第三，實行軍民分治，製定易將法。
這項製度本來也是為了改變世侯們的“兵民之權並於一門”的狀況而設的。早在平定李瑭之後，忽必烈就已經開始了這一嚐試，他命令自己寵信的董文炳掌管益都的軍隊，讓撒吉思管理民政，從而使軍權、政權分離。在此基礎上，1262年七月，忽必烈正式頒布軍民分治的詔令規定：“各路總管兼職萬戶的官員，隻是治理民事，不能參預處理軍政事務。其他的州縣宮兼職千戶、百戶的仍然如舊。”同年十二月，忽必烈再次頒布詔令強調：“各路的管理民眾的官員治理民事，掌管軍隊的管理軍隊、負責作戰事務，各有自己的職責範圍，互相之間沒有統攝關係。”進一步將軍、民致權的分家推廣到了州、縣一級。這一製度，起到了防止地方上長官獨擅權力的作用，更奧妙之處就在於能使軍政長官互相牽製，從而受製於中央，從根本上加強了中央集權。
盡管如此，為了進一步加強中央集權，忽必烈不僅取消了漢人世侯的封邑，削奪了他們的軍杈，還出台了“易將”法，建立了樞密院。易將法是為了防止將領長時間地專擅兵權會造成對抗中央的現象，而使軍隊歸於中央指揮。這項製度，連馬可·波羅都意識到了它的實質所在。他在自己的書中描寫說：“大汗每兩年命令軍隊換一次防，對於指揮軍隊的將領們也是如此。”顯然，這種措施都是針對漢人的，而對蒙古將領，則沒有這樣的要求。
設立樞密院，也從根本上解決了軍權分散於各地的局麵，使軍隊的調撥更具製度化。樞密院的建立，標誌著忽必烈已完全把帝國的軍權控製在了自己的手中。為進一步加強軍權，他派出皇太子真金出任樞密院使，樞密院其他的職務也都由他的貴胄親信擔任，將漢人完全摒棄於中央軍事機關之外，從而使蒙古帝國的統治日趨嚴密。
第四，實施民族歧視、民族防範政策。
中國本來是一個多民族的國家，無論是哪一個封建朝代，都存在著民族歧視，但把民族歧視推向峰巔的卻是大元帝國。這是因為大元帝國的統治主體蒙古族在汪洋大海般的華夏民族麵前，感到自己的渺小，為了頑強地生存，也就不得不用民族保護這層鐵幕將自己圈禁起來，而民族保護的另一極則是民族歧視、民族防範。
從民族統治的利益出發，忽必烈從不對漢人、南人輕易地相信，除非是死心踏地地為蒙古帝國充當馬前卒的一些官員、將吏。因而，為了控製軍隊，忽必烈也是絞盡了腦汁。他的辦法之一就是在統兵打仗時，主帥一般委任蒙古人擔任，為了防止漢軍、南軍叛亂，他又煞費苦心地在各地設置萬戶府，選宿衛士來監視漢軍、南軍，始終把漢軍、南軍擺在“偽軍”的位置。因而，在戰場上，也就時常會出現漢軍南軍在前衝鋒、蒙古軍在後督戰的場麵。
為了進一步防範漢人、南人的起事，忽必烈時曾多次命令漢人、南人不準佩戴弓箭，隻有蒙古人才有這樣的資格。對於民間的各種私造私藏軍器的行為，都要嚴懲不貸。1262年，忽必烈便發布命令，嚴禁民間私藏軍器。1263年，又再次強調，私造軍器者處死，民間兵器不交官府的與私造軍器者同罪。自然，絕不是讓蒙古人交出軍器，而隻能是要漢人、南人無條件地交出所有武器，以防止他們的武裝起義。
在民族壓迫下，廣大漢人、南人的政治權力實在少得可憐，“四等人”的分化政策就是有意識地把漢人、南人與蒙古人、色目人對立起來，這種分而治之的政策的確在一個較短的時期內起到一定的維護蒙古統治的作用，但最終卻加速了元朝的崩潰，這種結果也許是忽必烈所不曾想到的。
[智慧方圓]忽必烈的政治舉措有不少消極的方麵，但是從鞏固統治的領導智慧方麵考量，他以亦軟亦硬、一方麵削弱與限製，一方麵寬大與施與的策略穩定了局麵，可以說深得中國傳統領導智慧的精髓。