中國證券市場是在傳統計劃經濟體製的土壤中形成的，經濟改革與國企融資是推動證券市場製度形成的基本動力，政府行為在其中起決定性力量，這就決定了我國證券市場製度存在先天性的缺陷。
一、政府主導製度供給
製度形成中的兩條路徑自然演變和人為設計是相互關聯的。因製度具有公共物品的特征，正式製度的形成必須依靠國家的權力，所以政府往往是製度供給的主體；另一方麵，自然演變是製度形成的內在動力，正式製度發揮功能的前提必須是具有以自然演變為條件的非正式製度基礎，政府的製度設計不能脫離非正式製度的發展規律。在我國證券市場中，政府是證券市場製度供給的主體，政府的需求是證券市場演化的決定力量。我國證券市場製度形成過程中，1990年以前以自然演變和非正式製度為主並影響市場運行，盡管這裏的自然演變不是在市場自發、而是在政府主導股份製改革條件下進行的。全國統一市場形成後，尤其是1996年後，證券市場成為我國經濟超常發展、推動改革開放的工具，從戰略上被高度重視，證券市場製度深深打上政府行為的烙印，政府通過證券市場推動經濟改革、為國企服務的思路日漸清晰。
（一）政府主導證券發行製度
我國證券市場發行製度演化可以分為三個階段：第一階段是1999年以前的額度控製階段。這一階段發行製度的主要特征是：股票發行以額度分配為主，上市製度具有明顯的計劃經濟特色。第二階段是核準製階段。1999年至2001年是《證券法》實施以後至核準製實施以前的過渡時期。這一時期的上市製度與第一階段沒有本質區別，但在上市程序、上市審核機製和新股發行方式等具體操作製度上有一定的變革；2001年4月開始新股發行方式從“審批製”改為“核準製”階段。由審批製向核準製轉變是中國證券市場的一場深刻的變革，但核準製的具體實施方式仍然是有較濃計劃色彩的通道製。第三階段是保薦製。2003年1月，在中國證監會進一步改革股票發行製度，由核準製改為推薦製，該製度規定企業發行股票需證券保薦機構保薦。保薦機構應當遵守國家法律、行政法規、中國證券監督管理委員會的規定和行業規範，誠實守信、勤勉盡責、盡職推薦發行人證券發行上市，持續督導發行人履行相關義務。《證券發行上市保薦製度暫行辦法》已於2004年2月1日起施行。
盡管我國證券市場發行製度不斷向市場方向邁進，但政府控製條件下為國企融資服務的本質特征沒有改變。我國企業股票、債券的發行源於上個世紀80年代地方中小企業融資困境。由於中國融資結構發生了重大變化，由以銀行為主的單一融資結構轉向了間接融資和直接融資並重。特別是1996年後，證券市場為國企服務的改革思路日漸清晰。證券一級市場已經清晰地打上政府為國有企業服務的烙印。我們可以看出，在證券市場形成後的18年中，特別是1996年以後，股票發行的數量和密度不斷增加，發行方式不斷創新，籌資額不斷攀升，證券發行市場已成為企業籌集資金擴大再生產的重要渠道。
為了達到證券市場為國企融資的目的，政府控製證券發行製也就成為證券發行製度唯一的路徑選擇。這就是為什麼我國證券發行製度在形式上不斷改變，但政府主導的本質沒有改變的原因。1999年以前，我國證券市場的發行方式基本是額度控製、行政選擇的審批製。審批製嚴格實行額度計劃按部門、地區切塊分配，由地方政府和中央相關部門對上市企業進行行政選擇的辦法來分配上市融資資源，它是把計劃經濟體製下中央向地方企業劃分投資額度、貸款額度變成通過證券市場分配融資額度而已。1999年後逐步實行的核準製和保薦製是我國證券市場製度建設的一大進步，它弱化了政府通過行政權力控製上市資源的機製，強化了上市融資的權利和義務對稱；保薦人製度加強了中介機構的責任和上市公司的市場規範意識。但是，不論是核準製還是保薦製，它仍然還保留了規模控製的色彩，上市資源的競爭仍然在有限範圍內進行，現有的發行製度仍然是政府主導的發行製度的變體。此外，政府主導發行製度還體現在上市公司的增量部分發行和後續融資上。企業尤其是國有企業在大股東地位不可動搖的前提下隻能分拆部分資產而非整體資產發行上市，上市後因為一次融資不足必然由國有控股股東主導通過配股、增發、可轉債等形式再次融資。盡管發行規則由業績指標來控製，但這種控製在中介機構誠信度不高的情況下完全可以通過企業內部財務數據的包裝而突破。至於企業債券發行市場，目前計劃控製色彩更強，審批部門眾多、控製嚴格，一般企業都望而卻步。
（二）政府主導交易製度
狹義上的證券交易製度指證券價格的形成機製，屬於微觀結構理論研究的範疇。本文的交易製度不是在既定框架下的證券價格形成製度或直接交易製度，而是決定和影響證券流通和交易一係列製度的總稱，雖然它也包括證券直接交易製度，但更主要指影響、製約證券流通以及價格形成的製度總合。包括市場交易結構、交易種類、交易方式、交易規則以及投資者結構等。本來證券交易製度是為證券流通服務的，其意義在於在投資者理性和追求利益最大化的條件下，借助市場機製進行有效的分散風險和投資組合並推動證券價格的形成。但我國證券交易製度並不是在市場需求推動下、通過市場組織加以規範形成的，而是根據國企改革的需要和政府的偏好由政府製定並強製執行的，仍然帶有政府主導的特征。我國政府主導證券交易製度表現在以下幾個方麵：
第一，在交易品種結構方麵，重視股票交易，對包括企業債券在內的其它交易品種的交易管製過於嚴格。投資者參入證券市場的目的在於通過持有一定的資產組合實現期望財富最大化。通常來說，可以選擇的無風險或低風險資產的政府債券、中等風險的企業債券和高風險股票及其衍生品。而在上海和深圳兩個證券交易所，可交易的品種基本被股票和國家債券所壟斷，幾乎沒有企業債券交易和其它衍生品種。這首先是因為政府對企業債券控製過嚴，審批程序繁瑣。除政府明確扶持的少數大型國有企業，一般企業不可能發行融資債券。我們可以發現1991年以來，我國債券發行規模逐年減少，而股票市場融資規模逐年增加。就債券發行來說，國家債券與金融債券占大部分，而企業債券存量比例較小。可以清晰地發現我國債券市場存量分布結構。其次在目前政府與企業都偏好股權融資的條件下，企業也不願意選擇增加其財務風險、需要還本付息的債權融資，而且，目前上海和深圳交易所隻安排國家統一發行的國家債券交易，地方企業即使發行了企業債券，也不能夠在交易所交易，缺乏流動性。因此，投資者可選擇的風險資產主要隻有股票這一種投資工具，而且目前國內市場上可交易的品種基本上隻有現貨產品，沒有相應證券衍生產品，這使得投資者難以通過股票與其衍生產品之間的對衝交易和套利交易來降低風險。
第二，在市場層次方麵，對主板市場以外的交易實行嚴格管製。多層次的市場結構可以增加市場的流動性，滿足不同交易者的需求。在成熟的證券市場，主板市場、場內交易和場外交易並存，投資者根據自己風險偏好選擇不同的交易市場。1990年以前，我國證券交易以自發的場外交易為主，被稱為“灰色場外交易市場”。隨著發行各類證券數量的增加，各地開始出現了股票、債券櫃台交易，形成了正式的櫃台交易和民間的灰色交易共存的交易體係。全國統一市場形成後，民間和自發的交易組織逐步被禁止，原來曾經存在的地方性產權交易市場和全國性網上競價係統（STAQ和NET）都被取消；1996年8月13日，中國證監會重申關於嚴禁櫃台交易的規定，並對各種形式的櫃台交易進行清理；1998年2月23日，中國證監會做出《清理整頓場外非法股票交易方案》，決定清理整頓各地的證券交易中心，將它們分別改組成證券經紀公司或證券部，謀劃多年的創業板市場最終被更名為二板市場，它實際仍然是主板市場的組成部分；三板市場交易受到嚴格的限製，交易時間短，流動性極差。
第三，交易規則是在政府主導下完成的。以1990年上海證券交易所的成立標誌著我國統一證券市場的形成，這其間經曆了一個由自發形成的地下交易到有組織的櫃台交易，再到以滬、深兩大證券交易所為中心、場外交易並存，最後到隻有滬、深證券交易所場內交易的發展曆程。這其中不乏包含一些市場自身演變的交易規則，如兩市交易品種不斷創新，從最初隻有股票交易，擴大到現在的股票、國債、可轉債、封閉式基金、開放式基金、權證交易等；實行集中交易、集中過戶、電腦配對、競價交易的辦法，按照價格優先、時間優先的原則進行交易，市場透明度和信息披露方麵遠遠優於當初的場外交易。但另一方麵，也有一些交易規則帶有政府的意誌，而且在市場發展的不同時期，政府的偏好表現也是不同的。這首先表現在印花稅和傭金的調整上。在很長一段時期內，我國證券交易傭金製度采用的是經物價管理部門批準的、由交易所製定的單一固定傭金比率。交易規則明確規定會員不得任意（或變相）提高與降低傭金收取標準。這種單一的、由政府控製的固定比例傭金製度一直維持到2002年4月5日。2004年4月中國證監會、國家計委、國家稅務總局發出通知要求證券交易實行最高上限和向下浮動的傭金收費標準。在印花稅征收方麵，1990年以來，我國政府多次調整印花稅征收製度，這其中反映了政府根據市場運行的情況對市場的態度，也說明了政府控製交易製度的特征。
其次表現在交易製度的變動上。滬、深證券交易所成立初期限價規則不斷變動，1990-1991年期間，滬、深兩市的限價交易規則曾經共進行過15次變動；1996年以前漲跌幅製度也多次調整，1996年12月兩市開始實施10%的漲跌停板製度；滬、深證券交易所成立初期曾先後推出t+0交易機製，從1995年1月1日起開始實施t+l交易製度。