以降低成本、提高效益為核心，加強財務管理是三九人強化企業管理的又一主題。加強財務管理，首先就是按市場經濟的要求與國外企業會計製度接軌，使會計報表能更加真實地反映企業經營狀況。在生產上，根據資源優化配置原則和分工協作的思路，隨著生產規模的擴大，南方製藥廠將藥品生產的前段加工工序委托加工，既避免因特區日益升高的水電費及工人工資對生產利潤造成侵蝕，又減少了對環境的汙染。為此，南方製藥廠選擇離南方製藥廠較近的惠州幹膏廠，投入資金、設備、技術進行控股並改造，成立九惠製藥有限公司，引入三九機製，將中成藥生產基地逐步轉移。這樣不僅使藥廠每年節約成本近600萬元，而且賺回了一個中藥加工廠，九惠公司的銷售額從1990年的210萬元到1994年的7000萬元，增長了33倍，利稅增長了50多倍，成為當地的明星企業。
南方製藥廠嚴格控製非生產性開支，對BP機、手提電話、摩托車、住宅電話這些許多國有企業都屬“公私兼用”的物品全部由個人負擔，並對幹部宿舍安裝空調、冰箱等實行有償服務，私人長途電話費用自理，防止極為普遍的“搭便車”行為，做到了公私分明。同時對辦公費、差旅費等建立嚴格的製度，1994年的辦公費用比上一年下降27%，1995年的通訊電話費比上一年下降32%，僅這幾項一年就節約開支達260多萬元。
他們還千方百計降低庫存，減少流動資金占用，建立銷售網絡，降低銷售費用，在提高資金的使用效率上做了許多新的嚐試。
三九集團的管理創新，形成了三九管理模式，即按市場經濟的要求辦企業，明確企業的根本目標就是最大限度地滿足市場需求並從中取得利潤；建立和完善了現代化企業的經營機製——三九機製；製定並實施了追求經濟效益與社會效益相統一的企業經營戰略；建立了高效、靈活的生產指揮係統；形成了嚴格管理、嚴格要求的管理製度；形成了以愛國主義、實業報國為核心的“積極向上、不斷超越”的三九企業文化；強調以人為中心的政治思想工作和企業形象塑造；不斷采用科學的管理方法和手段。推進規範化管理，現代化管理。
（三）技術創新：不斷獲取高效率的源泉
把企業的發展建立在不斷推進企業技術進步的基礎上，是三九集團在高效率的資產經營中一貫的方針。早在南方製藥廠建廠初期，趙新先就提出了“三高”戰略，即高科技、高質量、高效益。
為了實現社會化大生產，趙新先認真研究中藥生產工藝，經過苦心鑽研，改變了傳統中藥大鍋熬、小鍋煮的作坊式生產，將提取、濃縮、幹燥工序用全封閉管道的現代流水線生產，並設計了現代化程序較高的提取加工中藥的NF-A、NF-B線，實現了中藥生產的工藝革新。這兩條生產線既保證了生產的均衡性，又保證了產品質量，並大大提高了企業生產效率，成為藥廠頭幾年產值效益高速發展連年翻番的設備基礎。
三九集團的技術創新主要強調建立一個企業自主的技術創新機製和體係，即用管理取得效益，收購、兼並、盤活存量資產，實現資本的快速增值。
三九人認識到，企業要自我發展，成為投資主體，就必須采取新的經營方式，即經營企業，確切地說是全方位的資產經營。
1.通過資本經營將無形資產轉化為有形資產
（1）用無形資產推動股權融資和債權變股權
資金短缺是近年來國有大中型企業普遍存在的問題，但規模的金融市場還不完善，企業的籌資渠道單一，即向銀行貸款。由於我國經濟發展的周期性和較高的通貨膨脹，使得銀行一般不願發放中長期貸款，國內融資成本較高且風險較大，而此時三九正在飛速發展時期，急需擴大資本金。
極富戰略眼光的趙新先感到依托國內資本市場來建立融資渠道是遠遠不夠的，要實現企業迅速發展，必須開拓海外市場，其中境外股權式融資無疑是一種很好的籌資方式，它既可避開彙率風險，又容易得到政府的批準。