（2）各團體之間認識上的差異。例如，甲單位的領導認為實施A方案最好，乙單位的領導則認為實施B方案最好，由於彼此認識上的差異，致使兩個單位意見一時難以協調，有可能引起部門間的衝突。
（3）各團體之間的職責權限劃分不清。如權力交叉或職責缺漏等。
（4）各團體的利益、需要沒有獲得滿足。組織中的部門或單位為了完成各自的任務，總需要一定的資金、原料和人力。而組織領導一般要從大局考慮，根據該部門或單位對整個組織的貢獻大小來分配資源，這就難免造成某些部門沒能獲得利益，可能導致部門或單位之間的指責、爭吵甚至攻擊。
（5）不健康的思想意識或不良的團體作風。由上述原因而釀成的衝突，不僅會造成各部門之間關係失調，還會給整個組織係統工作帶來不良影響。因此，處理好組織內部各部門之間的關係，對於形成組織係統的合力，發揮組織係統的整體效應，具有重要意義。
組織係統部門之間的關係，在很大程度上是部門領導之間的關係問題。領導能否顧全大局，他們之間的人際關係是否融洽，對部門關係影響很大。因此，作為領導來說，要處理好部門之間的關係，就要加強配合與協調。
這既是做好部門工作的需要，也是處理好部門關係的需要。溝通是雙向的，也是多方麵的，主要應當從目標上、思想上、感情上和信息上加強溝通，進而取得共識，這是協調各部門領導關係的重要基礎。
（1）在目標上溝通。強調整體目標，認識到各部門、個人對整體目標作貢獻的重要性，以及相互配合、協調的必要性，力爭把部門利益與共同目標聯係起來，進而增強各自對組織目標的關切感，減少部門之間不必要的衝突。
要在具體目標上取得溝通和共識，各部門領導在目標的確立上要相互理解和關注；在目標的實施上要相互支持和推進；在目標的衝突上要相互調整和適應；在目標的成功上要相互鼓勵和總結。
（2）在思想上溝通。各部門領導應避免單純以本部門的利益得失考慮問題，而應當從各部門利益的互相聯係上，也就是全局上考慮問題，包括設身處地地替其他部門著想，達成彼此可以共同接受的意見，以防止思想認識上的片麵性。各部門領導在思想觀念、思想方法、思維方式上也是互有差異的，由此而形成的觀點上的爭鳴和分歧，可以通過平等的交流、啟發，縮小認識上的差距等方式以達到統一。對於因工作關係而引起的誤會、隔閡，各部門領導之間應嚴於律己、寬以待人，必要時多作自我批評，求得諒解。
（3）在感情上溝通。感情上的聯絡和加深，對部門領導來說是很重要的。因為很難設想，沒有任何感情交流的部門領導之間，工作上可以融洽。要增加感情上的溝通，除了目標思想上的認同外，還可通過工作交流、參觀訪問、文體活動、公共關係活動等不斷加深，從而創造一種和諧共事的情感環境。
（4）在信息上溝通。溝通也是傳達交流情報信息的過程。部門之間的矛盾與隔閡，都可以從信息溝通中找到原因。一般而言，凡缺乏溝通的部門，信息傳遞必然不暢，極易造成部門之間的不了解、不理解和不協調，甚至造成某些衝突，既影響工作，又影響團結；凡主動溝通的部門，必然信息流暢，往往容易贏得對方好感，取得信任，形成部門之間的良好關係。
領導化解矛盾的策略
矛盾無時不在，無處不有。領導解決矛盾的過程，便是建立威信的過程。領導的思想水平、個性品質、領導才能、領導藝術，恰恰就體現在這裏。