發展的差距問題在鄉村表現得更為嚴重。
1．綜合競爭力落後
隨著我國經濟管理體製的不斷深入以及區域經濟實力的不斷增強，中央政府在調控區域發展狀態、塑造區域發展格局方麵的作用力度明顯減弱。國家預算內資金占全社會固定資產投資的比重由62％下降到2002年的7％。而地方政府的科學決策能力和管理水平、企業家的創業能力和企業持續發展的競爭能力、區域創新環境與水平等所構成的區域發展活力，深刻地影響著區域發展的狀態。這是符合區域經濟發展基本規律的。也正是由於如此，我國區域間發展的差距——主要是沿海和內陸的差距。在過去僅僅20年的時間裏，已經從量（主要是區域間GDP增長速度的差異導致的人均GDP水平的差異）的差距，轉變為質（主要是區域間發展活力和發展潛力）的差距。當然，這一方麵有利於具有發展活力的東部沿海地區持續健康地發展；另一方麵，也給國家通過加速欠發達地區的發展、解決地區發展不平衡問題帶來很大的難度。
由於導致區域發展差距擴大的因素，在短期內難以消除，區域發展——特別是區域經濟發展的差距將繼續擴大。除了傳統的自然條件、區位因素、經濟基礎以及投資能力等在東西部之間不平衡仍是客觀存在外，影響區域發展的新要素——信息化、科技創新能力、觀念與區域文化、體製等，又為發達地區在新的一輪競爭中贏得了更多的機遇。從目前發展電子信息產業強勁的區域分布看。其向沿海發達地區不斷集聚的態勢較以往任何一個傳統產業部門集聚的勢頭都猛，這表明，在新一輪競爭中，沿海發達地區依然占據著產業高地。再如，作為新因素之一的信息化水平發展的地區差異很大，據《2004中國發展報告》測算，2001年東、中、西三大地帶的信息化指數分別為60．9、53．84和49．85。因此，在新老因素的共同作用下，加快欠發達地區發展的任務將更加艱巨。
2．區域規劃薄弱
在經濟全球化和市場機製兩大力量的作用下，在國家宏觀區域發展政策的引導下，我國區域發展格局已初步形成。沿海、沿江兩個重點地帶構成了我國“T”字形的主軸框架，串聯重點城市的主要交通運輸走廊成為我國經濟密集分布帶。勞動地域分工呈現出比較清楚的層次，區域特色經濟體係初步形成。東部地區成為我國的製造業中心，形成了具有較高技術含量的現代製造業體係和現代服務業體係，並在海洋資源開發和發展海洋經濟方麵取得進展；中部地區是我國的農業基地，並在原材料工業和基礎加工工業的建設方麵取得重要成就。而西部地區建立在資源開發利用基礎上的產業經濟體係，在全國具有顯著的特色。全方位對外開放格局已經形成，沿海作為對外開放的前沿地帶，依然在外向型經濟發展中處於排頭兵的地位；以省會城市為主的內陸開放城市成為我國對外開放體係中的重要節點，在當地外向型經濟中發揮著核心作用；沿邊開放對於改變區域經濟麵貌也起到了獨到的作用。