雖然美國政府提出的一係列金融監管改革方案描繪出了未來美國金融監管體係的藍圖，並且也凝聚了相當廣泛的共識，但對該方案的許多內容仍存在諸多批評和質疑，在國會審批過程中勢必引發更加激烈的辯論，有些條款和內容也會被修改。即便最終獲得國會通過，在實施過程中也會麵臨不少困難。
其一，此次金融危機重創美國金融體係，導致經濟嚴重衰退和失業大量增加，改革現有金融監管體係，防止今後再次出現類似的金融危機，已經成為美國政界的共識。但是，在加強政府監管和奉行自由市場經濟原則之間仍存在廣泛爭議。一些人士擔心奧巴馬政府加強金融監管可能強化政府對美國金融業的幹預，違背自由競爭和市場經濟原則，最終導致美國金融體係效率下降；另一些人士認為金融問題是一個高度複雜且專業性很強的問題，加強監管雖然沒有錯，但並不能從根本上消除金融風險和危機，隻不過是延緩危機的爆發和減弱危機對經濟的衝擊，沒有必要對現行的監管體係進行如此大規模的改革，而應把重點放在提高監管的有效性上。這些意見和原則上的分歧，有可能對奧巴馬政府的金融監管改革努力形成障礙。
其二，就改革方案的具體內容而言，不少人對賦予美聯儲廣泛的監管權力存有疑慮，擔心美聯儲成為沒人監管的“超級監管人”而濫用監管權力，同時對美聯儲是否有能力識別和清除導致目前金融危機的各種係統性風險也表示懷疑。作為中央銀行，美聯儲的主要職責仍然應該是負責貨幣政策的製定和實施，促進經濟增長和防止通貨膨脹。如果把太多的精力放在金融監管方麵，有可能弱化其在貨幣政策製定方麵的能力，從而不利於美國經濟增長和就業增加。
其三，對於把金融衍生品交易和對衝基金納入監管範圍，金融界的反對聲音很大，擔心過於全麵和嚴格的監管有可能妨礙美國的金融創新，束縛金融機構進行金融創新的手腳，從而降低美國金融體係的活力。這些認識認為，雖然不適當的金融創新確實放大了金融風險，但引發此次金融危機的根本原因卻是政府宏觀經濟政策的失當。如果不是布什政府時期過於寬鬆的貨幣政策和擴張性的財政政策，美國的房地產價格也不會持續大幅上漲，而貨幣政策的過快轉向引發房價下跌才是引發次貸危機的重要原因，不能把過錯過分歸咎於金融衍生品交易和對衝基金。
其四，在美國的聯邦分權體製下，美國現行的監管體係錯綜複雜，聯邦政府與州政府都對金融機構和金融活動具有不同的監管權限，銀行、保險、證券和期貨等不同領域的監管規則既有重疊也有衝突，即便奧巴馬政府的改革方案獲得國會通過，實施起來也困難重重，金融監管體係的改革和整合涉及方方麵麵的權益和法規調整，很難在短期內完成，寄希望於金融監管體係改革來穩定美國的金融體係和促進美國經濟的複蘇可能隻是一種幻想。
美國國會眾議院於2009年12月11日通過了金融監管改革法案，這意味著美國金融監管改革向前邁進了一大步。但該法案仍需與參議院的法案相協調，最後交由總統簽署預計最快也要等到明年春季。在未來一段時間內，圍繞法案的辯論和各方力量的較量會更加激烈。毋庸置疑，美國金融監管改革仍麵臨多重挑戰。對於金融監管改革， 目前美國政府、立法者及監管機構等各方矛盾主要集中在五個議題，即如何解決金融機構“大得不能倒”問題、消費者保護、銀行監管、金融衍生品監管和美國聯邦儲備委員會的角色。本次金融危機引出的一個關鍵問題就是控製係統性風險，這也是目前備受爭議的金融機構“大得不能倒”問題。對此，美國監管改革者主要提出兩種解決思路：一種是要求銀行分業經營；另一種是保持混業經營，但加強監管條件。白宮經濟複蘇顧問委員會主席、美聯儲前主席沃爾克主張將商業銀行業務與投資銀行業務分開，諾貝爾經濟學獎得主斯蒂格利茨也支持這一觀點。但據美國財政部提案及國會參眾兩院法案草案，各方還是傾向通過提高資本充足率要求、降低銀行杠杆率來解決“大得不能倒”問題。在銀行監管方麵，美國國會參議院銀行委員會主席多德建議，合並美聯儲、貨幣監理署、儲蓄管理局和聯邦儲蓄保險公司等四大銀行監管機構，以避免銀行業受到多頭監管，無所適從。但這一提議遭到多方反對。在金融衍生品監管方麵，目前各方比較一致的意見是，改變原有的金融衍生品私下雙邊交易方式，將其置於公開交易所集中交易。不過，國會參眾兩院在監管範圍方麵仍有分歧。