作為新產業組織理論核心的交易費用理論和博弈論也存在許多問題和錯誤。一是“交易費用”一詞在概念上不夠清晰，無法加以精確計量，這一點就連威廉姆森本人也不否認。二是關於企業是交易費用最小化的產物的觀點具有片麵性，事實上企業的形成原因是多元的，它不單單是對交易費用的節約，技術水平、規模經濟和社會習俗等也是企業產生的重要因素。三是交易費用理論將決定行業結構的關鍵因素說成是交易費用，這種分析實際上是以私有製的製度框架為基本前提的。事實上，不同的所有製框架下會產生不同的交易費用，從而產生不同的行業結構。另外，博弈論的各種推論是在極其嚴格的限製條件下產生的，它並不能對現實寡頭廠商的策略行為提出預見性或規律性的見解，而且用這種分析方法得出的結論也很難得到檢驗。
縱觀百年世界經濟發展的曆史，產業革命與產業組織形式的創新和發展之間關係十分密切，產業革命推動產業組織形式由低級向高級發展，產業組織形式的創新又為產業革命的深化提供了製度上的動力源泉。
蒸汽機的發明帶來了以機械化為特征的第一次工業革命，其結果是由發動機、傳送機和工具機構成的機器代替了手工工具。勞動者按機器運行的需要分工協作地進行的社會化生產方式也就最終代替了手工勞動的生產方式，社會生產的組織方式相應地從個體的、分散的經營走向統一的、現代工廠的經營。十九世紀後期，以美國、德國為中心又發生了以電氣化為特征的第二次產業革命，電動內燃機代替了蒸汽機，鋼鐵業、化學工業大規模發展，使生產過程進一步社會化，一些有實力的企業為了取得規模效益，充分利用產業革命的成果，通過橫向兼並等形式，建立起大型企業、企業集團，股份公司。
科技革命所引起的產業組織結構的變化引起社會需求的巨大變化，從而也引起了商業組織形式的革命。規模化、協作化、體係化的工業生產需要更加完善和配套的服務，產品的大批量銷售也呼喚能夠與之相配的大規模的商業企業的出現。為了取得平均利潤，商業企業規模的擴大也成為迫切的要求。同時，科技革命帶來的城市化的發展，也引起了社會消費方式的巨大變化，居民的生活消費主要依賴於商業供給，商品和服務的需求大量化、多樣化、複雜化，並且更加注重服務質量、購物環境、方便程度、選擇餘地等心理和精神方麵的需要。在生產和社會消費環境發生了如此巨大變化的推動下，大型百貨商店、連鎖超市以其規模化、綜合化、人文化的服務成為最主要的商業形式。以電子計算機為代表的電子信息技術革命，使得應用電子計算機網絡、開展電子商務、網上營銷的商業組織形式應運而生，促進了國際經貿的發展。進入21世紀以後，傳統技術與現代高科技並用，傳統產業與現代高新技術產業並存，產業組織形式也呈現出多樣化特點。在傳統的生產行業，企業之間的競爭仍是成本競爭，取勝的關鍵是降低成本，所以，產業組織形式仍以大規模的股份公司為主。在高新技術行業，產業組織形式由企業所依賴技術的應用程度和特點而定。
產業組織形式是隨著產業革命的進展而演化。在一定意義上可以說，產業革命發展到什麼程度，產業組織形式就出現什麼形式。但是，由產業革命所引起的產業組織形式的演化，勢必會帶來經濟主體利益的重新分配，這就可能形成產業組織形式演化的製度障礙。在經濟發展的實際運行中，能夠在動蕩起伏的經濟大潮中不斷前行，成為世界知名大公司的總是那些具有創新精神，勇於變革的公司及進行管理製度和形式的改革。
目前，我國的經濟發展處於一種較為複雜的狀態中。從我國經濟發展階段上看，處於工業化後期，從我國所麵臨的世界經濟發展趨勢來看，以生物技術、生命科學為代表的第六次科技革命已經展開。在工業化發展的後期，重化工業的大規模發展是必要的，也是必然的。發展重化工業的關鍵是擴大經營規模，節約資源，降低成本，這對於提高企業規模偏小的我國企業效益，意義更為突出。所以，我國在重化工業領域，應當繼續鼓勵以橫向兼並和縱向兼並為主的資產重組，采取規模化的企業組織形式，盡可能地降低成本，使重化工業品在國內外市場上具有競爭能力。