胡惟庸案後，隻有為數不多的舊將仍在邊防要地擔任軍職，尤以藍玉為最惹眼。皇太子朱標已於四月間病死，朱元璋立朱標之子朱允墳為皇太孫。然而此時朱允墳年紀幼小，藍玉並未把他看在眼裏。為了製止藍玉的囂張氣焰，朱元璋對他奏請的事多不照準，這使藍玉開始感到不安。洪武二十五年八月，藍玉的親家靖寧侯葉品被胡惟庸席牽連，被判處死，藍玉因此開始疑神疑鬼起來，說：“前日靖寧侯為事，必是詔內有我的名字，我這幾時見上均好生疑忌，我奏幾件事，都不從，隻怕早晚也容我不過，不如趁早下手做一場。”他暗中聯絡景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東榮伯何榮（何真之子）及自己的老部下，密謀策劃，定於洪武二十六年二月十五日朱元璋外出巡視時起事。
然而此時錦衣衛早已遍布京城，他們對功臣元勳的監視無孔不入，藍玉這番密謀，自以為此外無人知曉，其實卻早被錦衣衛的密探察覺。未等藍玉動手，錦衣衛指揮已向朱元璋告發了。朱元璋本來就擔心朱允墳幼弱，自已年邁多病，說不定何時撒手西歸，幼弱的朱允炆不足以統禦那些手握重兵、權勢極大的開國老將，早就在想著怎樣進一步消滅來自功臣老將們的威脅。胡惟庸一案的不斷擴大，就是基於這種考慮。如今這篇文章已經做了個爛熟，朱元璋也確實需要一個新的借口，藍玉一案不僅更激怒了他，也恰好為他提供了一個借口。
朱元璋再次利用藍玉案為突破點，向淮西老將們展開了第二輪血腥屠殺。除藍玉本人外，藍玉案殺了大約二萬人，包括一公、十三侯、二伯。主要人物有吏部尚書詹徽、戶部侍郎博文、景州侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東莞伯何榮、普定侯陳桓、宣寧侯孫恪（孫興祖之子）、沈陽侯察罕（納哈出之子）、徽先伯桑敬（桑世傑之子）和都督黃輅、湯泉、馬俊、王誠、聶偉、王銘、許亮、謝熊、汪信、蕭用、楊泰、張政、祝哲、陶文、茹鼎等。過了一年，定遠侯王弼、潁國公傅友德被迫坐藍黨，王賜死，傅被殺。又過一年，宋國公馮勝也坐藍黨被殺。到了洪武末年，朝中剩的淮西勳臣便已隻剩下耿炳文和郭英二人。至此，朝中淮西勢力基本鏟除，在朱元璋眼裏，隻剩下他一家坐莊，朝廷已經重新達到了勢力平衡。
胡、藍黨案涉及麵之廣，株連者之多，堪稱明史奇觀。牽涉麵如此之廣的案件，如果僅隻殺淮西人，難免過於暴露形跡，所以許多非淮西籍的功臣也被殺了。鋤草難於不傷苗，這些人的被殺也算是“城門失火殃及池魚”，然而朱元璋畢竟達到了他的目的，因此便已無暇顧及其他。
朱元璋此舉不但過於殘暴，也十分行險，血腥誅殺雖處死了大量將臣，使隨他一起打天下的功臣所剩無幾，然而卻難免引起尚存淮西功臣們的警惕和反抗，比如藍玉在謀反時就這樣煽動黨羽說：“如今天下太平，不用老功臣，以前我們一班老公侯都做了反的，也都無了，隻剩得我們幾個，沒來由，隻管做甚的，幾時是了？”眾將不知朱元璋誅殺功臣何時方休，因此決心鋌而走險，暗算朱元璋，這顯然是被逼致反，不得不反，是擴大化誅殺的結果。
經過這樣的拔刺行動，朱元璋天子之威可以說無以複加，沒有人再敢稍有異動，但是精明的朱元璋恐怕不會想到，也正是他的株連，使他一手選定的繼承人在造反的朱棣兵臨城下之時，竟至無將可用。
[智慧方圓]領導者有權力，而且嚐到了以權力樹威的甜頭，往往會無所節製地濫用權力，但是其結果或者讓自己威信掃地，或者威得以立而事卻因此敗。朱元璋的教訓是深刻的，雖然時隔已三百多年，但對今天的領導者們仍有著現實的警示意義。