（1）認識不到位和產業組織化程度低。雖然提倡大力發展農民專業合作經濟組織，江蘇省也出台了相關的扶持政策，但是一些基層幹部和農民仍然認為農民需要的任何服務政府都可以提供，農民專業合作經濟組織可有可無。這種不正確的思想在很大程度上影響了農民專業合作經濟組織在農村的發展和壯大。從整體上看，農業產業組織創新的龍頭企業、科技企業以及專業合作社、農協等中介組織的規模較小，技術力量薄弱，資本短缺和實力不強，其抗風險能力差，科技創新開發能力低，難以取得最佳規模效益。以“龍頭企業+農戶”的產業組織模式為例，由於龍頭企業承擔了市場的不確定性風險，農戶可以獲得較穩定的收益，在這種情況下農戶的投資和生產積極性增強，會帶動一個產業的不斷升級。但農村尤其是蘇北的大多數農村企業仍然處於起步階段，經營形式單一，技術落後，能夠帶動農業產業化的龍頭企業數量還遠遠不夠。
（2）產、供、銷脫節和技術落後。農業產業組織的各行為主體通過合同等契約關係聯結為鬆散的利益共同體，但由於龍頭企業與農戶是獨立的經濟實體，都關注自己的利益，合同履約成本高。一方麵，在市場需求大於供給，市場價格高於合同價時，部分農戶將龍頭企業賒銷的生產資料如種苗、飼料、藥品直接賣掉，然後謊稱畜圈“全軍覆沒”而違約，此時農戶隻是承擔很低的“雞舍閑置”沉沒成本損失；或者為了眼前利益，置合同契約於不顧，將農產品在市場上賣高價，使龍頭企業利益受損。另一方麵，當市場供給大於需求，市場價格低於合同價時，龍頭企業也故意壓質壓價，在農產品質量標準、等級等方麵提出合同中沒有明確規定的不合理要求，變相損害農民利益。由於農戶的超小規模經營，雖然產業化經營和一體化經營能彌補一些缺陷，但仍難以按經濟合理性原則來組織生產和采用新技術。從農村產業組織的產前、產中、產後技術構成看，多集中於產前的良種、化肥、農藥、農機等物化性技術的提供和應用。對產中的技術指導，如高產栽培、合理配方施肥、生物綜合防治等軟技術服務重視不夠，導致技術效率低下。從產後技術來看，絕大多數龍頭企業隻對農產品加工、貯運、保鮮、技術較為重視，而對產品營銷特別是綠色包裝、品牌意識重視不夠。
（3）相關產業組織創新政策支持不夠。一是農產品市場建設政策不完善，製約著農村產業組織的創新發展。江蘇尤其是蘇北農村經濟在農產品市場開拓，質量標準體係建設，信息服務體係建設等方麵存在較大差距，從而製約著農村生產發展和農民增收。二是農村支持保障體係政策還比較少。從財政投入看，雖然近幾年支農資金的絕對數量有一定的增長，但占財政支出的比重卻在逐年下降。在金融信貸保障方麵，農村信貸仍然困難。三是支持農村產業組織創新發展的相關法律法規缺失，影響江蘇農村企業的市場競爭力提高，不利於農產品及時快速地進入國際市場。
2.發展農民專業合作經濟組織：農村經濟產業組織創新選擇
壯大農村專業合作組織的產業組織創新，有利於加快農村經濟增長方式轉型進程。江蘇區域經濟板塊中的農村經濟發展不平衡，增長差異大。一般說來，蘇南經濟板塊中的不少農村專業合作組織完成“資本原始積累”，科學技術和管理水平也有大的提高，對集約增長進行有益的探索，從而引導農村經濟增長方式轉型。蘇北經濟板塊中的農村專業合作組織，不僅在資本、科學技術和管理水平上，而且在對外開放方麵明顯地落後於蘇南農村經濟，其經濟增長方式由粗放型向集約型轉變的困難較大，時間較長。從這種意義上說，沒有農村專業合作組織的壯大就沒有農村產業組織創新，也就沒有江蘇農村經濟的產業組織創新。因此，要實現江蘇農村經濟增長方式轉型，必須壯大農村專業合作組織的產業組織創新。